牛乳中蜡样芽孢杆菌荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立一种快速检测牛乳中蜡样芽孢杆菌的荧光定量PCR方法,并进行验证。方法根据GenBank中登录的蜡样芽孢杆菌gyrB基因序列及荧光定量PCR要求,设计合适的特异性引物,提取菌体DNA,对目的基因进行扩增及克隆;以重组质粒为模板进行荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线;以蜡样芽孢杆菌DNA为模板进行荧光定量PCR扩增,确定其扩增条件。对建立的方法进行特异性及灵敏性验证。结果建立的方法检测其他3种牛乳中常见致病菌(大肠埃希菌、志贺菌、沙门菌)未见特异性扩增,即无交叉反应;最低检出限为1×10~(-7) ng/μL。以掺入蜡样芽孢杆菌的牛乳为样品,可检测到牛乳中10. 4 CFU/mL的蜡样芽孢杆菌,优于国标方法(GB 4789. 14-2014)检测含有相同菌落数的蜡样芽孢杆菌(仅能检测到1. 04×10~2 CFU/mL)。结论建立的方法特异性强,灵敏性高,适用于快速、准确检测牛乳中的蜡样芽孢杆菌,为实验室快速检测致病菌提供了参考。     

聚合酶链式反应技术快速检测化妆品中大肠杆菌的研究

利用聚合酶链式反应(PCR)技术建立了一种快速检测化妆品中大肠杆菌的方法.根据大肠杆菌的ITS保守序列设计特异性引物,确定引物的特异性;比较3种不同提取大肠杆菌DNA的方法,确定煮沸法为最优方法;模拟染菌的化妆品样品,对其进行增菌,并作为模板进行PCR扩增.结果表明,此方法可以在原样品活菌浓度约8×100 cfu/mL时通过12h增菌后检测出来,总的检测时间可以控制在24 h内.     

猪细小病毒PCR检测方法的建立与应用

目的建立猪细小病毒(PPV)PCR检测方法。方法设计一对针对PPV的特异引物,经方阵滴定法确定PCR检测的最佳条件,以多种病毒DNA为模板进行PCR扩增,并对扩增产物进行斑点杂交鉴定。提取已知滴度的病毒培养物DNA为模板,稀释后进行PCR扩增,测定PCR方法的敏感性。采用此方法检测了180份猪各种组织样品的DNA及PPV-猪组织混合感染PK-15细胞模型。结果仅PPV野毒株和北京分离株AV7909能够扩增出一条531bp的片段,测序结果证明为PPV的特异片段。该方法所能检测的最小病毒滴度值为0.398TCID50,可以检测出PPV-猪组织混合感染PK-15细胞模型中0.500 TCID50的感染量。180份组织样品均未检出PPV。结论该方法具有良好的特异性和敏感性。     

人干扰素诱导跨膜蛋白基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立人干扰素诱导跨膜蛋白(Interferon induced transmembrane protein,IFITM)1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法。方法根据GenBank中登录的人IFITM1、2、3及β-actin基因序列,分别设计4对特异性引物,以质粒pVAX1-IFITM1、2、3和pMD18-T-β-actin为模板,分别进行PCR及实时荧光定量PCR扩增,优化实时荧光定量PCR反应体系及反应条件,绘制标准曲线及扩增曲线,建立实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的重复性、灵敏度及特异性。结果各质粒的PCR及实时荧光定量PCR产物经琼脂糖凝胶电泳分析,均可见大小与理论值相符的特异性条带。IFITM1、2、3和β-actin的最佳荧光定量PCR引物浓度分别为0.2、0.5、0.4和0.5μl,最佳退火温度为55℃。各质粒标准曲线的循环数与起始模板拷贝数的相关性均较好(R2分别为0.998、0.990、0.990和0.995),扩增效率分别为106.284%、101.030%、104.929%和101.962%。IFITM1、2、3基因不同拷贝数的试验内CV为0.14%-0.72%,试验间CV为0.77%-1.58%;灵敏度分别为2.52×100、1.3×100和3.7×101copies;该方法未扩增出鸡肝脏及禽流感病毒H3N2 cDNA,可特异性扩增B型流感病毒cDNA,各标准质粒的溶解曲线约在同一温度出现1个单峰。结论已成功建立了IFITM1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法,该方法具有较高的重复性、灵敏度及特异性,为进一步研究IFITM1、2、3的功能及其基因表达与肿瘤发生发展的相关性奠定了基础。     

