| Toy模型蛋白质折叠问题的随机扰动粒子群解法 |
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| 引用本文： | 周洪斌,吕强,温炜.Toy模型蛋白质折叠问题的随机扰动粒子群解法[J].计算机工程与应用,2011,47(18):234-236. |
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| 作者姓名： | 周洪斌 吕强 温炜 |
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| 作者单位： | 1. 沙洲职业工学院,电子信息工程系,江苏张家港,215600;苏州大学,计算机科学与技术学院,江苏苏州,215006
2. 苏州大学,计算机科学与技术学院,江苏苏州,215006 |
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| 摘 要： | Toy模型蛋白质折叠问题是一个计算生物学中典型的NP难题。提出了一种随机扰动粒子群结合爬山优化的算法,应用二维Toy模型进行蛋白质折叠结构预测,在Fibonacci测试序列及真实蛋白质序列上的测试结果验证了算法的良好性能。
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| 关 键 词： | 粒子群优化算法 爬山算法 Toy模型蛋白质折叠 |
| 修稿时间： | |
Stochastic perturbation PSO algorithm for Toy model-based protein folding problem |
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| ZHOU Hongbin,LV Qiang,WEN Wei.Stochastic perturbation PSO algorithm for Toy model-based protein folding problem[J].Computer Engineering and Applications,2011,47(18):234-236. |
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| Authors: | ZHOU Hongbin LV Qiang WEN Wei |
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| Affiliation: | 1.Electronic Information Engineering Department,Shazhou Professional Institute of Technology,Zhangjiagang,Jiangsu 215600,China 2.School of Computer Science and Technology,Soochow University,Suzhou,Jiangsu 215006,China |
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| Abstract: | Protein folding prediction problem based on Toy model is a classical NP hard problem in computational biology. The paper puts forward a stochastic perturbation PSO algorithm,combining with the ideas from hill-climbing.This algorithm achieves good results when it is applied to predict the best 2D structure of some benchmark Fibonacci sequences and real protein sequences. |
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| Keywords: | Particle Swarm Optimization（PSO） hill-climbing algorithm Toy model-based protein folding |
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