一种基于动态规划的全局双序列比对优化算法

序列比对是生物信息处理中非常重要的一类方法,基本的序列比对算法是基于动态规划思想提出的。本文提出了一种基于动态规划思想的全局双序列比对优化算法(Optimized Global Pairwise Sequence Alignment based on the idea of Dynamic Programming)OGP-SADP,在保持基本动态规划敏感性的前提下,GOPSA方法计算替换矩阵时只需存储当前相邻两列的元素,同时引用checkpoint技术以减少计算迭代次数,有效降低了时间复杂度和空间复杂度。     

基于动态规划的双序列比对算法构件设计与实现

双序列比对算法是生物信息学中的一个关键算法,广泛应用于序列相似性分析以及基因组序列数据库搜索.现有研究主要针对特定应用问题优化和使用相对应比对算法,缺乏高抽象层算法框架的细致研究,在一定程度上导致了序列比对算法的冗余性以及人为选择算法可能造成的误差等问题,也使得人们难以有效地了解算法结构.通过深入分析基于动态规划的双序列比对算法(dynamic programming-based pairwise sequence alignment algorithm, DPPSAA)领域,在建立该算法领域的特征模型以及对应算法构件交互模型基础上,利用PAR平台形式化实现双序列比对算法构件库,并装配生成具体算法,保证了形式化装配算法的可靠性,为序列相似性分析算法应用提供了一条有价值的参考途径.最后,利用PAR平台C++程序生成系统将组装的比对算法转换为C++程序,运行结果表明DPPSAA算法构件库具有一定的实用性.     

生物序列比对算法的研究

随着生物信息学数据的大量积累,通过对核酸序列或蛋白质序列进行比对,可以有效地分析和预测一些新发现基因的功能。序列比对的理论基础是进化学说,如果两个序列之间具有足够的相似性,可以推测二者有共同的进化祖先;二个具有同源性的生物,其序列具有一定的相似性。如果一个新测定的DNA序列与一已知的基因序列很相似,那么,该基因序列含有与已知基因序列相似的结构和功能。因此,序列比对方法的应用对于基因结构和功能的研究具有较大的实际意义。双序列比对是序列分析的常用方法之一,是多序列比对和数据库搜索的基础。传统的双序列比对算法时间和空间复杂度均为O(m*n)。我们在介绍传统的动态规划算法后,将就时间和空间方面提出建议,并加以具体描述。     

基于动态规划算法的人脸比对

动态规划算法可以有效地用来进行序列的比对,能够给出序列之间的最优比对结果,论文将其用在人脸识别的一些关键特征的比对方面,给出了人脸之间相似程度的一种度量,同时给出了具体的算法,可以有效地应用于人脸的比对和其它进一步的人脸识别中的应用。     

生物信息学中一个优化的全局双序列比对算法

最早的生物信息学中序列比对算法是基于动态规划思想的Needleman-Wunsch全局双序列比对算法,由于其时间和空间复杂度巨大,不适合实际的生物序列比对.提出了一种优化的基于动态规划思想的全局双序列比对算法.实验结果表明,该算法在保证其生物敏感性的基础上,有效地降低了时间和空间复杂度.     

一种优化的生物序列比对算法

序列比对是生物信息学中一种基本的信息处理方法,在序列比对所使用的算法中当前重点解决的问题是如何降低算法的时间和空间复杂度。在介绍基本动态规划原理的基础上,提出了一种基于动态规划思想的优化序列比对算法。对3种算法对比实验表明,该算法在保证其生物敏感性的基础上,有效地降低了时间和空间复杂度。     

基于双序列比对算法的立体图像匹配方法*

在分析现有立体匹配方法的基础上,提出一种基于双序列比对算法的立体图像匹配方法。将立体图像对中同名极线上的像素灰度值看做是一对字符序列,使用基于动态规划思想的双序列比对算法对这些对字符序列进行匹配,以获取立体图像视差。为验证该方法的可行性和适用性,采用人脸立体图像对进行实验。实验结果表明,使用该方法进行立体图像匹配能获得光滑的、稠密的视差图。基于动态规划思想的双序列比对算法能够有效地解决立体图像匹配问题,从而为图像的立体匹配提供了一个实用有效的方法。     

一种多序列比对的局部优化算法

核苷酸序列簇和氨基酸序列簇的比对是分子生物学研究的一种基本工具。多序列比对问题是NP完全问题,任何研究快而完全算法的努力都将面临极大的困难。该文提出了一种多序列比对的局部优化算法,并对基因库中的序列做了测试。     