绿豆源基因的实时荧光定量LAMP检测方法研究

针对绿豆转录间隔区设计一套引物,通过温度优化、特异性和灵敏度试验,建立一种绿豆源DNA的实时荧光定量环介导等温扩增(LAMP)检测方法。结果显示,实时荧光定量LAMP检测方法在温度为61℃时,引物能够将绿豆、大豆、玉米、木薯和马铃薯DNA区分开,灵敏度可以达到0.1pg·uL~(-1)。实时荧光定量LAMP方法能够快速有效地对绿豆源成分进行检测,为绿豆制品真实性检测提供了一种快速准确的检测方法。     

化妆品中动物源性成分多重实时荧光PCR检测方法的研究

使用优化的Chelex-100结合玻璃奶法提取膏状、液态和固态化妆品中的动物源性DNA;根据驴、马和牛线粒体16S rRNA基因序列设计通用引物和特异性探针,建立了一次性检测化妆品中驴、马和牛3种动物源性成分的多重实时荧光PCR体系,检出限均为0.001 ng。并对市售的面霜、洗面奶和面膜进行盲样检测,验证了体系的可靠性和准确性。     

双重荧光定量PCR技术在药品微生物检验中的应用

目的建立快速检测金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的双重荧光定量PCR方法并在药品微生物检测中应用。方法通过设计特异性引物和探针,扩增金黄色葡萄球菌的femB基因和铜绿假单胞菌的DNA gyrase subunit B基因,建立荧光定量PCR方法。将该方法应用于30批次药品微生物检测。结果建立同时检测金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的双重荧光定量PCR方法,从DNA提取到检测完毕仅需2 h。检测灵敏度为50 copies/μL,特异性为100%。30批次样品检验结果表明该方法与传统细菌培养方法结果一致。结论该法缩短了检测时间,具有良好的灵敏性和特异性,在药品微生物检验中有很好的应用前景。     

皮内注射用卡介苗特异性鉴别试验多重PCR检测方法的建立及验证

目的建立皮内注射用卡介苗(Bacillus Calmette Guerin vaccine,BCG)特异性鉴别试验的多重PCR法,并进行验证。方法根据GenBank登录的Pasteur 1173P2株序列(AM408590. 1)设计并合成引物,以制备的BCG特异性鉴别试验国家参考品(简称BCG鉴别参考品)DNA为模板,多重PCR法扩增其特异性缺失区RD1,产物经3%琼脂糖凝胶电泳鉴定,验证方法的重复性、中间精密度、特异性、耐用性及灵敏度;采用该方法检测8批皮内注射用BCG供试品。结果 BCG鉴别参考品在重复检测6次、2名检测人员分别重复检测3 d、不同PCR退火温度及不同DNA聚合酶加量时均扩增出约200 bp的核酸片段;最低可检10 pg/mL的目的基因,仅对结核分枝杆菌H37Rv及皮内注射用BCG样品DNA扩增出特异性条带。经该方法检测,8批供试品PCR产物电泳均可见单一的目的条带,无RD1序列存在,大小与BCG鉴别参考品一致。结论多重PCR法的重复性、中间精密度、特异性、耐用性及灵敏度良好,可应用于皮内注射用BCG特异性鉴别试验。     

