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简要阐述分子动力学模拟的原理及步骤,介绍研究溶菌酶的一般方法和优缺点。在Ubuntu操作系统环境下,利用Gromacs软件和其自带的Gromos96力场,通过分子动力学模拟(MD)鸡蛋清溶菌酶晶体(chicken egg-whitelysozyme,HEWL)溶液,考察真空、水溶液和加入NaCl 3种不同环境条件对溶菌酶晶体构象动力学行为的影响,发现无论从均方根位移(rmsd)、回旋半径、还是从B因子值的轨迹图分析,HEWL在水溶液特别是加入抗衡离子(Na~+,Cl~-)的水溶液的环境下的结构更稳定、合理,与(protein data bank)数据库的真实情况相符。原因是Cl~-与溶菌酶晶体在界面处发生了吸附现象,局部形成溶菌酶-Cl~-复合物,抑制了蛋白-水合物中水分子在相邻水合位置间的跳跃,从而使单晶体在离子液态中更加稳定。模拟结果表明,在pH值6.5,等电位点13.1,总电荷7.999 6的体系下,影响HEWL的吸附位点为123号残基(色氨酸),对从分子水平上解释HEWL晶体的动力学吸附行为具有重要指导意义。 相似文献
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钾、钠、氯离子水化现象的分子动力学模拟 总被引:2,自引:0,他引:2
用Material Studio软件包中的COMP ASS力场提供的9/6 Lennard-Jones势能模型,分别模拟298 K,密度为1.0 g/cm~3的水溶液中K~+、Na~+、Cl~-水化现象的分子动力学和水分子配位的微观结构。发现阳离子周围的水分子以氧原子去靠近阳离子,而阴离子周围的水分子则以其中的一个氢原子去靠近阴离子,并获得了K~+、Na~+、Cl~-的径向分布函数和配位数曲线。计算得到的K~+、Na~+、Cl~-的水化数分别为2.53、3.64、3.66,它们的水化半径分别为0.272nm、0.299 nm、0.316 nm,自扩散系数分别为1.98×10~(-5)cm~2s~(-1)、1.04×10~(-5)cm~2s~(-1)、2.08×10~(-5)cm~2s~(-1)。结果表明,3种离子的水化能力顺序为:Cl~->Na~+>K~+,自扩散系数的计算值与实验值吻合较好。K~+、Na~+、Cl~-在海水中广泛存在,本文的研究结果可为海水资源的高效开发利用提供一定的理论基础。 相似文献
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综述了国内外近年来农业土壤中汞的生物地球化学行为,包括了土壤环境中汞的来源,汞的形态和生物有效性,汞在农业生态系统中的迁移和转化途径,影响汞对植物有效性的主要因子。同时讨论了汞对植物、动物生长发育的影响,特别强调了土壤中汞污染对食物中汞积累和分配的影响及通过食物链途径给人类健康带来的危害。最后提出了汞污染土壤的各种修复措施,展望了今后研究的方向。 相似文献
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由于自由汞离子(Ⅱ)在低浓度时不易保持其形态,在此以汞络合平衡的基本原理为基础,计算并讨论了汞在溶液体系中的存在形态,从而获得稳定的低浓度自由汞离子以及溶液中自由汞离子浓度和总汞浓度之间的关系.通过对汞离子选择电极(Hg-ISE)在类似海水的缓冲溶液体系实验测试及分析,其结果显示在自由汞离子浓度高于10-19 mol/L时,总汞浓度和自由汞浓度仍然保持成一定的线性关系,表明可以通过检测自由汞离子浓度来检测海水中总汞浓度. 相似文献
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一、引言在有色冶炼厂中,含二氧化硫烟气都是用来制硫酸的,但由于有色金属矿中含有汞,在火法冶炼过程中,汞就以汞蒸汽进入烟气中,用这样的烟气制成的硫酸就含有汞(每升含汞量可高达100~200毫克)。显然,这样的硫酸用在工业上就会造成汞污染。为此,工业上采用“碘络合”法除汞,除汞后的烟气再送去制硫酸。为检测吸收过程中碘化钾溶液成小水珠被烟气带走而损失的情况,需要对硫酸中的含碘量进行测定。 相似文献
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随着汞在工业、农业、医药等方面的广泛应用,由汞及其化合物所造成的环境污染问题日益严重,汞对环境和人类带来的危害愈来愈引起普遍的关注.本文着重介绍汞在自然环境和土壤中的各种存在形态,阐述不同形态汞对植物进而对人类健康的危害,以及汞不同形态情况下人体的中毒症状和中毒机理,并对减少汞污染的治理提出一定的建议. 相似文献
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在化工生产中聚合釜是最常用的设备之一,它在化工生产中占有重要的地位。聚合釜中的反应伴有化学、物理现象,涉及到能量、物料平衡及物料输送,动量、热量和物质传递过程。因此聚合釜的操作比其他化工 相似文献