双序列比对的算法研究

双序列比对是生物信息学中最基本的问题之一,其研究方法是设计具有针对性的有效算法对两个DNA或蛋白质序列进行比较,找出两者之间的最大相似性匹配进而判断其是否具有同源性。详尽分析了双序列比对的实际意义,提出最佳比对不一定能反映进化的实际过程并给予分析,重点探讨了最重要的全局比对算法——Smith Waterman算法,同时提出了一种用数组记录比对过程中遍历路径的方法并对比对过程进行递归调用,使之能找出全部具有最大相似性的比对结果。     

DNA双序列比对问题的算法

随着生物序列数据库中序列数据的激增, 开发兼有高度生物敏感性和高效率的算法显得极为迫切. 通过对生物序列比对问题中Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法深入分析, 提出了Smith-Waterman算法的改进算法, 并通过实验验证该算法, 对改进前后的运行性能进行比较分析. 实验证明, 改进后的算法实现了双序列局部最优解个数的优化, 有效降低了生物序列比对算法时间与空间的复杂性, 提高序列比对的得分率和准确率.     

基于信息素智能更新的蚁群双序列比对算法

序列比对算法是生物信息学中重要的研究方向之一。提出了一种基于信息素智能更新的蚁群双序列比队算法,该算法利用历史最优信息来更新信息素,避免出现早熟现象,加速算法的后期收敛。实验表明该方法是有效性和可行的。     

基于动态规划的分批排序算法

研究了在给定截止期限（deadline）下的单机分批（batch）排序问题,目标函数是最大提前完工时间。由于工件不能延迟,因此先讨论了问题可行解的存在。当问题有可行解时,证明了工件按最早截止期限（Earliest Deadline,ED）规则的排序是一个最优排序,接着给出一个时间复杂度为O（n³）的动态规划算法来获得最优分批。     

基于混合行为的蚁群双序列比对方法

针对基本蚁群算法在双序列比对中存在的易陷入局部最优解及收敛慢的问题,提出了一种新的基于混合行为的蚁群双序列比对算法,该算法通过增加蚂蚁行为模式来增大搜索空间,并且通过改变信息素更新策略来加快收敛速度。实验表明,该算法得到的解的全局性和收敛速度相对基本蚁群算法都有较大提高。     

利用CPDH和动态规划算法的形状检索

用形状轮廓上点的坐标位置相对于形状重心位置的分布关系描述形状,提出一种极坐标下形状轮廓点分布直方图描述符(contour points distribution histogram),该描述符不仅符合人眼的视觉直观感受、计算简单,而且其本质上具有缩放和平移不变性。用动态规划算法(dynamic programming algorithm)来度量轮廓点分布直方图之间的距离,部分解决了轮廓点分布直方图对于旋转不变性的要求。在多个形状图像数据库中的实验结果表明,该方法在单目标封闭轮廓的形状图像检索中取得了良好效果。     

基于遗传算法的一种生物序列比对方法

生物序列比对是对DNA（或RNA,蛋白质）序列,寻找和确定它们的相似部分或稳定区域.二重序列比对问题可采用动态规划方法求得其最优解;多重序列比对问题是一个NP完全的组合优化问题,有待进一步探索与研究.通过合理的编码表示,采用相应的遗传算子,设计了一种求生物序列比对的遗传算法.并对几组DNA序列进行了测试.     

P2P网络应用动态规划算法控制搭便车行为的研究

针对P2P网络中节点共享存储资源时存在的“搭便车”问题,在节点存储资源分配时引入控制机制,节点根据请求者的贡献值分配其存储资源,以使贡献值小的节点获取资源少,从而抑制搭便车行为。仿真实验表明,该控制机制的动态规划算法能有效地实现P2P网络中存储资源分配的公平性,达到控制节点搭便车行为的目的。     

基于改进0-1动态规划的软硬件划分算法研究*

软硬件划分已被证明是NP完全问题,大多数研究主要集中在寻找各种快速的近似算法,常见的有爬山法、遗传算法、模拟退火、禁忌搜索等.这些算法大多只能处理小规模问题,而且是单纯从算法角度来研究软硬件划分问题,并没有考虑系统成本.以软硬件协同函数库为统一抽象模型,将系统执行时间、系统成本以及硬件面积等因素融入到0-1动态规划算法...