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相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 127 毫秒
1.
药物分子对接中应用网格的研究与进展   总被引:6,自引:0,他引:6  
药物分子对接所涉及的搜索空间非常巨大,需要耗费大量的时间,并且对计算环境也有较高的要求.将网格技术应用于药物分子对接中,能有效地解决上述问题.首先对分子对接理论做了简单介绍;然后,利用网格数据传输和网格任务调度等网格技术对分子对接过程进行了优化,有效利用了网格结点资源,并降低了药物分子的对接时间;最后的实例测试表明了药物分子对接与网格技术相结合的合理性及有效性.  相似文献   

2.
药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。  相似文献   

3.
CUDA下受体评分网格生成并行算法   总被引:1,自引:0,他引:1  
针对分子对接中生成评分网格需要花费很多的计算时间这一问题, 提出了一种基于统一计算设备架构(CUDA)的评分网格生成并行算法。该算法把传统计算方法中三维计算空间中的一维通过在图形处理单元(GPU)上进行并行处理, 使得总生成时间得到了降低, 提高了评分网格的生成效率。实验结果表明, 借助于GPU的浮点计算能力, 提出的并行算法对比传统的计算方法可以显著缩短评分网格的生成时间, 为评分网格的生成提供一种新的方式。  相似文献   

4.
目的 火灾场景数值仿真对消防救援和应急疏散具有重要意义。火灾场景仿真需要对室内外地物及环境进行精细建模和大量数值计算,而传统地图和空间分析无法满足日趋复杂的建筑物消防场景表达。为此本文基于室内外地图研究基础,构建面向社区安全的火灾场景数值仿真模型。方法 通过传统制图技术建立社区地物分布模型,利用室内制图技术建立建筑物内部场景,利用3维建模技术重建社区室内外3维模型,引入火灾数值模拟方程进行仿真计算。根据社区建筑物分布和其内部结构复杂程度的差异,提出分区域变尺度的网格划分方法,以提高计算效率。结果 通过对红树湾社区进行"精细"、"粗糙"和"分区域变尺度"3种不同方法的仿真实验,分析火灾模型的计算速度、温度场及烟气扩散情况。与精细网格方法相比,分区域变尺度方法和粗糙网格方法的计算速度是其8倍和24倍,烟气最低能见度误差为2 m和13.5 m,分区域变尺度方法相较于粗糙网格方法与精细网格方法的温度变化曲线更加吻合。分区域变尺度方法的模拟精度更接近于精细网格方法,同时效率得到提升。结论 本文提出的火灾场景仿真模型将室内制图应用扩展到社区消防研究,实验结果表明,所提出的分区域变尺度网格划分方法能够在保证数值模拟精度的前提下提高仿真效率,具有重要的应用价值。  相似文献   

5.
基于传统动态任务迁移方法,针对药物分子对接任务,提出了云环境下药物分子对接任务优化迁移策略。通过分析各结点自身中断事件发生次数的数学期望和方差,得出即时可靠性评价参数,从而选取最可靠的结点作为迁移目标。在源结点和可靠的目标结点之间实施增量数据预迁移,缩短了停机拷贝时间。最后的实例表明任务迁移策略能够在云环境下选择可靠目标结点,药物分子对接安全性得到了提高。  相似文献   

6.
蛋白质种类和小分子的数量过多,对于药物的模拟开发运算量巨大。而分子对接是研究新药的重要手段,因此提高分子对接实验系统的工作效率十分重要。分子对接主要目的是研究蛋白质受体和配体小分子之间的作用与联系。本文通过模拟实验,搭建了一个Hadoop平台,并利用Hadoop强大的并行计算能力对蛋白质(1ppe与1uy6)与多组数量不同的配体小分子进行对接,最后对工作过程进行了相应的比较与优化。实验结果表明,该系统可以有效提高对接效率,并且具有较好的稳定性和便利性。  相似文献   

