应用可视化基因芯片技术检测幽门螺杆菌感染个体化药物治疗相关基因

目的:建立一种能同时检测幽门螺杆菌克拉霉素(23S)、喹诺酮(gyrA)耐药位点和人PPI代谢相关CYP2C19的基因多态性情况的基因芯片检测方法。方法:通过分析筛选人基因组CYP4502C19*2,CYP4502C19*3及幽门螺杆菌克拉霉素和喹诺酮类耐药位点的DNA序列,设计制备了HP感染个体化药物治疗检测基因芯片,并对其特异性、灵敏度、重复性进行了评价。结果:该芯片可以检测出不低于103CFU/ml的幽门螺杆菌和不低于2ng/μl的人基因组DNA。196例临床标本的芯片检测结果与测序结果基本一致。结论:应用可视化基因芯片进行幽门螺杆菌感染个体化药物治疗相关基因检测具有较高的特异性和敏感性,结果准确且易判读,具有较好的应用前景,可以为临床医生提供用药指导。     

多重连接依赖的探针扩增方法对原发性智力低下患儿进行亚端粒重排分析

目的 了解原发性智力低下伴单发或多发畸形患儿中染色体亚端粒重排的发生率,寻找智力低下的致病原因.方法 180例符合本组入选标准的原发性智力低下患儿,抽取外周血,乙二胺四乙酸钠(EDTA)抗凝.提取基因组DNA并进行纯化.用多重连接依赖的探针扩增(MLPA)方法的试剂盒P036B/C和P070进行检测,对使用2个试剂盒均存在相同异常的样本,再选用针对异常区域特异性的试剂盒P096、P064和P023鉴定或判断发生异常片段的大小.MLPA主要实验步骤包括:DNA变性、分子杂交、连接反应和特异PCR扩增,扩增的PCR产物用ABI 3100测序仪进行基因型分析,最终所得数据用GeneMarker软件进行分析.结果 在180例原发性智力低下患儿中发现13例存在染色体亚端粒重排(7%):其中12例为致病性,均为新生突变;1例2号染色体长臂末端缺失(2qdel)来源于表型正常的父亲.结论 亚端粒重排是原发性智力低下伴单发或多发畸形的致病原因.     

荧光免疫层析法降钙素原检测试剂盒临床性能评估

目的评估荧光免疫层析法试剂盒检测降钙素原的性能。方法参照美国临床实验室标准化协会(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)EP5-A和EP6-A文件方法,对荧光免疫层析法试剂盒(TEBSUN)检测降钙素原的精密度、线性、方法学比对、相对灵敏度和特异性进行评估。结果荧光免疫层析法试剂盒检测降钙素原精密度较好,低浓度和高浓度样本精密度的变异系数分别为8.3%和4.7%;线性验证试验结果显示,在试剂盒标示的检测范围内具有良好的线性梯度关系(r=0.9989);方法学比对结果显示,荧光免疫层析法试剂盒与梅里埃VIDAS酶联免疫荧光法分析系统的降钙素原试剂盒检测结果一致性良好(r=0.9770);在0.5和2.0 ng/ml两个浓度水平,荧光免疫层析法试剂盒相对于酶联免疫荧光法试剂盒的灵敏度和特异性均大于86%,与其测定结果的总体符合率为93.75%。结论荧光免疫层析法试剂盒检测降钙素原的精密度、线性、方法学比对、相对灵敏度和相对特异性等性能评价较好,适用于临床标本检测。     

尖裸鲤实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为筛选能够稳定表达的内参基因用于尖裸鲤Oxygymnocypris stewarti实时荧光定量PCR分析,以尖裸鲤血液、心脏、肝、脾、鳃、头肾、中肾、后肾、前肠、中肠、后肠、性腺、眼、垂体、脑、红肌、白肌和皮肤18个组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)、HPRT1(次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶1)、RPL13(核糖体蛋白L13)、RPL19(核糖体蛋白L19)、RPL13a(核糖体蛋白L13a)、SDHA(琥珀酸脱氢酶亚基A)和ACTB(β-肌动蛋白)7个候选内参基因的表达情况,并采用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行分析。结果表明:GeNorm分析显示,7个候选内参基因的平均表达稳定值(M)依次为RPL13=RPL13a相似文献   

尖裸鲤实时荧光定量PCR内参基因的筛选

为筛选能够稳定表达的内参基因用于尖裸鲤Oxygymnocypris stewarti实时荧光定量PCR分析,以尖裸鲤血液、心脏、肝、脾、鳃、头肾、中肾、后肾、前肠、中肠、后肠、性腺、眼、垂体、脑、红肌、白肌和皮肤18个组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)、HPRT1(次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶1)、RPL13(核糖体蛋白L13)、RPL19(核糖体蛋白L19)、RPL13a(核糖体蛋白L13a)、SDHA(琥珀酸脱氢酶亚基A)和ACTB(β-肌动蛋白)7个候选内参基因的表达情况,并采用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件对7个候选内参基因的稳定性进行分析。结果表明:GeNorm分析显示,7个候选内参基因的平均表达稳定值(M)依次为RPL13=RPL13a相似文献   