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《计算机与应用化学》2015,(7)
采用HF方法和6-31G(d,p)基组,对C_4H_4N_2…2ClF复合物中的卤键作用进行研究,并讨论随着卤离子的加入,形成X~-…C_4H_4N_2…2ClF(X~-=F~-,Cl~-,Br~-)复合物之后,卤离子对该类卤键的加强作用。通过分析分子表面静电势,搭建复合物构型,优化得到了复合物的稳定构型并进行了频率分析。用电子密度拓扑分析方法研究复合物中卤键的性质,探讨了该类卤键的作用本质。研究结果表明:(1)C_4H_4N_2可以通过氮原子外的负静电势区域与ClF分子中Cl原子外的正静电势区域结合形成2个N…Cl卤键,卤离子F~-、Cl~-和Br~-与C_4H_4N_2中的2个H原子可以形成氢键,这个氢键对N…Cl卤键有明显的加强作用,且按照Br~-、Cl~-和F~-的顺序,加强作用越来越明显。(2)电子密度拓扑分析表明,复合物C_4H_4N_2…2ClF、Br~-…C_4H_4N_2…2ClF、Cl~-…C_4H_4N_2…2ClF、F…C_4H_4N_2…2ClF的N…Cl卤键强度依次增加;N…Cl卤键属于闭壳层相互作用。 相似文献
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以N-异丙基丙烯酰胺(NIPAAm)为单体,合成了NIPAAm均聚凝胶。研究了25℃时它们在乙醇水溶液中的溶胀平衡。实验发现:当乙醇浓度约为12%时,少量乙醇的进一步加入将使溶涨的凝胶突然剧烈收缩,表明NIPAAm凝胶在乙醇水溶液中有不连续体积相变。随着乙醇不断加入,凝胶又重新溶涨。结合“自由体积”概念,利用UNIQUAC模型的关联和预报了NIPAAm凝胶在乙醇-水溶液中的这种溶涨行为。 相似文献
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无机盐-恒沸有机水溶液体系相平衡计算 总被引:2,自引:0,他引:2
针对无机盐-恒沸有机水溶液体系相平衡问题,提出用Gibbs自由能最小法计算。通过Pitzer理论与NRTL方程相结合来描述体系中各组分的活度系数,建立体系Gibbs自由能的计算模型,从而将相平衡计算转化为有约束的最小化问题,并应用遗传算法求解,进而得到体系平衡时的各相组成。以2个体系的相平衡计算为例,结果表明此方法可行有效,可为无机盐作盐析剂分离恒沸有机水溶液体系这一化工过程建立一定的理论基础和计算依据。 相似文献
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采用膜池预富集空气中的汞,然后用所制备的BMPT-碳糊伏安传感器测定空气中的汞。在含6.0×10^-6mol/L BMPT的pH9.5缓冲溶液中,Hg(Ⅱ)在BMPT-碳糊伏安传感器上于-1.20V左右产生一灵敏的阴极溶出伏安峰,利用此峰测定汞(Ⅱ)的检测下限为1.0×10^-8mol/L。 相似文献
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《计算机与应用化学》2016,(3)
燃煤汞排放是主要的人为大气汞排放源,我国一次性能源以煤炭为主,在煤炭利用过程中,大量的汞被释放到大气中,对人类健康造成危害。文章提出了在燃煤电站烟道内采用喷射活性炭吸附脱除汞的工艺。从理论上探讨了活性炭脱汞机理及烟道内吸附传质动力学,并且建立了活性炭吸附Hg0的数学模型,采用ANSYS Multiphysics软件求解模型,进一步探讨了吸附剂粒径、吸附烟气温度和活性炭浓度对汞吸附脱除过程的影响。经研究表明:在合适的粒径范围内,当活性炭吸附温度增大时吸附率减小,活性炭浓度增大时吸附率增大。 相似文献
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硫化银电极用于测定银时,唯一的阳离子干扰是汞。一般需分离除汞后测定。但在溶液中直接消除汞的干扰的办法似尚未见诸报道。本文报告在氨性介质中用EDTA为掩蔽剂消除汞对测定银的干扰。采用氯化钠—氨水—EDTA混合体系,使高浓度银在溶液中保持稳定,且氯离子不干扰。标准硝酸银溶液配 相似文献
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本文采用卤素(F~-,Cl~-,Br~-,I~-)阴离子选择电极与Na~+玻璃电极组成无液接界电池,测定了Nax由H_2O到CH_3OH—H_2O和DMF—H_2O混合溶剂的标准迁移自由能△G_t°。对于卤离子△G_t°的变化规律作了讨论。本文的实验结果与经典的汞齐法比较,符合到±1mv,相当迁移自由能为20calmol~(-1)。对于NaF—CH~3OH—H_2O体系,用氟离子选择电极得到的实验结果与A、K、Covington等的结果能符合得很好。 相似文献