| 基于遗传算法的系统发生树构建方法 |
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| 引用本文： | 郭静,王超,陈岐.基于遗传算法的系统发生树构建方法[J].计算机工程与应用,2009,45(16):72-76. |
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| 作者姓名： | 郭静 王超 陈岐 |
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| 作者单位： | 1. 扬州工业职业技术学院,电子信息工程系,江苏,扬州,225127
2. 扬州大学,信息工程学院,江苏,扬州,225009;南京大学,软件新技术国家重点实验室,南京,210093 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，江苏省自然科学基金，江苏省教育厅自然科学基金 |
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| 摘 要： | 提出了一种基于遗传算法的系统发生树构建方法。将遗传算法应用于系统发生树的构建,首先,用后缀表示法将树的拓扑结构表示成编码的形式。其次,针对系统发生树的性质,设计了交叉和变异操作方法,确定了对个体的评价及选择策略,从而通过遗传操作,最终搜索到最优解。实验结果表明该算法可以得到与传统UPGMA算法拓扑结果一致的系统发生树,并且除了最优拓扑结构的树之外,该算法还可以输入多个具有相似质量的树。
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| 关 键 词： | 遗传算法 系统发生树 后缀表示 |
| 收稿时间： | 2009-2-16 |
| 修稿时间： | 2009-4-3
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Phylogenetic tree constructing algorithm based on genetic algorithm |
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| GUO Jing,WANG Chao,CHEN Ling.Phylogenetic tree constructing algorithm based on genetic algorithm[J].Computer Engineering and Applications,2009,45(16):72-76. |
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| Authors: | GUO Jing WANG Chao CHEN Ling |
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| Affiliation: | GUO Jing1,WANG Chao1,CHEN Ling2,3 1.Department of Electronic , Information Engineering,Yangzhou Polytechnic Institute,Yangzhou,Jiangsu 225127,China 2.College of Information Engineering,Yangzhou University,Jiangsu 225009,China 3.National Key Lab of Novel Software Technology,Nanjing University,Nanjing 210093,China |
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| Abstract: | A method for Phylogenetic Tree Construction based on Genetic Algorithm(GA-PTC) is presented.GA-PTC first encodes the possible tree topologies into the solution space of the problem,and then searches for the optimal tree in the searching space.To coding the solutions,this paper proposes a suffix representation as the encoding strategy of genetic algorithm.To evaluate quality of the individual,this paper adopts a distance based fitness function to score solution,and selects parts of individuals according to a... |
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| Keywords: | genetic algorithm phylogenetic tree suffix representation |
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