基于末端产物和基因序列的SRB菌系统发育分析

为实现细菌的多相分类,应用Hungate厌氧技术,从大庆油田采出液中分离到8株硫酸盐还原菌.通过对菌株的气相色谱末端产物测定,16S rDNA、16S～23S rDNA间隔区(ISR)序列克隆进行菌株的系统发育分析.结果表明:8株菌分别属于Salmonella(D2、I7)、Clostridium(F4、D10、H1)、Anaerofilum(A8、A18)、Enterobacter(E1).聚类分析表明,菌株的ISR序列长度差异较大,包含的tRNA种类和数目不同,间隔区序列可以作为16S rDNA序列系统发育分类的一个有力的补充;气相色谱末端产物相似的菌株,亲源关系比较接近,可以作为细菌鉴定的依据;其中16S rDNA序列作为细菌分类的主要依据,对存在争议的菌株,应该结合形态、生理生化特征和ISR序列以及气相色谱末端产物等综合对其进行系统分类.     

砂箱中柴油降解菌株的分离鉴定

以0#柴油为唯一碳源,从模拟生物修复柴油污染土壤的砂箱中筛选出4株柴油降解菌株B-1、B-2、B-3和B-4,根据形态学观察及16S rDNA序列比对分析,4株菌株分别属于微杆菌属（Microbacterium sp.）、短波单胞菌属（Brevundimonas sp.）、Tetrathiobacter kashmirensis、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）,且菌株B-3是2005年在克什米尔某处果园土壤中新分离出来的柴油降解菌株。此外,通过比较各菌株的生长曲线,菌株B-3和菌株B-4较其他两株菌优先进入对数生长期,对加快柴油的生物降解意义重大。     

硫酸盐还原菌Anaerofilum Pentosovorans A9鉴定及其生长因子研究

应用Hungate厌氧技术,从大庆油田常规水驱采出液中分离到一株硫酸盐还原功能菌株A9,进行形态、生理生化、16S rDNA以及16S-23S rDNA间隔区序列鉴定以及生长因子研究.该菌株为G ,短杆状,能运动,具有硫酸盐还原功能,产H2S,兼性厌氧;能以水溶性聚丙烯酰胺为唯一碳源;A9菌株与Anaerofilum pentosovorans(AP716816S)的相似性水平达98%,初步鉴定可能为Anaerofilum属的新种,暂时命名为Anaerofilum pentosovoransA9.生长因子及其正交试验结果表明,pH、温度都达到极显著的水平,聚合物影响达到显著水平;菌株最适生长pH为8.0,喜中性偏碱环境;最适温度为40℃,属于嗜中温菌;聚合物质量浓度为600 mg/L生长较好,菌株对降低聚合物黏度效果明显;总矿化度最适生长范围为1.5×103-2.5×104mg/L.     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌.以其16S rDNA 序列相似性为基础构建系统发育树.结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%.耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质（Ectoine）生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30 ℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L.     

聚丙烯酰胺降解菌筛选与分子生物学鉴定

从大庆油田聚驱后油藏采出水中筛选出一株降解聚丙烯酰胺的细菌菌株——QSJU001.该菌株能在以聚丙烯酰胺为惟一碳源的无机盐培养基中生长.对该菌进行16SrDNA序列的分子生物学鉴定,测得的16SrDNA序列与GenBank中最相近的前10个菌株的相似性均为99%.利用该菌属与最相近的前10个菌株构建该菌种的系统发育树,结果显示该菌株与Acinetobacter baumannii strain KK14菌株的碱基差别最小.该菌的形态特征观察、生理生化特征检测、16SrDNA分子生物学鉴定结果表明,菌株QSJU001与Acinetobacter baumannii strain KK14亲缘关系最近,属于不动杆菌属.降解率实验结果表明,菌株QSJU001对聚丙烯酰胺降解率基本稳定在33%左右,对聚丙烯酰胺的降解效果较好.     

高效石油烃降解菌的分离鉴定及降解特性

为获得更为丰富的石油降解微生物资源,从沈抚污灌区石油污染土壤和实验室高浓度柴油胁迫土壤中筛选出了4株高效石油烃降解菌SF-422、SF-428、SF-433和SYS-1.这4株菌总石油烃(Total petroleum hydrocarbon/TPH)生物降解率为67.4%~73.6%.经过16项生理生化特性实验和16S rDNA序列分析鉴定,SF-433,SF-428,SF-422和SYS-1分别为蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus),木糖氧化无色杆菌(Achromobacter xylosoxidans),施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)和洋葱伯克霍尔德氏菌(Burkholderia cepacia).纯烃降解定性实验表明所筛选出的4株高效降解菌均能够利用正十六烷、苯、菲和环己烷为唯一碳源生长,其中菌株SF-428和SYS-1显示了对芳烃及环烷烃较强的利用能力.     

