后火低温大曲曲皮和曲心细菌多样性及基因功能预测

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对后火低温大曲曲皮和曲心的细菌多样性进行解析,并采用PICRUSt对其基因功能进行预测。α多样性分析发现,曲皮中细菌类群丰度和物种多样性均高于曲心。在属水平上,链霉菌属（Streptomyces）、乳杆菌属（Lactobacillus）、泛菌属（Pantoea）、欧氏杆菌属（Erwinia）和肠杆菌属（Enterobacter）的含量在曲皮中极显著偏高（P＜0.001）;糖多孢菌属（Saccharopolyspora）和高温放线菌属（Thermoactinomyces）含量在曲心中显著偏高（P＜0.05）;芽孢杆菌属（Bacillus）在曲心中极显著偏高（P＜0.001）。经β多样性发现,曲皮和曲心样品间差异极显著（P＜0.001）。在分类操作单元（operational taxonomic units,OTU）水平上,曲皮和曲心中共有大量的核心OTU细菌类群,同时存在部分独特的细菌类群,但其含量较少。经LEfSe（linear discriminant analysis effect size）分析发现导致差异的菌群主要为Streptomyces和Bacillus等优势细菌属。PICRUSt分析发现氨基酸转运和代谢、碳水化合物运输和代谢以及转录在后火大曲细菌类群中有较高表达,曲皮中细菌在细胞骨架的表达上非常显著偏高（P＜0.01）。由此可见,曲皮和曲心中细菌群落结构差异显著,后火低温大曲中具有较强的氨基酸转运和代谢、碳水化合物运输和代谢以及转录功能的细菌类群。     

基于高通量测序技术分析汉中地区泡菜水细菌多样性

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对陕西省汉中地区泡菜水中的细菌构成进行解析,并采用生物信息学方法对其多样性进行分析,同时结合多元统计学等手段探讨汉中泡菜水中微生物结构的差异。结果表明,泡菜水样品中的细菌菌群主要隶属于24个门的553属,优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,其平均相对含量分别为89.12%和7.89%;优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其平均相对含量分别为52.06%、31.40%、4.89%和1.83%。汉中地区的泡菜水样品可以划分为两个聚类,隶属于不同聚类泡菜水样品的α多样性指数无显著性差异（P＞0.05）,但细菌菌群结构存在较大差异（P＜0.05）,且片球菌属和乳杆菌属的相对含量存在显著性差异（P＜0.05）。同时,不同聚类的泡菜水中均存在一些低丰度物种,且均为一些较为独特的细菌类群。     

香辛料对传统发酵泡菜中细菌群落结构及理化特性的影响研究

该研究基于高通量测序技术研究香辛料对传统发酵泡菜细菌群落结构的影响，并监测发酵过程中pH、总酸和亚硝酸盐含量的变化。结果表明，未添加香辛料的泡菜（P组）中主要优势菌属为肠杆菌（46.34%）、明串珠菌（18.25%）、乳球菌（9.76%）、假单胞菌（4.22%）等，添加香辛料的泡菜（PS组）中明串珠菌（70.26%）成为绝对优势菌；主坐标分析（PCoA）结果表明，两组泡菜的菌群结构差异极显著（P<0.01）,PS组中各样本聚集程度高；与P组相比，PS组泡菜有更快的产酸速率，且显著降低了亚硝酸盐的含量（P<0.05）;Spearman相关性分析结果表明，P组中Lactobacillus KR107058.1.1463、Vibrio KF799889.1.1509、Pseudomonas EU539857.1.1397、Pseudomonas AF534216.1.1462和Enterobacteriaceae KC555526.1.1442均与亚硝酸盐含量呈极显著正相关（P<0.01）,PS组中来自明串珠菌属的三个特征序列与亚硝酸盐含量呈极显著负相关（P<0.01...     

盐渍藠头盐水细菌多样性及基因功能预测分析

采用MiSeq高通量测序技术对来凤地区盐渍藠头盐水细菌多样性进行解析,并采用PICRUSt技术对其基因功能进行预测。结果表明,99.58%的基因序列长度为425～451 bp,基本覆盖16S rRNA V3-V4区序列;优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,平均相对含量分别为43.94%、33.12%和18.21%;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和嗜热油菌属（Thermoleophilum）,平均相对含量分别为30.28%、18.21%和16.13%;共有219个核心操作分类单元（OTU）,包含的序列数占总序列数的75.56%;盐渍藠头盐水中可能共有大量具有较强氨基酸转运和代谢功能的细菌类群。     

硫酸软骨素ABC I酶的融合表达及传感器应用研究

采用MiSeq高通量测序技术对来凤地区盐渍藠头盐水细菌多样性进行解析,并采用PICRUSt技术对其基因功能进行预测。结果表明,99.58%的基因序列长度为425～451 bp,基本覆盖16S rRNA V3-V4区序列;优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,平均相对含量分别为43.94%、33.12%和18.21%;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和嗜热油菌属（Thermoleophilum）,平均相对含量分别为30.28%、18.21%和16.13%;共有219个核心操作分类单元（OTU）,包含的序列数占总序列数的75.56%;盐渍藠头盐水中可能共有大量具有较强氨基酸转运和代谢功能的细菌类群。     

河套地区中温大曲细菌菌群多样性解析及其风味品质评价

为解析内蒙古河套地区中温大曲细菌类群及风味品质,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自该地区的5份中温大曲细菌菌群结构及功能进行解析,同时采用电子鼻技术检测大曲风味品质,并通过纯培养技术对大曲中可培养芽孢杆菌（Bacillus）进行分离鉴定。结果表明,大曲中优势细菌属包括高温放线菌属（Thermoactinomyces）、乳杆菌属（Lactobacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、魏斯氏菌属（Weissella）、水杆菌属（Aquabacterium）、芽孢杆菌属（Bacillus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、明串珠球菌属（Leuconostoc）、片球菌属（Pediococcus）和青枯菌属（Ralstonia）,累积平均相对含量为89.31%。其中Bacillus与有机硫化物、萜类物质、氮氧化物和芳香类物质之间存在显著正相关性（P<0.05）,Saccharopolyspora与有机硫化物呈显著正相关（P<0.05）。基因功能预测显示,大曲细菌菌群基因在氨基酸运输...     