碱性裂解液提取DNA法在环氧化酶亚型基因敲除小鼠基因型鉴定中的应用

目的:应用碱性裂解液法提取的DNA鉴定环氧化酶(COX)亚型基因敲除小鼠,为鉴定纯合子小鼠提供一种方便快捷、低成本、可靠的实验方法。方法:取子代小鼠耳缘组织于EP管中,用碱性裂解液提取基因组DNA,PCR扩增COX-1和COX-2基因片段,通过琼脂糖凝胶电泳对小鼠基因型作出鉴定。结果:碱性裂解液法提取的DNA能应用于子代小鼠的不同基因型的鉴定,即野生型(COX-1+/+;COX-2+/+)、杂合子(COX-1+/-;COX-2+/-)和纯合子(COX-1-/-;COX-2-/-)。结论:建立了碱性裂解液提取DNA法,并将该法成功应用于环氧化酶亚型基因敲除小鼠基因型鉴定中。     

不同PCR扩增试剂盒检验血样DNA的检验结果对比研究

目的:讨论研究Profiler PlusTM、IdentifilerTM以及Powerplex16扩增试剂盒用于检验血样DNA检验结果的差异,并研究其扩张不平衡和基因丢失现象的发生几率。方法:选取150例完全无血缘关系的个体作为研究对象并采集其血样,分别使用两种扩增试剂盒进行检验。对所得不同结果的同一对象再使用3种扩增试剂盒进行检验。将检验所得结果进行比较。结果:3种试剂盒检测的等位基因缺失率比较差异无统计学意义(P>0.05)。Profiler PlusTM检测扩张不平衡率显著高于其余两种试剂盒(P<0.05)。结论:使用PCR扩增试剂盒对血样DNA进行检测时,会出现不同位置的异常基因,可表现为基因缺失及扩增不平衡。但Profiler PlusTM检验扩增不平衡发生率显著高于其余两种试剂盒。在实际生活对血样DNA进行检测时,除需准备主要检测扩增试剂盒外,还需准备其他不同类备用试剂盒用于互相验证及对比,尽量降低基因等位缺失及扩张不平衡发生率。     

直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因的克隆及序列分析

为研究直额裸腹溞Moina rectirostris线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因的特点,使用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒提取直额裸腹溞DNA,以其DNA为模板,用线粒体COⅠ基因通用引物进行PCR扩增、测序。结果表明:直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因部分cDNA序列长度为709 bp,其中碱基A、G、T、C含量分别为26.23%、19.89%、38.50%、15.37%,A+T含量(64.74%)明显高于G+C含量(35.26%);将该基因的cDNA序列与裸腹溞科5个种的同源序列进行比对,并用邻接法(NJ)构建系统进化树,结果显示,直额裸腹溞与短型裸腹溞的遗传距离最小,同属于一个分支,亲缘关系最近。研究表明,应用COⅠ基因序列可以有效地区别裸腹溞科各个种类,与传统形态学分类学的结果基本一致。     

直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因的克隆及序列分析

为研究直额裸腹溞Moina rectirostris线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因的特点,使用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒提取直额裸腹溞DNA,以其DNA为模板,用线粒体COⅠ基因通用引物进行PCR扩增、测序。结果表明:直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因部分cDNA序列长度为709 bp,其中碱基A、G、T、C含量分别为26.23%、19.89%、38.50%、15.37%,A+T含量(64.74%)明显高于G+C含量(35.26%);将该基因的cDNA序列与裸腹溞科5个种的同源序列进行比对,并用邻接法(NJ)构建系统进化树,结果显示,直额裸腹溞与短型裸腹溞的遗传距离最小,同属于一个分支,亲缘关系最近。研究表明,应用COⅠ基因序列可以有效地区别裸腹溞科各个种类,与传统形态学分类学的结果基本一致。     

碳氮比对生物膜SND过程微生物菌群结构的影响

将传统水质检测方法和荧光定量PCR技术相结合,以序批式生物膜反应器(SBBR)为研究对象,选取总细菌、氨氧化菌(AOB)、硝化菌(NOB)和反硝化菌4种目的基因,对各菌群的特征形态进行表达,分析在不同碳氮比条件下生物膜不同微区各功能菌群的结构变化。结果发现,碳氮比对氨氮和总氮去除效果有明显影响。水质分析结果表明,当C/N值分别为4、6、8、10、12时,对氨氮的平均去除率分别为73.64%、77.85%、87.27%、90.20%、85.42%,对总氮的平均去除率分别为47.96%、57.34%、81.26%、87.03%、75.76%。荧光定量PCR结果表明,当C/N值分别为8、10、12时,AOB的平均拷贝数分别为2.50×107、3.08×107、7.85×106copies/ng;NOB的平均拷贝数分别为2.17×105、4.19×105、1.48×105copies/ng。由水质检测和定量PCR综合分析,当碳氮比为10时SBBR的脱氮效果最佳。