一株耐盐菌EC51的生长特性及其系统发育分析

从大连市普兰店盐场盐池底部的淤泥中筛选出一株耐盐菌EC51,研究了分离菌株的形态和生长特性,该菌株为革兰氏阳性杆状菌。以其16S rDNA序列相似性为基础构建系统发育树。结果表明,EC51与Bacillus Pumilus的相似性达到99%。耐盐菌EC51的渗透压补偿溶质(Ec-toine)生成情况实验表明,用含2 mol/L NaCl的肉汤培养基,在30℃条件下培养48 h,诱导生成Ectoine为197.8 mg/L。     

中国浓香型白酒窖池中原核微生物的特性及系统发育分析

利用PBS缓冲液富集窖池酒醅中的微生物菌体，研究窖池中微生物区系分布及相互关系。在分子分类水平上，运用PCR扩增技术和16S rDNA序列同源性分析等方法测定窖池中原核微生物的16S rRNA基因全序列，根据与基因数据库中相似菌群16S rDNA序列的同源性比较建立系统发育树图。结果发现：当浓香型窖池中酒醅发酵60d后，窖池中心部位仅有细菌分布且主要分为4个菌群，高G C(mol)％革兰氏阳性放线菌群、低G C(mol)％革兰氏阳性乳酸细菌群、梭杆菌群、革兰氏阴性紫细菌群，其中，β-紫细菌群约占窖池中原核微生物的80％。     

嗜盐菌AB3中细菌视紫红质和系统发育研究

为了研究分析嗜盐古生菌物种与细菌视紫红质(BR)蛋白基因资源,分离纯化得到极端嗜盐古生菌AB3. 采用聚合酶链式反应(PCR)方法对其编码螺旋C至螺旋G的蛋白基因片断和16S rRNA基因进行了扩增,并测定了基因的核苷酸序列. 翻译出的氨基酸序列与已报道的相应片断进行对比,AB3中的螺旋C至螺旋G蛋白与其他菌株差异显著.基于BR蛋白和16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明,AB3是Natrinema属中的新成员. 菌株AB3的16S rDNA序列已被GenBank数据库收录,其序列号为AY277583.     

聚丙烯酰胺的高温水解作用及其选型研究

部分水解聚丙烯酰胺（ＨＰＡＭ）在高温条件下的水解作用被认为是ＨＰＡＭ化学降解的主要机理,是选用ＨＰＡＭ时必须要考虑的因素。使用淀粉－碘化镉方法测量了７５℃条件下不同老化时间ＨＰＡＭ在清水和污水（油田产出水）中的水解度值,研究了２各不同水解度的ＨＰＡＭ在清水和污水中的水解规律,得出了ＨＰＡＭ的水解度和老化时间的ＨＰＡＭ的水解度值。在清水中,ＨＰＡＭ的水解速度为常数,水解机理介于自加速和自阻滞水解机理     

同步硝化反硝化细菌的鉴定与脱氮特性研究

依据同步硝化反硝化脱氮原理,以生活污水处理厂污泥为种泥,利用15℃低温摇床富集并分离出同步硝化反硝化细菌（SNDB-5）,采用传统与现代分子生物学相结合的手段对其鉴定,以确定其分类地位;利用水浴摇床研究SNDB-5对硝化细菌液体培养基NO2--N的去除效果。结果表明：SNDB-5与Pseudomonas mendocina同源性达99.0%,形态特征、革兰氏染色及生理生化与Pseudomonas mendocina最相似,属假单胞菌属;摇床培养反应条件显示,当NO2--N浓度加大到150mg/L时,菌株SNDB-5的活性受到了抑制。     

产絮凝剂微生物的分离与鉴定及其絮凝剂特性

从污水处理厂活性污泥中经富集、分离得到一株产絮凝剂的细菌Z-052,其发酵液对高岭土的絮凝效果达90%以上。采用16S rDNA序列分析法对该株菌进行鉴定,其核苷酸序列与Dia-phorobacter nitroreducens的同源性为98%,登录号AB076856.1,在细菌系统发育分类学上属于Diaphorobacter属。Zn2+离子对絮凝的促进作用效果最好,絮凝剂在100℃沸水中加热35 min絮凝活性下降小于5%。Z-052絮凝剂对活性炭、土壤、酵母等固体颗粒悬液的絮凝活性分别达到95.1%、80.4%和72.4%。     

海参肠道菌HS-A38的鉴定

对一株编号为HS-A38的分离自大连海域野生海刺参样品的细菌进行鉴定和抗菌活性研究.采用传统的分类学方法观察菌株HS-A38的形态,结合16S rDNA序列分析在GenBank上进行比对确立其进化地位.利用金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtili)、溶...     

