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相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 157 毫秒
1.
化学信息学研究需要性能强大而又能随时修订的、开放性的软件工具。通过回顾自由软件到开源软件的发展历史,展示开源式程序开发的丰富成就,包括操作系统如Linux、社区如SourceForge和我国的共创软件联盟等,澄清与copyright针锋相对的copyleft式版权概念,介绍并比较多种软件许可证,对开源软件的发展机制进行简要分析,认为开源软件是满足化学信息学要求的最佳选择。  相似文献   

2.
软件集成与复用是提高开发效率和质量的重要途径,而开发标准是实现集成与复用的重要因素。通过分析InChI、Jmol和BALL等实例,提出了化学信息学开源软件开发的数据通信标准、界面标准和模块标准问题。在此基础上,以作者进行的分子相似性与差异性研究为例,展示了对开源科学计算软件SciLab的主成分分析(PCA)模块进行改进、集成和复用的情况,说明对开源软件应采取扬弃态度,保障集成、复用的成效。  相似文献   

3.
NKChemSQL——针对MySQL的化学信息学扩展   总被引:1,自引:0,他引:1  
化学数据库是进行化学信息学研究的重要资源,分子属性与指纹计算、分子结构格式转换、分子相似度匹配、精确匹配和子结构匹配以及分子结构图片导出等,都是必需的基本服务内容。应用广泛的数据库系统MySQL却缺乏这些功能,难以满足化学信息处理、网站开发等开发的需求。NKChemSQL是自行编制的MySQL扩展库,通过对开源软件OpenBabel的功能进行包装,以SQL语言的格式完成相应操作。NKChemSQL具有良好的运行表现,经过对含26万余条分子结构信息的NCI数据库进行的测试,全结构匹配只需不到1秒而子结构匹配达300个结构/秒,相似度匹配则达1万个结构/秒。NKChemSQL为开发化学信息学软件和网站提供了非常便利的新方式。  相似文献   

4.
在如今的软件开发中, 开源软件的使用越来越普遍, 但是对大型开源软件的理解和维护仍然是一项复杂的工作. 开源软件通常缺乏完善的文档和注释, 想要完整的理解开源系统难度较大, 研究界产生了一种通过分析大型开源软件的源代码, 进而深入理解系统, 发现和修复系统漏洞的软件分析型任务. 源代码分析注释是软件分析型任务的一项重要产出, 它是一种以注释形式存在的细粒度代码分析报告, 数量庞大, 难以快速做出质量评价. 在传统的软件质量评价中, 对注释的评价通常局限于覆盖度和文本长度, 不能满足源代码分析注释质量评价的要求. 为了更好的评价源代码分析注释的质量, 本文结合现有的对代码注释质量评价的研究以及信息质量领域的评价方法, 提出了一种综合考虑客观质量属性和主观质量属性的质量评价框架. 结合实际的项目数据分析, 本文的方法可以更有效的检测出注释中的冗余以及无关内容, 发现相关质量问题, 从而对源代码分析注释进行更全面的质量评价.  相似文献   

5.
主办单位:中国化学会计算机化学专业委员会协办单位:化学生物传感与计量学国家重点实验室(湖南大学)承办单位:四川大学随着泛分子科学研究的不断深入,化学信号及信息的大量获取/积累,以及计算机与网络技术的飞速发展.计算(机)化学包括“化学信息学”已成为化学学科的重要分支之一,其精髓为“从数据到信息然后到知识”。国际计算机化学包括化学信息学研究的发展方兴未艾,近几年来伴随着理论/计算化学、分子模拟与设计、数据挖掘技术,Internet资源的综合利用以及化学计量学等领域的发展,取得了邻人瞩目的重要进展,我国的计算(机)化学包括化学信息学研究也伴随着这些学科的飞速进步得到发展,通过相互交叉,相互渗透。发展快速,成效显著,在某些专题的研究方面达到了国际先进水平。我国的计算(机)化学已取得举世瞩目的成绩。  相似文献   

