基于蚁群遗传算法的氨基酸序列比对方法

蚁群遗传算法是在蚁群算法的基础上用遗传算法对其参数进行优化而产生的一种改进算法。把蚁群遗传算法应用于生物信息学中的氨基酸序列比对上，从而提出了一种新颖的蚁群遗传序列比对算法，实验结果表明这种新颖的序列比对算法是非常有效的。     

基于改进的蚁群算法的多序列比对

该文将蚁群算法进行了改进,将其应用于多序列比对,只根据信息素的强度对序列比对进行信息素强度的局部和全局动态更新,在避免了多序列比对容易陷入局部最优解的前提下,提高了收敛速度。同时,本算法应用在多序列比对中的最大优势是减少了传统算法在多序列比对问题中的生成系统树的步骤,减少了多序列比对过程的复杂度,在没有降低比对结果精确度的同时,提高了比对效率。     

一种新型求解多序列比对问题的方法

多序列比对问题是生物信息科学中一个非常重要且具挑战性的课题,并已经被证明属于问题.为了克服以往算法中的求解速度慢的缺点,本文提出了一种基于遗传算法和蚁群算法的算法来求解的新方法,在单独使用遗传算法的基础上再使用蚁群算法来进行局部搜索以便更快速地求得解.实验结果表明,遗传-蚁群算法能有效地求解多序列比对问题.     

基于渐进蚁群算法的DNA多序列比对

DNA多序列比对是生物信息学中的最重要的任务之一。本文针对多序列比对的特点,提出一种渐进蚁群算法,即将渐进比对算法和蚁群算法相结合。在渐进蚁群算法中,既能克服蚁群算法易于陷入局部最优解、收敛速度慢的特点,又能充分发挥渐进比对算法的优点。     

基于改进蚁群算法的多序列比对

提出一种基于改进蚁群算法的多序列比对方法。该算法改变了信息素的更新方式、字符的选择方法、蚂蚁在蚁巢和食物之间往返搜索以及随机分配蚂蚁开始序列等。实验结果表明,改进后的算法不仅有效地克服了基本蚁群多序列比对算法中的停滞现象,而且即使在运行的后期,仍然能以极大的概率搜索较好解。     

自适应蚁群算法在DNA序列比对中应用研究

研究基因DNA序列比对校准问题。由于DNA序列数据量较大,给序列比对造成了很大的复杂性,而传统的聚类算法在分析DNA序列比对数据时的低效性和分类精度低问题缺陷,提出了一种基于改进的自适应蚁群算法的DNA序列比对算法。首先给出一个计分函数和一个得分策略,再任意给出一对DNA序列,建立一个序列比对矩阵。根据蚂蚁所走过的方向和得分比例来计算序列,同时信息素的变化量采用矩阵来存储,经过有限次迭代,蚂蚁找到一条最优路径,最终一条就是与原来DNA最相似的DNA链。实验结果表明,改进的算法具有一定的时间和精度的优越性,更适于解决大规模DNA序列数据比对问题。     

基于改进蚁群算法的多态蠕虫特征提取

多态蠕虫特征提取是基于特征的入侵检测的难点,快速提取出精确程度更高的多态蠕虫特征对于有效防范蠕虫的快速传播有着重要的作用。针对层次式的多序列匹配(HMSA)算法进行多序列比对的时间效率较低和由迭代方法提取出的特征不够精确等问题,提出了基于改进蚁群算法的多态蠕虫特征提取方法antMSA。该方法首先对蚁群的搜索策略进行了相应的改进,并将改进后的蚁群算法引入到奖励相邻匹配的全局联配(CMENW)算法中,利用蚁群算法快速收敛能力,在全局范围内快速生成较好解,提取出多态蠕虫的特征片段;然后将其转化为标准入侵检测系统(IDS)规则,用于后期防御。实验表明,改进后的蚁群算法能够较好地克服基本蚁群算法的停滞现象,扩大搜索空间,能够有效提高特征提取的效率和质量,降低误报率。     

求解多重序列比对问题的蚁群算法*

多重序列比对是生物信息学特别是生物序列分析中一个重要的基本操作。提出求解多重序列比对问题的蚁群算法,利用人工蚂蚁逐个选择各个序列中的字符进行配对。在算法中,蚂蚁根据信息素、字符匹配得分以及位置偏差等信息决定选择各序列中字符的概率,通过信息素的更新与调节相结合的策略较为有效地解决了局部收敛的问题,加强了算法寻求全局最优解的能力。另外在该算法的基础上,提出了基于分治策略的多序列比对蚁群求解算法,不但减少了原算法的计算时间,而且显著改善了算法所求得的解的质量。     