聚丙烯酰胺溶液的地下流变特征

通过室内物理模拟方法，利用岩心流动实验装置，研究了不同分子量、浓度的聚合物溶液通过不同渗透率的多孔介质流变特性。实验结果显示聚丙烯酰胺溶液在多孔介质中呈现剪切变稀主剪切增稠的双重流变特性，其临界流速随分子量、浓度的增加而减小，随渗透率增大而增大。在剪切增稠区，流变性满足幂律模型，而且流变行为指数仅仅是聚合物本身性质参数的函数，而与渗透率无关。这一结果认为在聚合物驱的注入井附近地带将导致附加压降，影响聚合物的注入性能。     

丝状膨胀好氧颗粒污泥细菌组成及丝状膨胀的控制

采用构建16S rDNA克隆文库方法对发生丝状膨胀的好氧颗粒污泥的细菌种群进行研究.结果表明,丝状膨胀的好氧颗粒污泥共包含六大类群,分别是β-proteobacteria(36.23%)、Sphingobacteria(20.29%)、δ-Proteobacteria(13.04%)、Flavobacteria(10.14%)、γ-Proteobacteria(1.45%)和Actinobacteria(1.45%),通过序列比对可知好氧颗粒污泥中存在Sphaerotilus natans等丝状菌,但根据所占比例确定其不是导致好氧颗粒污泥丝状膨胀的细菌.对膨胀颗粒污泥外边缘的丝状微生物进一步鉴定,发现它属于丝状真菌.试验验证了进水pH随运行时间降低是导致葡萄糖配水培养好氧颗粒污泥发生丝状膨胀的主要原因.采用缩短运行周期、运行过程中投加NaHCO₃和减少曝气量的方法均可预防好氧颗粒污泥的丝状膨胀,但投加碱度是最直接有效的方法,且在发生丝状膨胀初期还可通过该方法控制膨胀.     

Length polymorphisms for intergenic spacer regions of 16S-23S rDNA in members of the new hydrogen-producing bacteria

A method based on PCR amplification of the 16S rRNA gene (rDNA)-23S rDNA intergenic spacer regions (ISR) was developed for the identification of species within the novel group hydrogen-producing anaerobes. The sizes of the PCR products varied from 1264 to 398 bp. Strain of isolate Rennanqilyf 3 was characterized as having products of 1262,398,638,437 and 436 bp. The isolate Rennanqilyf 1 had product of 1264 bp. The isolate Rennanqilyf 13 had products of 1261,579 and 485 bp. Of the 3 species of the novel group hydrogen-producing anaerobes examined, no one was indistinguishable. Two environmental isolates were identified as hydrogen-producing bacteria, which were new species in present taxon. Rennanqilyf 3 could not be associated with any Clostridium sp. studied. Rennanqilyf 1 could be classified into Clostridium genus. The combination between 16S rDNA equencing and length polymorphisms of IRS in 16S-23S rDNA is a better method for determining species of the hydrogen-producing bacteria.     

基于城市污水好氧颗粒污泥脱氮除磷系统种群多样性研究

采用16S rDNA克隆文库方法对城市污水脱氮除磷好氧颗粒污泥的细菌种群进行了多样性研究.从16S rDNA克隆文库中随机挑选110个克隆子测序并进行了BLAST比对.结果表明:好氧颗粒污泥序批式反应器(GSBR)系统中细菌群落具有高度多样性,包含14个类群,优势细菌类群为Proteobacteria类群(变形菌类群),占85.18%;细菌类群优势顺序为β-Proteobacteria、α-Proteobacteria、γ-Proteobacteria、uncultured Bacteroidetes、Candidatedivision TM7、δ-proteobacterium、Firmicutes、Planctomycetacia、Actinobacteria、Sphingobacteria、Flavobacteria、Cytophagia、Uncultured bacterium和Uncultured anaerobic bacterium.初步分析了不同细菌类群在脱氮除磷系统中的作用,其中,Proteobacteria纲中部分为聚磷菌,Acidovorax sp.、Planctomycetacia、Cytophagia、Flavobacteria对氮的脱除均有一定作用.