常规PCR法快速鉴别不同种属来源的粗品肝素钠

目的采用常规PCR法快速鉴别不同种属来源的粗品肝素钠。方法通过柱回收和胶回收两步回收法,从粗品肝素钠中提取动物残留核酸,以其为模板,通过常规PCR法进行种属来源的鉴定。分别以猪、羊来源的核酸为模板,用3种种属特异性引物(猪、羊1、羊2)进行PCR扩增,验证引物的特异性;对柱回收、胶回收和两步回收法提取的核酸样品及含不同比例(1%、5%、10%、15%)羊来源肝素钠的混合样品进行PCR检测;并检测3批次肝素钠样品的种属来源。结果猪的引物能特异性扩增猪来源的核酸,羊的引物能特异性扩增羊来源的核酸;采用单一胶回收和柱回收法提取的残留核酸,不能有效地利用常规PCR鉴定种属来源,而两步回收法提取的残留核酸,能有效地利用常规PCR鉴定种属来源;采用两步回收法提取核酸,可检测到含1%羊来源肝素钠的混合样品;3批次的肝素钠样品中均混有羊肝素钠。结论常规PCR法操作简便迅速,成本较低,可用于不同种属来源的粗品肝素钠的定性检测。     

中蜂囊状幼虫病毒RT-PCR检测方法的建立

目的建立中蜂囊状幼虫病毒RT-PCR检测方法。方法参照已发表的中蜂囊状幼虫病毒(CSBV)基因序列,针对其结构蛋白基因设计1对特异性引物,提取感染CSBV的囊状幼虫RNA,反转录为cDNA,以其为模板,进行PCR扩增,对检测方法进行优化,验证该方法的特异性及敏感性,并对31份临床样品进行检测。结果所建立的CSBVRT-PCR检测方法特异性和敏感性良好,以含CSBV结构蛋白基因的重组质粒为模板,最低可检出10pgDNA。临床症状诊断和电镜观察均为阴性的22份样品经RT-PCR检测,有2份扩增出目的条带。结论已建立了中蜂囊状幼虫病毒RT-PCR检测方法,为CSBV检测、流行病学调查及动物模型的建立奠定了基础。     

长效重组人生长激素纯化液中CHO-K1细胞残留DNA实时荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立检测CHO-K1细胞表达长效重组人生长激素(Fc-recombinant human growth hormone,Fc-rhGH)纯化液中残留DNA的实时荧光定量PCR方法,并进行验证。方法提取CHO-K1细胞基因组DNA,特异性PCR扩增后,克隆至pMD18-T载体,构建重组质粒,以其为标准品,建立实时荧光定量PCR检测方法;并对方法进行灵敏度、线性、准确度、精密度、特异性及耐用性验证。结果建立的方法灵敏度可达2. 6×10~1 copies/μL。标准曲线的回归方程为y=-3. 487 x+30. 201,R~2=0. 999;检测样品中DNA回收率在73. 56%～101. 87%范围内,RSD均小于10%;该方法可特异性扩增CHO-K1细胞的基因组DNA,而Vero细胞、MDCK细胞、Wish细胞及大肠埃希菌等基因组DNA均未见明显的扩增;样品精密度测定Ct的RSD在0. 4%～2. 95%之间;于两种不同PCR仪器上检测标准品,扩增效率分别为98%、99%,相关系数R~2均为0. 999。结论成功建立了一种检测CHO-K1细胞表达Fc-rhGH纯化液的残留DNA的实时荧光定量PCR方法,该方法具有较好的灵敏度、线性、准确度、精密度、特异性和耐用性。     

黑曲霉实时荧光PCR检测方法的建立

目的建立黑曲霉实时荧光PCR检测方法。方法对6种主要病原曲霉(黑曲霉、烟曲霉、杂色曲霉、构巢曲霉、土曲霉及黄曲霉)的GAPDH基因序列进行比对分析,选择黑曲霉特异位点设计引物和探针,对黑曲霉进行实时荧光PCR扩增,并检测该方法的灵敏度及特异性。结果该方法可检出2.78×10-10μg/ml的黑曲霉基因组DNA;对亲源关系较近的11株不同种曲霉及4株其他属临床常见的病原真菌进行实时荧光PCR检测,未发现有交叉反应。结论已建立了灵敏度高、特异性好的快速检测黑曲霉的实时荧光PCR方法。     