7.
分子场是研究分子结构与功能的重要工具之一,已经成为药物设计和分子对接的常规方法。分子间作用力分布在3维空间,现有的蛋白质显示方法,如范德华表面,分子表面,球棍模型等,都难以对分子间作用力进行空间可视化分析。分子间各种相互作用中,静电力和范德华力在许多生物过程中都扮演着重要的角色,对蛋白质静电相互作用和范德华相互作用的正确计算模拟有着重要的理论和实践意义。分子场的计算分析从蛋白质分子结构出发,先经过分子模拟采样计算得到分子场,再对分子场进行可视化分析,提出针对分子场特点的分步式传输函数设计法,直观地反映了分子场在空间的分布,对于分析蛋白质结构功能、了解分子间相互作用机理以及进行药物设计和分子对接都有重要作用。  相似文献   

8.
为了提高复杂场景的碰撞检测效率,提出一种基于拓扑空间网格的碰撞检测算法. 由于场景中存在众多形状复杂、尺寸不一且运动状态不同的物体,首先采取场景预处理对空间进行均匀八叉树网格划分,建立物体方向包围盒层次树与空间网格拓扑结构,利用静态大尺寸物体分割策略提升定位精确性,然后在实时检测中利用拓扑空间网格及投影相交测试排除大量不相交物体对,利用层次包围盒算法对潜在碰撞对进行精确检测并计算出碰撞点. 实验结果表明,本算法有效地提高了实时检测的效率,适用于复杂虚拟场景中的碰撞检测.  相似文献   

9.
目的:探讨血府逐瘀汤在心血管疾病的药理学性质.方法:1.分子描述符的主成分分析法,研究血府逐瘀汤所含分子与药物/类药分子的化学空间分布;2.分子对接法和靶-配体空间分布,初步鉴定出血府逐瘀汤中治疗心血管疾病的有效成分群;3.药代动力学特征预测.结果:血府逐瘀汤所含分子比药物/类药分子有更优良的多样性,通过分子对接打分,有些化合物显示出多重激酶特性,但其药代动力学特征预测与实验有差别.结论:血府逐瘀汤中分子对心血管疾病多通路、潜在协同作用的药理学性质.  相似文献   

10.
围绕挖掘动态数据流频繁模式问题,详细讨论数据流管理模型和挖掘技术;设计兼容网格基础结构、支持多种挖掘策略的数据挖掘网格平台;发展伺机挖掘思想,根据局部数据流片段的特性不断地调整存储结构和变换搜索方式,解决效率与空间的矛盾,提高微观效率;应用网格技术有效地利用计算资源进行分布式挖掘,提高宏观效率。  相似文献   

11.
现有的位置匿名算法的匿名时间较长,匿名后的空间区域较大,严重影响查询的服务质量。为了解决这些问题,提出了一种基于网格划分空间的位置匿名算法,该算法基于位置k-匿名模型,采用网格结构划分空间后对用户位置进行位置匿名。实验结果表明,该算法在满足用户位置隐私需求的前提下,位置匿名时间更短,用户的平均匿名空间减小,从而大幅度提升用户查询的服务质量。  相似文献   

12.
浅析网格相关应用技术   总被引:3,自引:1,他引:3  
文中论述了网格数据传输和资源优化分配等网格相关技术。文中提出一种基于网格的动态数据并行传输方法,该算法能提高数据的传输速率和增强数据传输的稳定性,并给出该算法与其他算法在传输速度和稳定性上的实例比较;文中运用市场价格体系对动态变化环境的良好适应能力来处理网格资源分配中的异构性和动态性等难题。  相似文献   

13.
Grid computing offers the powerful alternative of sharing resources on a worldwide scale, across different institutions to run computationally intensive, scientific applications without the need for a centralized supercomputer. Much effort has been put into development of software that deploys legacy applications on a grid-based infrastructure and efficiently uses available resources. One field that can benefit greatly from the use of grid resources is that of drug discovery since molecular docking simulations are an integral part of the discovery process. In this paper, we present a scalable, reusable platform to choreograph large virtual screening experiments over a computational grid using the molecular docking simulation software DOCK. Software components are applied on multiple levels to create automated workflows consisting of input data delivery, job scheduling, status query, and collection of output to be displayed in a manageable fashion for further analysis. This was achieved using Opal OP to wrap the DOCK application as a grid service and PERL for data manipulation purposes, alleviating the requirement for extensive knowledge of grid infrastructure. With the platform in place, a screening of the ZINC 2,066,906 compound "drug-like" subset database against an enzyme's catalytic site was successfully performed using the MPI version of DOCK 5.4 on the PRAGMA grid testbed. The screening required 11.56 days laboratory time and utilized 200 processors over 7 clusters.  相似文献   

