虚拟组合化学分子库的程序设计、实现与应用

介绍了一个组合化学基本工具程序：虚拟组合化学分子库生成程序(Virtual Combinatorial Library Enumerator,VCLE)。以Accelrys公司Accord开发包为基础用C／C 语言进行开发,支持微软公司Windows系统上和太阳微系统公司的Solaris操作系统。VCLE通过解析通式反应,以通式反应物为模板把实际反应物裁剪为取代基,再把取代基连接到通式产物对应的取代位置上,从而组合出以通式产物为骨架的大量分子结构。作为药物发现研究的方便工具,VCLE既可以运行于桌面系统也可以运行于服务器上。     

组合化学及其在药物开发中的应用

介绍了组合化学的基本概念和相关技术。组合化学起源于固相多肽合成,目前在包括药物开发在内的许多领域都得到了成功的应用。采用组合化学技术可以在短时间内迅速制备大量的化合物。介绍了化合物库的合成方法和分析、筛选方法。组合化学技术与高通量筛选技术相结合,在现代药物开发中已经起到了非常重要的作用。     

DDGrid:一种大规模药物虚拟筛选网格

化合物活性筛选是创新药物研究的起点和具有决定意义的步骤,利用网格计算技术进行药物虚拟筛选能够极大提高药物筛选的有效性,同时可以大量减少新药研制的成本和时间。新药研发网格DDGrid是中国国家网格CNGrid的重要支持项目,通过实施主从模式架构并在网格资源监控中使用适配器模式,DDGrid可以对超过10万规模的化合物分子数据库进行虚拟筛选。     

一种基于预测模型库评价遴选的组合预测方法

为了避免在传统模型库遴选组合过程中存在的信息不完备、组合膨胀等问题,以人员甄选方法的基本思想为基础,提出了一种预测模型库的评价遴选组合方法．在该方法中,将遘选出所有适合本次预测问题的模型,组成参与模型集合;然后,根据每个模型的精度表现来确定对它们的能力满意度,并由此决定它们的重要性赋权;最后,通过实验表明了该方法得到的组合模型具有较好的预测效果．     

用J2EE技术实现虚拟软件企业构件库系统

作为实现软件复用基础设施之一的构件库系统,在虚拟软件企业开发过程中扮演了极其重要的角色。本文结合虚拟软件企业支撑平台设计思想,通过对面向虚拟软件企业平台构件分类、组织模式、存储和检索算法等关键问题的分析,给出了基于J2EE技术的构件库管理系统的具体实现。     

虚拟组合衍生程序系统的研制

AVAL是一个自行设计、实现的虚拟组合衍生程序系统。该系统的基础是分子拓扑结构处理模块AVALsdk,经封装、集成为组合衍生程序AVALapp;再以C/S方式开发了CGI网站,并增加守护程序AVALd以适应AVALapp多任务、长时间运行的要求。该系统配合有机合成数据库,能查询分子骨架合成通式,还自动提供约100种取代基。除分子骨架,用户也可以提交自己的有机合成反应和取代基。对每个分子骨架,根据其R基团数目和每个R基团取代基数目的变化,AVAL可以生成不同数量级的衍生结构。     

用组合不变量进行模式识别的一种新方法

用与目标的位置、大小、方向和其他变化无关的特征来识别目标是模式识别领域的一个热点。现存的基于不变特征的二维模式识别方法在目标被模糊了情况下都无法精确识别。本文提出了一种可解决上述问题的新的模式识别方法。该方法用组合不变量作为图像特征,以加权规格化互相关作为分类技术。在分类过程中,使用每一类的所有原型的第k个特征的类内标准方差的均值作为加权因子以提高识别率。对头像的数字试验证实了组合不变量特征对图像的平移、伸缩、旋转和模糊变换的不变性和该模式识别方法的可行性。     

一种可信的服务组合QoS保障机制

针对目前服务计算模型中对应用的可信性支持不足,提出并设计了一种基于虚拟服务的服务可信性保障机制.组合服务中的各个任务环节由虚拟原子服务完成,通过对应用的QoS规划、服务组合以及资源调度方法以满足虚拟原子服务可信需求,进而保障组合服务的可信特性.经过实验验证,该机制可有效保障组合服务的可信QoS要求.     

一种基于非线性弹簧模型的虚拟手交互新方法

基于虚拟手的交互技术在人机交互和人机工程学测试等应用中发挥着重要的作用。为了实现直观自然、实时准确、接近真实世界中的虚拟手与虚拟物体的交互,并计算出反馈作用力,首先提出了用非线性弹簧模型计算抓取作用力,使虚拟手和虚拟环境之间实现了基于物理的交互;然后将计算结果以视觉渲染的形式反馈给用户,并对仿真的速率做了定量分析,以便使仿真速率可以达到屏幕刷新频率和力反馈刷新频率的要求。实验结果表明,虚拟手不仅可以直观自然地抓取3维虚拟物体,而且和3维物体之间能够进行实时交互,同时可计算出反馈作用力。     

一种基于软件测试用例库的设计方法

本文设计了一种软件测试用例库,目的是实现软件测试用例的重复利用性,软件测试复用一方面可以解决测试人员经验不足带来的技术问题,另一方面还避免了设计用例设计过程的重复劳动,提高了测试效率.本文首先介绍软件测试用例的设计思想和具体编写方法,再提出软件测试用例库设计方法,将测试用例汇总起来,提取通用测试用例,通过专家评审,形成...     