低温脂肪酶产生菌Trichosporon pullulans的脂肪酶基因克隆

以产低温脂肪酶菌株5-1为材料,用酶法和CTAB法分别提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳检测亮带进行比较,结果表明用CTAB法提取的DNA的完整性更好、浓度更高;该菌株通过18SrDNA基因鉴定,即以待检菌株提取的DNA为模板,以18SF、18SR为引物,进行PCR扩增,由18SrRNA的保守序列分析,鉴定为Trichosporon pullu-lans茁芽丝孢酵母属;利用脂肪酶的同源基因片段来设计引物,以该菌株的DNA为模板,进行PCR筛选,克隆脂肪酶基因;并对模板量、退火温度两个重要因素进行优化,初步确定最佳PCR扩增条件为：模板量为DNA原液,退火温度为55～45℃梯度降低。     

保健食品中3种病原菌多重PCR快速检测方法的建立及验证

目的建立快速检测保健食品中沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌的多重PCR(multiplex PCR,m PCR)方法,并进行验证及初步应用。方法以提取的各菌株基因组DNA为模板,利用Gen Bank中登录的沙门菌inv A、志贺菌ipa H、金黄色葡萄球菌nuc基因序列设计引物,采用优化后的反应体系及确定的反应条件进行PCR扩增,扩增产物经3%琼脂糖凝胶电泳鉴定,对建立的方法进行特异性、敏感性、重复性验证。将沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌等量混合后,进行10倍系列稀释,加至10批无病原菌蛋白质粉和10批无病原菌减肥茶样品匀浆中,用建立的方法进行PCR扩增,并与GB常规生化检测结果进行比较。结果确定m PCR反应体系为:10×PCR buffer 2.0μl,d NTPs 2.5μl,Taq DNA酶0.6μl,上下游引物各1.5μl,Mg2+1.0μl,补加dd H2O至25μl。10株细菌中,沙门菌、2株志贺菌、金黄色葡萄球菌扩增结果为阳性,其他菌株为阴性,inv A、ipa H、nuc基因扩增片段与Gen Bank登录的序列同源性分别为99%、99%和100%;沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌菌株均能在101~105 CFU/ml浓度时扩增出特异性目的条带;5个浓度混合菌液扩增产物均可见特异性反应条带。该方法扩增出10批人工添加细菌蛋白质粉和10批人工添加细菌减肥茶中沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌的特异性基因片段,检出限均为102 CFU/ml,与GB常规生化检测结果一致。结论建立的保健食品中沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌m PCR检测方法特异性强,灵敏度高,重复性好,可满足不同检验机构快速、准确检测保健食品中多种病原微生物样品的实际需要。     

大肠埃希菌O157:H7新型多重PCR检测方法的建立及其初步应用

目的建立一种能够满足现场快速检测、完全脱离实验室仪器设备的大肠埃希菌O157∶H7多重PCR检测方法。方法利用大肠埃希菌O157∶H7抗原基因保守序列fli Ch7和rfb E设计2对引物,并对Palm PCR G1-12退火温度、循环数、引物浓度及引物最佳比例进行优化,建立微量快速检测大肠埃希菌O157∶H7的多重PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行验证。取疑似病牛粪便共9份,利用粪便DNA提取试剂盒提取DNA,按照建立的PCR方法进行扩增,扩增产物经微型电泳仪电泳检测并照相。结果确定大肠埃希菌O157∶H7 PCR的最佳退火温度为54℃,循环数为25个循环,上下游引物浓度为10μmol/L,2对引物最适比为fli Ch7∶rfb E=1∶3。大肠埃希菌O157∶H7扩增产物可见625 bp(fli Ch7)和213 bp(rfb E)的特异性片段,而大肠埃希菌(ATCC25922)、猪链球菌2型、金黄葡萄球菌、鲍氏不动杆菌、小肠耶尔森菌、单增李斯特菌、沙门菌的PCR检测结果均为阴性,最低扩增DNA浓度为10 pg/μl,重复扩增5次均可见目的条带。9份疑似病牛粪便样品中,共检测出7份大肠埃希菌O157∶H7阳性样品。结论建立了大肠埃希菌O157∶H7微量快速多重PCR检测方法,该方法特异性、灵敏性和重复性均良好,可在现场约1 h报告结果,对突发性传染病的防治具有重要意义。     