14.
Producing high quality depictions of molecular structures has been an area of academic interest for years, with visualisation tools such as UCSF Chimera, Yasara and PyMol providing a huge number of different rendering modes and lighting effects. However, no visualisation program supports per-pixel lighting effects with shadows whilst rendering a molecular trajectory in space filling mode.In this paper, a new approach to rendering high quality visualisations of molecular trajectories is presented. To enhance depth, ambient occlusion is included within the render. Shadows are also included to help the user perceive relative motions of parts of the protein as they move based on their trajectories. Our approach requires a regular grid to be constructed every time the molecular structure deforms allowing per-pixel lighting effects and ambient occlusion to be rendered every frame, at interactive refresh rates. Two different regular grids are investigated, a fixed grid and a memory efficient compact grid.The algorithms used allow trajectories of proteins comprising of up to 300,000 atoms in size to be rendered at ninety frames per second on a desktop computer using the GPU for general purpose computations. Regular grid construction was found to only take up a small proportion of the total time to render a frame. It was found that despite being slower to construct, the memory efficient compact grid outperformed the theoretically faster fixed grid when the protein being rendered is large, owing to its more efficient memory access patterns. The techniques described could be implemented in other molecular rendering software.  相似文献   

15.
为了模拟空间的分离过程,在地面上研制了具备五自由度的大型缓冲试验台,以此研究在对接分离过程中运输飞船和空间站相对分离速度、姿态角及姿态角速度等的变化规律.本文建立了地面环境及空间零重力环境两种状态下的理论分离模型,对比了两种状态下的分离过程和结果;同时还建立了两种状态下的全数值样机仿真模型,依据某工况下的试验条件,计算分析了运输飞船和空间站在分离过程中的运动特性.从理论和数值仿真两方面阐述了缓冲试验台在模拟分离时的情况,论证了利用缓冲试验台模拟空间状态下两飞行器分离过程的有效性.  相似文献   

16.
手工兵棋电子化过程中一个重要的方面就是兵棋地图的数字化,而兵棋地图数字化的基础工作就是地图网格化以及网格定位。在兵棋系统中,为了减小误差,一般采用六角网格覆盖原始地图的方法来实现地图的网格化。在实际推演过程中,作战地图覆盖范围一般很大,那么怎样提高网格化以及网格定位效率就成了地图数字化过程中必须考虑的问题。文章描述了一种效率很高的六边形网格绘制算法,并提出了基于元启发式方法的快速地图网格定位算法,它的时间以及空间复杂都仅有O(1),能够很好的满足兵棋系统中超大地图数字化的要求。  相似文献   

17.
The semi-physical simulation platform of space docking mechanism is one of the main ground testing equipments for study of docking mechanism, and is used to simulate docking procedure. In order to demonstrate test-bed schemes, analysis for the semi-physical simulation platform must be carried out. First, impacting model of docking mechanism and mathematic model of two spacecrafts motion are set up in this paper. Then, determination methods of passive spacecraft impacting torques are analyzed when adopting single-sensor scheme. Finally, representative conditions are simulated adopting single-sensor and double-sensor schemes separately. Simulation results indicate that the declinations of position, velocity of two spacecrafts and that of two docking mechanisms are less, so the single-sensor scheme for the semi-physical simulation platform is presented in this paper.  相似文献   

18.
网格计算技术在药物分子对接中的应用   总被引:1,自引:1,他引:0  
药物分子筛选所涉及的搜索空间非常巨大,需要耗费大量的时间,并且对计算环境也有较高的要求。将网格技术应用于药物分子筛选中,能有效解决上述问题。通过引入网格结点计算性能评价参数,使性能较好的结点承担计算量较大的任务。按照结点间传输环境的不同进行区域划分,从而减少了由于传输环境变化而造成的筛选服务质量的波动;最后的实例测试表明了药物分子筛选服务与网格技术相结合的合理性及有效性。  相似文献   

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