深度学习生物医学实体关系抽取研究综述

随着生命科学技术的发展,生物医学领域文献呈指数级增长,如何从海量文献中挖掘、抽取有价值的信息成为生物医学领域新的研究契机。作为信息抽取的核心技术,命名实体识别和关系抽取成为生物医学文本挖掘的基础和关键,其主要工作为识别生物医学文本中的实体,并提取实体间存在的生物医学语义关系。当前深度学习技术在各领域自然语言处理任务中取得了长足的发展,旨在总结基于神经网络的生物医学实体识别和关系抽取的方法,从概念、进展、现状等多角度全面阐述各项技术在生物医学领域的发展历程,进一步明确生物医学文本信息抽取工作的探索方向。     

基于多维信息融合的知识库问答实体链接

知识库问答实体链接任务需要将问句内容精准链接到知识库中实体.当前方法大多难以兼顾链接实体的召回率和精确率,并且仅能根据文本信息对实体进行区分筛选.因此,文中在合并子步骤的基础上,提出融合多维度特征的知识库问答实体链接模型(MDIIEL).通过表示学习方法,将文本符号、实体和问句类型、实体在知识库中语义结构表达等信息整合并引至实体链接任务中,加强对相似实体的区分,在提高准确率的同时降低候选集的大小.实验表明,MDIIEL模型在实体链接任务性能上具有整体性提升,在大部分指标上取得较优的链接结果.     

融合多种特征的实体链接技术研究

实体消歧是自然语言理解的重要研究内容,旨在解决文本信息中普遍存在的命名实体歧义问题,在信息抽取、知识工程和语义网络等领域有广泛的应用价值。实体链接是实体消歧的一种重要方法,该方法将具有歧义的实体指称项链接到给定的知识库中从而实现实体歧义的消除^[1]。传统的实体链接方法主要利用上下文的词语匹配等表层特征,缺乏深层语义信息,针对这一问题,该文提出的实体链接方法利用了多种特征,从不同的维度捕获语义信息。为了更好地融合各个维度的特征,该文利用了基于排序学习框架的实体链接方法,与传统的方法相比,节省了人工对大量的模型参数选择和调节的工作,与基于分类的方法相比,能更好地利用到候选之间的关系信息。在TAC-KBP-2009的实体链接评测数据上的实验表明,该文提出的特征和方法表现出良好的性能,在评测指标上高出参赛队伍最好水平2.21%,达到84.38%。     

基于领域知识图谱的短文本实体链接

实体链接任务是识别文本中潜在的实体指称,并将其链接到给定知识库中无歧义的实体上。在绝大多数情况下,实体链接可能存在中文短文本缺乏有效上下文信息,导致存在一词多义的歧义现象;同时候选链接过程中,候选实体的不确定相关性也影响候选实体链接精确性。针对上述两个问题,提出深度神经网络与关联图相结合的实体链接模型。模型添加字符特征、上下文、信息深层语义来增强指称和实体表示,并进行相似度匹配。利用Fast-newman算法将图谱知识库聚类划分不同类型实体簇,将相似度计算得分最高候选实体所属实体簇映射到关系平面,构建聚类实体关联图。利用偏向随机游走算法考查候选实体之间语义相关度,计算指称与候选实体的匹配程度,输入链接实体。该模型可以实现短文本到知识图谱目标实体的准确链接。     

生物医学命名实体识别的研究与进展*

为直接高效地获取文献中的知识,命名实体识别用来识别文本中具有特定意义的实体。这是应用文本挖掘技术自动获取知识的关键的第一步,因此受到日益广泛的关注。主要从评测方法、特征选择、机器学习方法和后期处理等方面介绍了近年来生物医学命名实体识别方面的主要研究方法及成果,并对目前各方面存在的问题进行了分析和讨论,最后对该领域的研究前景进行了展望。     

一种基于图模型的维基概念相似度计算方法及其在实体链接系统中的应用

实体链接是指将文本中具有歧义的实体指称项链接到知识库中相应实体的过程。该文首先对实体链接系统进行了分析,指出实体链接系统中的核心问题—实体指称项文本与候选实体之间的语义相似度计算。接着提出了一种基于图模型的维基概念相似度计算方法,并将该相似度计算方法应用在实体指称项文本与候选实体语义相似度的计算中。在此基础上,设计了一个基于排序学习算法框架的实体链接系统。实验结果表明,相比于传统的计算方法,新的相似度计算方法可以更加有效地捕捉实体指称项文本与候选实体间的语义相似度。同时,融入了多种特征的实体链接系统在性能上获得了达到state-of-art的水平。     

面向知识库问答的实体链接方法

面向知识库问答的实体链接是指将自然语言问句中实体指称链接到知识库中实体的方法。目前主要面临两个问题: 第一是自然语言问句短,实体指称上下文不充分;第二是结构化知识库中实体的文本描述信息少。因此,该文提出了分别利用候选实体的类别、关系和邻近实体作为候选实体表示的方法,弥补知识库实体描述信息不足的问题。同时,通过语料训练得到问句指称的相似实体指称作为其背景知识。最后,结合实体流行度,共同作为实体消歧的特征。实验结果表明,上述提到所有特征的线性组合在数据集上高于单个特征的结果,表现最佳。     

基于深层条件随机场的生物医学命名实体识别*

生物医学命名实体识别是从生物医学文献中获取关键知识的基础与关键任务.文中提出基于深层条件随机场的生物医学命名实体识别方法,构建多层结构的深层条件随机场模型,在不同层次的特征上结合增量式学习策略,选择最优特征集.最后通过基于〈全名,缩写〉对和基于领域信息的错误纠正算法,进一步修正识别结果.在生物医学命名实体评测语料JNLPBA上的实验验证文中方法的有效性.     

基于深度学习的中文命名实体识别最新研究进展综述

中文命名实体识别(CNER)任务是问答系统、机器翻译、信息抽取等自然语言应用的基础底层任务。传统的CNER系统借助人工设计的领域词典和语法规则,取得了不错的实验效果,但存在泛化能力弱、鲁棒性差、维护难等缺点。近年来兴起的深度学习技术通过端到端的方式自动提取文本特征,弥补了上述不足。该文对基于深度学习的中文命名实体识别任务最新研究进展进行了综述,先介绍中文命名实体识别任务的概念、应用现状和难点,接着简要介绍中文命名实体识别任务的常用数据集和评估方法,并按照主要网络架构对中文命名实体识别任务上的深度学习模型进行分类和梳理,最后对这一任务的未来研究方向进行了展望。     

基于知识库的开放领域问答系统

问答系统能够理解用户问题,并直接返回答案。现有问答系统大多是面向领域的,仅能回答特定领域的问题。文中提出了基于大规模知识库的开放领域问答系统实现方法。该系统首先采用自定义词典分词和CRF模型相结合的方法识别问句中的主体;其次,采用模糊匹配方法将问句中的主体与知识库中实体建立链接;然后,通过相似度计算以及规则匹配等多种方法识别问句中的谓词并与知识库实体的属性建立关联;最后,进行实体消歧和答案获取。该系统平均F-Measure值为0.695 6,表明所提方法在基于知识库的开放领域问答上具有可行性。