6.
生物信息学和化学信息学均需要利用计算机和网络作为其研究平台,从网络中获取数据,利用远程计算机完成计算分析任务;同时,生物信息学和化学信息学软件分布在Unix、Linux和Windows等不同的操作系统平台上。因此,对从事生物信息与化学信息学研究的工作者来说,拥有一个通用的跨系统的网络研究平台将会如虎添翼。本论文研究立足于山东省生物信息工程技术研究中心现有的网络硬件设备,通过网络架构的构建和软件设置建立了一个开放、方便、实用的网络研究平台。利用该平台,用户可以在指定网域内任意一台计算机上获取研究数据,提交计算、研究任务,也可以借助任意一台Windows或Linux PC工作站图形远程登录中心的UNIX/Linux/Windows服务器进行工作,实现校内的数据、计算、图形等资源的共享,节省了网络和计算资源,方便了研究工作的开展。  相似文献   

7.
李鑫 《程序员》2005,(11):42-43
www.sourceforge.net 要说开源软件,就不能不提大名鼎鼎的SourceForge。这是一个由Open sourceTechnology Group(“OSTG”)建立的开源软件社区,提供了大量适用于各类操作系统、采用不同编程语言开发的各式各样的软件。除了查找各式各样的开源软  相似文献   

8.
随着网络技术的迅猛发展,开源软件正以前所未有的优势得以快速发展.现在的开源软件已经成为软件发展的主要流行趋势.而开源软件的可靠性则成为开源软件发展的重要目标.在研究开源软件可靠性模型的基础上,对开源软件可靠性模型参数估计、可靠性和评测标准进行了论述,然后对开源软件期望努力和版本更新时间也进行了相应的研究.  相似文献   

9.
《微型机与应用》2015,(24):8-12
随着网络技术的迅速发展,开源软件正以前所未有的优势得以迅速发展。现在的开源软件已经成为软件发展的主要流行趋势。开源软件的成功对软件产业起到了巨大的作用。同时,由于目前开源软件数量急剧增加,迅速准确地寻找到用户所需的代码成为一个关键问题。现有的代码搜索引擎大都是基于文本的搜索,并未利用语法、语义信息,在搜索准确性方面受到极大限制。因此,有学者提出利用代码的语法和语义等信息辅助代码搜索。从多个方面对开源的作用做一个较全面的介绍,并对开源代码的关键搜索技术做一个简要综述。  相似文献   

10.
蒋竞  吴秋迪  张莉 《软件学报》2021,32(12):3698-3709
在开源社区中,不同开发人员提交的代码水平参差不齐,需要代码评审检查提交代码质量.决策者是代码评审的关键人物,审核提交代码,发现软件缺陷.代码评审情况会对开源软件质量产生影响,因此需要建立评审过程度量体系,了解代码评审情况,促进提高开源软件项目质量.现有的软件过程度量方法主要考虑提交代码和评审评论活动,缺乏考虑决策活动,难以充分度量人员的评审行为.引入决策者因素,提出了一个开源社区评审过程度量体系,包括评审活动指标和人员分布指标.评审活动指标包含评审次数、评审信息长度、评审代码改动行数以及评审时间.人员分布指标主要考虑改动者、评论者和决策者的比例和数量.然后,收集了3个热门开源项目数据,分析评审过程度量指标与软件缺陷数量的关系.通过实证研究分析发现:决策者数量,少改动、少评论、少决策者的比例等决策者相关指标和软件缺陷数量中等正相关.同时,与不考虑决策者的度量体系进行对比分析,发现含有决策者的度量体系与软件缺陷的相关性更高.实证研究结果验证了评审过程度量体系的有效性,说明增加决策者相关指标的必要性.  相似文献   

11.
This article formulates and tests a set of hypotheses about the success of open source software projects with respect to market penetration and human resource attraction. The authors collected data from 1025 open source software projects in a longitudinal study. The cross-sectional results show that the extent of a project’s operating systems, the range of translated languages, programming languages, and project age positively impact OSS projects’ positive outcomes with respect to market penetration and human resource attraction.  相似文献   

12.
Traditionally the protection of intellectual property is regarded as a precondition for value capture. The rise of open source (OS) software and OS tangible products, so‐called open design, has challenged this understanding. Openness is often regarded as a dichotomous variable (open‐source vs. closed‐source) and it is assumed that online developer communities demand full opening of the product's source. In this paper we will explore openness as a gradual and multi‐dimensional concept. We carried out an Internet survey (N = 270) among participants of 20 open design communities in the domain of IT hardware and consumer electronics. We find that open design projects pursue complex strategies short of complete openness and that communities value openness of software more highly than openness of hardware. Our findings suggest that open design companies can successfully implement strategies of partial openness to safeguard value capture without alienating their developer community.  相似文献   