张家界和湘西地区鲊广椒细菌菌群多样性比较分析

该研究采用MiSeq测序技术对采集自湖南张家界地区的18个鲊广椒样品进行高通量测序，同时从MGRAST数据库中下载12个湖南湘西地区鲊广椒的高通量测序数据，在将数据合并分析的基础上，通过多种数据方法对张家界和湘西2个地区鲊广椒菌群结构进行比较分析，探究不同地区鲊广椒细菌群落结构的异同。结果表明，2个地区鲊广椒中细菌类群丰度和多样性均无显著差异（P>0.05），但其细菌类群结构存在显著差异（P<0.05）。Mann-Whitney检验发现，张家界地区鲊广椒中乳酸杆菌（Lactobacillus）和假单胞菌属（Pseudomonas）相对含量分别为93.04%和1.78%，较之湘西地区显著偏高（P<0.05），而醋酸杆菌（Acetobacter）相对含量仅为0.03%，较之湘西地区显著偏低（P<0.05）。线性判别分析（LDA）结果表明，乳酸杆菌（Lactobacillus）和假单胞菌属（Pseudomonas）可作为张家界地区鲊广椒中的生物标志物，醋酸杆菌（Acetobacter）为湘西地区鲊广椒中的生物标志物。PICRUSt分析发现，代谢途径E（氨基酸转运与代谢...     

酱香型白酒第四轮次堆积发酵醅堆腰线微生物菌群多样性解析

采用纯培养和Illumina MiSeq高通量测序技术对第四轮次堆积发酵正常和腰线酒醅中的微生物菌群多样性进行解析。通过纯培养计数发现,酒醅腰线处乳酸菌、细菌以及酵母和霉菌的数量均显著高于正常酒醅（P<0.05）。经α多样性分析发现,正常和腰线部位酒醅细菌及真菌菌群的丰度和多样性差异均不显著（P>0.05）。经β多样性分析发现,两处酒醅中细菌类群差异不显著（P>0.05）,而真菌类群差异显著（P<0.05）。经Wilcoxon test检验发现,酒醅腰线处芽孢杆菌（Bacillus）和丝衣霉属（Byssochlamys）的相对含量显著偏高（P<0.05）,而毕赤酵母属（Pichia）、酵母属（Saccharomyces）、有孢圆酵母属（Torulaspora）和接合酵母属（Zygosaccharomyces）显著偏低（P<0.05）。相关性分析发现,腰线部位酒醅微生物菌群间相较于正常部位存在更加密切的联系。由此可见,腰线与正常部位酒醅的微生物类群差异主要体现在真菌类群上。     

来凤地区泡凤头姜盐水细菌群落结构及功能解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北来凤地区泡凤头姜盐水样品的细菌菌群结构进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能进行预测。结果表明,泡凤头姜盐水样品中的细菌菌群归属于19个门、46个纲、96个目、163个科和393个属;优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、气单胞菌属（Aeromonas）、乳球菌属（Lactococcus）、拉恩氏菌属（Rahnella）、弧菌属（Vibrio）、肠杆菌属（Enterobacter）、克吕沃氏菌属（Kluyvera）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、黄杆菌属（Flavobacterium）和欧文氏菌属（Erwinia）,其中Lactobacillus为主要的核心细菌类群（累计相对含量16.97%）;泡凤头姜盐水样品中细菌的基因主要富集在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及能量生产和转换功能上。     

基于宏基因组测序技术解析高温快速发酵豆豉菌群结构与功能注释

为揭示高温快速发酵曲霉型豆豉菌群结构在发酵过程中的变化规律，分析不同发酵阶段菌群的基因功能分布及贡献度之间的差异，基于宏基因组学手段对高温快速发酵豆豉中菌群和功能多样性进行解析，从而揭示菌群结构变化与代谢功能分布规律。菌群结构多样性结果显示，经高温发酵的豆豉中98.9%～99.8%为细菌。发酵前期，魏斯氏菌（Weissella）、乳杆菌（Lactobacillus）、片球菌（Pediococcus）及肠球菌（Enterococcus）4个优势菌属均为乳酸菌，占比总和高达69.91%，而中后期则以拟杆菌属（Bacteroides）、普氏菌属（Prevotella）、肠球菌属等专性厌氧菌属为主；KEGG结果显示，与代谢相关基因占比超过50%，表明发酵过程代谢旺盛，其中碳水化合物代谢和氨基酸代谢为主要代谢通路；CAZy结果显示，糖苷水解酶和糖苷转移酶基因丰度最高，表明发酵过程中糖苷转移活跃，产生丰富的寡糖与单糖供菌群代谢利用。以上研究可为豆豉多菌混合发酵工艺的改进提供新视角，也为后续运用多组学技术探索豆豉微生物与功能风味物质形成的内在机制奠定基础。