聚合酶链式反应技术检测化妆品中的铜绿假单胞菌

利用聚合酶链式反应(PCR)技术建立了一种快速检测化妆品中铜绿假单胞菌的方法。根据已报道的铜绿假单胞菌特异性基因ETA设计引物,确定引物的特异性和灵敏度;对染菌化妆品样品进行增菌检测。琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物结果显示,仅在含有铜绿假单胞菌基因组的样品中得到条带;对染菌样品的扩增结果显示,可以在原样品的活菌浓度为6 cfu.mL-1时通过增菌12 h后检出。     

鸭瘟病毒PCR检测方法的建立及验证

目的建立鸭瘟病毒PCR检测方法,并进行验证。方法根据GenBank中登录的鸭瘟病毒基因(UL30、UL31)序列,设计合成1对特异性引物,以鸡胚化弱毒疫苗株病毒基因组DNA为模板,进行PCR扩增。优化PCR的反应条件,并对方法的敏感性、特异性及适用性进行验证。结果经PCR可扩增得到446 bp的目的基因条带,测序结果与已发表的序列同源性达100%。该方法的最低检出限为2.1 pg,对7种鸭易感性病原体及3种鸭瘟病毒同类病原体的检测结果均为阴性。结论已建立了敏感、特异、快速的鸭瘟病毒PCR检测方法。     

鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立鸡主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)BF1和BF2基因实时荧光定量PCR[Real-time fluorescent quantitative(FQ)-PCR]检测方法。方法从鸡外周血淋巴白细胞(Peripheral blood leuk-ocytes,PBLs)中提取细胞总RNA,以其为模板,根据BF1、BF2和GAPDH基因相对保守序列各设计一对引物,应用RT-PCR法扩增目的基因,分别克隆至pGM-T载体上,制备重组质粒标准品,经PCR、EcoRⅠ酶切及测序鉴定;优化反应体系及反应条件,绘制标准曲线,建立Real-time FQ-PCR检测方法,并验证其敏感性、特异性及重复性。结果重组质粒标准品经PCR、酶切及测序鉴定构建正确;建立的定量标准曲线临界循环数(Threshold cycle,Ct)与BF1、BF2和GAPDH起始质粒DNA拷贝数的对数之间线性关系良好,相关系数分别为1.00、0.98、0.99,扩增效率分别为0.8、1.1、1.1;该方法的敏感性可达101copies/μl;融解曲线分析表明扩增效率一致,特异性较好;质粒DNA标准品3次检测的CV值误差不超过0.5,均小于5%。结论已成功建立了鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法,为下一步应用该法检测BF1和BF2基因的转录水平奠定了基础。     

猪细小病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)荧光定量PCR检测方法,并进行验证及初步应用。方法根据GenBank中登录的PPV NADL-2株序列,针对VP2区设计引物,以提取的PPV核酸为模板,进行荧光定量PCR扩增;优化反应体系及反应条件,并进行专属性、重复性和敏感性验证。用建立的荧光定量PCR法检测辛酸沉淀及L、P、S公司生产的纳米膜过滤器去除制品中PPV的效果。结果优化后的荧光定量PCR反应体系:Eva Green预混液7.5μl,上下游引物各0.5μl,模板DNA 1μl,补加dH2O至15μl;反应条件:95℃3 min,95℃10 s和60℃10 s,共40个循环;模板浓度的对数值与循环数的相关性较好(R2=0.999),扩增效率为102.5%。该方法可特异性扩增PPV,而对伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)、牛细小病毒(bovine parvovirus,BPV)、鼠细小病毒(minute virus of mice,MVM)及猪肾细胞PK-15无扩增反应;试验内CV为0.79%².81%,试验间CV为1.23%2.81%,试验间CV为1.23%².21%,均<5%,最低检测限为102copies/μl。辛酸沉淀可使样品中PPV浓度下降5 Logs;不同公司生产的20 nm膜滤器过滤量及过滤效果均有明显差异,其中S公司生产的滤器效果最好,可使样品中的PPV滴度下降4 Logs。结论已成功建立了PPV荧光定量PCR检测方法,为快速、准确的检测病毒去除工艺对PPV的去除效果奠定了基础。