13.
研究了基于开源嵌入式数据库Derby和Java编程技术实现网上信息服务平台的方案,深入探索了Derby数据库与Java的编程接口,利用网络多连接和嵌入式连接方式、动态加载等特性,设计并实现了具有配置简单、与平台无关和高移植性的软件系统。此外,还针对实际软件系统中应用开源技术,降低系统实现成本进行了探索。  相似文献   

14.
网格计算(grid computing)是近几年发展起来的一个崭新研究领域,引起国内外学术界及工业界的广泛关注。其目的是研究如何安全有效地将现有的各种计算资源(尤其是那些分布在Internet的异构网络中的计算资源)组织起来协同解决复杂的科学及工程计算问题。在化学信息学和生物信息学中最典型的应用是虚拟高通量筛选侯选药物分子。本文以两个Linux机群为基础,用开放源码的网格支持软件包Globus Toolkit 3.2及Sun^TM ONE Grid Engine 5.3成功构建了计算网格;并通过设计测试程序实现一次性提交多个作业(300个)以及分析作业在计算网格中各个节点的分配及运行情况,从而测试了计算网格的效率。结果表明,所构建的计算网格在保持原机群运行稳定、可靠的前提下,改进了系统资源的分配管理方式以及用户提交作业的方法,从整体上提高了网络计算资源的利用率,也同时方便了系统的管理。  相似文献   

15.
Support for generic programming was added to the Java language in 2004, representing perhaps the most significant change to one of the most widely used programming languages today. Researchers and language designers anticipated this addition would relieve many long-standing problems plaguing developers, but surprisingly, no one has yet measured how generics have been adopted and used in practice. In this paper, we report on the first empirical investigation into how Java generics have been integrated into open source software by automatically mining the history of 40 popular open source Java programs, traversing more than 650 million lines of code in the process. We evaluate five hypotheses and research questions about how Java developers use generics. For example, our results suggest that generics sometimes reduce the number of type casts and that generics are usually adopted by a single champion in a project, rather than all committers. We also offer insights into why some features may be adopted sooner and others features may be held back.  相似文献   

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17.
区块链技术及持续发展的各种开源区块链项目,正吸引着越来越多开发者的目光. 而繁多的主流编程语言及特色各异的区块链项目,使得开发者在开发基于区块链的系统与应用时,在技术选型上难免会有所困惑. 为此,对12个较知名的开源区块链项目,使用了源码统计工具Cloc统计其源代码,并进一步通过阅读相关代码及文档,分析和比较了其开发语言的构成. 同时,以图表的形式呈现其体量和关注度,从而为区块链开发者在选型上提供参考信息和建议.  相似文献   

18.
In this paper, we present an in-depth empirical study of a new metric, change dispersion, that measures the extent changes are scattered throughout the code of a software system. Intuitively, highly dispersed changes, the changes that are scattered throughout many software entities (such as files, classes, methods, and variables), should require more maintenance effort than the changes that only affect a few entities. In our research we investigate change dispersion on the code-base of a number of subject systems as a whole, and separately on each system's cloned and non-cloned code. Our central objective is to determine whether cloned code negatively affects software evolution and maintenance. The granularity of our focus is at the method level.Our experimental results on 16 open source subject systems written in four different programming languages (Java, C, C#, and Python) involving two clone detection tools (CCFinderX and NiCad) and considering three major types of clones (Type 1: exact, Type 2: dissimilar naming, and Type 3: some dissimilar code) suggests that change dispersion has a positive and statistically significant correlation with the change-proneness (or instability) of source code. Cloned code, especially in Java and C systems, often exhibits a higher change dispersion than non-cloned code. Also, changes to Type 3 clones are more dispersed compared to changes to Type 1 and Type 2 clones. According to our analysis, a primary cause of high change dispersion in cloned code is that clones from the same clone class often require corresponding changes to ensure they remain consistent.  相似文献   

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