药物化学专利中族性结构的数字编码研究

在利用SMILES线性编码首先将化学结构拆分成Ring和Fragment然后根据各自的属性分别族性化表示的基础上,不考虑结构的具体连接关系,对Ring和Fragment按照预定义的优先次序进行数字编码,以数字编码描述的族性结构还可以进一步族性化处理得到二级数字编码,编码过程由程序自动完成,使得提问结构式和数据库存储的专利结构的数字编码保持一致,可应用于由确定结构检索族性结构的系统之中。     

确定化学结构族性化处理方法研究

本文提出了一种用确定化学结构检索族性化学结构的方法。利用SMILES线性编码对环原子的识别能力首先将一个确定化学结构拆分成两部分：Ring和Fragment,然后根据Ring和Fragment族性属性描述分别族性化,最后将族性化表示的结构片断重新组装成一个族性化学结构。     

基于虚拟阵列变换的单通道接收机测向新方法

提出了一种改进单通道接收机波达方向估计的超分辨解决方案。该方法通过对任意阵列实施变换,将实际的传感器阵列扩展成多个具有不同阵列孔径的虚拟阵列,有效地增加了阵元数目,提高了空间谱估计的分辨率,增加了可检测信号源数目以及阵列的解相干能力。通过理论分析和仿真实验验证了该方法的有效性和优良性。     

一种虚拟现实建模的新方法

介绍了OpenGL和Matlab2009a各自的特点,在结合各自特点基础上,建立了基于二者的虚拟现实三维建模开发平台;以建立的虚拟现实建模开发平台为例,对比已有的使用Matlab外部接口的方法,证明了基于OpenGL和Matlab开发方法的优越性和有效性.     

一种虚拟社区信任机制模型的构建方法

虚拟社区是网络社会化的重要产物,在众多网络应用中发展极为迅速.虚拟社区以现实社区为原型,社区成员间的交互行为很大程度上依赖于信任关系,稳定良好的信任环境对于虚拟社区的健康发展十分重要.通过分析虚拟社区的特性,结合现有实现机制的相关经验,在课题信任模型研究的基础上提出了一种基于结构化P2P网络环境的虚拟社区的信任模型构建方法.通过分析现实社会社区与虚拟社区的层次关系和映射关系,结合结构化P2P网络环境的特点和优势,使得社区构建更为真实合理,从而有效地提高了虚拟社区的运作性能.     

一种海关品牌型号库构建工具设计方法

目前海关常用的十位商品海关编码是一种比较粗放的编码方式,在报关单中商品海关编码很难和具体商品实现一一对应的关系,亟待构建一套标准的商品智能分类工具,为海关管理提供基准的商品分析依据。文章基于海关报关单申报商品名称规格型号,利用机器学习等先进技术手段,实现将海关商品的最小分析单元从HS编码细化至具体品牌型号,形成商品基础库,实现商品智能分类,为贸易监管、税收征管、稽查缉私等业务提供强大支撑。     

基于甲骨文数据库管理系统的化学结构检索数据库的设计与实现

设计了一种基于大型数据库管理系统Oracle的化学结构数据存储模式,并实现了相应于此模式的高效化学结构检索方法。结构检索方法建立在图子图匹配算法VF2的基础上,对其进行了必要的改造和扩展,使之适合于化学结构检索。在此基础上,针对美国NCl(National Cancer Institute)25万个化合物的2D结构建立了数据库,成功进行了结构检索试验。结果表明,这种实现方法不仅能高效存储并准确检索化合物的结构信息,而且也容易实现与药物研发过程中所产生的大量其它数据(如生物筛选数据和DNA芯片基因表达数据等)进行高效整合。这个设计的改进版已经集成于微芯公司的药物研发生化信息学软件系统——TASS(Target Activity Structure System)中。     

A method for constructing binary search trees by making insertions at the root

It is possible to construct a binary search tree by inserting items at the root instead of adding them as leaves. When used for sorting, the method has several desirable properties, including (a) fewer comparisons in the best case, (b) fewer comparisons in the worst case, (c) a reduced variance, and (d) good performance when the items are already nearly sorted or nearly reverse sorted. For applications in which the tree is searched for existing items as well as having new items added to it (e.g., in the construction of a symbol table), the tree can be made to exhibit stacklike behavior, so that the fewest comparisons are required to locate the most recently used items.