基于混合行为的蚁群双序列比对方法

针对基本蚁群算法在双序列比对中存在的易陷入局部最优解及收敛慢的问题,提出了一种新的基于混合行为的蚁群双序列比对算法,该算法通过增加蚂蚁行为模式来增大搜索空间,并且通过改变信息素更新策略来加快收敛速度。实验表明,该算法得到的解的全局性和收敛速度相对基本蚁群算法都有较大提高。     

一种基于改进蚁群算法的多目标跟踪数据关联方法

针对目标跟踪数据关联问题给出一种基于改进蚁群算法的数据关联方法。首先,根据多目标数据关联问题的特点,将该问题转化为组合优化问题;其次,将精英策略和排序策略引入传统蚁群算法,得到改进的蚁群算法,利用蚁群算法解决组合优化问题的优势,将改进的蚁群算法应用于多目标跟踪数据关联中,建立数据关联模型并给出基于改进蚁群算法的数据关联方法;最后,通过仿真实验验证了所获的基于改进蚁群算法的多目标数据关联方法的有效性和优势。     

基于信息素智能更新的蚁群双序列比对算法

序列比对算法是生物信息学中重要的研究方向之一。提出了一种基于信息素智能更新的蚁群双序列比队算法,该算法利用历史最优信息来更新信息素,避免出现早熟现象,加速算法的后期收敛。实验表明该方法是有效性和可行的。     

一种改进的局部切空间排列算法

局部切空间排列算法(local tangent space alignment,简称LTSA)是一种新的流形学习算法,能有效地学习出高维采样数据的低维嵌入坐标,但也存在一些不足,如不能处理样本数较大的样本集和新来的样本点.针对这些缺点,提出了一种基于划分的局部切空间排列算法(partitional local tangent space alignment,简称PLTSA).它建立在VQPCA(vector quantization principal component analysis)算法和LTSA     

带变异算子粒子群算法在多序列比对中的应用

多序列比对(Multiple Sequence Alignment)是进行生物序列分析的最基本任务之一。在对已有的多序列比对算法进行对比分析的基础上,提出了一种新的多序列比对优化算法—带变异算子粒子群多序列比对算法。带变异算子的粒子群算法提高了原有算法跳出局部收敛的能力,将其应用于多序列比对问题中,提高了已有的基于粒子群算法的多序列比对方法的性能,拓展了粒子群算法在多序列比对研究领域中的应用。实验证明,带变异算子粒子群多序列比对算法是有效、可行的。     

采用多尺度掩模消除干扰的反向组合算法

反向组合算法是最有效的图像对齐算法之一,但该算法抗干扰能力差.当输入图像部分被遮挡时,图像对齐效果变差.针对该问题,我们提出一种采用多尺度掩模消除干扰的反向组合算法.该算法采用自适应的方法设置初始掩模,再通过迭代判断和逐层分块来细化初始掩模,使得掩模能准确地设置在干扰区域上.实验结果表明,该算法既保留了原反向组合算法的优点,又提高了算法抗干扰的能力,使得反向组合算法能在更复杂的环境下进行图像对齐.     

Genetic algorithm with ant colony optimization (GA-ACO) for multiple sequence alignment

Multiple sequence alignment, known as NP-complete problem, is among the most important and challenging tasks in computational biology. For multiple sequence alignment, it is difficult to solve this type of problems directly and always results in exponential complexity. In this paper, we present a novel algorithm of genetic algorithm with ant colony optimization for multiple sequence alignment. The proposed GA-ACO algorithm is to enhance the performance of genetic algorithm (GA) by incorporating local search, ant colony optimization (ACO), for multiple sequence alignment. In the proposed GA-ACO algorithm, genetic algorithm is conducted to provide the diversity of alignments. Thereafter, ant colony optimization is performed to move out of local optima. From simulation results, it is shown that the proposed GA-ACO algorithm has superior performance when compared to other existing algorithms.     

改进鲸鱼算法及其在浅层神经网络搜索中的权值阈值优化

为设计出简便高效的方法搜索最优神经网络结构,提出一种改进鲸鱼优化算法的浅层神经网络搜索方法.该方法首先通过模拟鲸鱼狩猎的个体偏好行为和鲸鱼群位置移动的非线性权值更新机制对传统鲸鱼优化算法进行改进;然后将改进鲸鱼优化算法作为浅层BP神经网络结构搜索策略,构建基于浅层BP神经网络的最优网络结构的权值阈值搜索优化方法.数值实验结果表明,改进的鲸鱼优化算法不仅在求解不同维复杂函数上具有良好的寻优性能,而且通过改进鲸鱼优化算法搜索得到的最优浅层BP神经网络结构在回归任务中具有更好的预测精度和泛化性能.     

改进狼群算法用于多约束稀布线阵综合

结合量子理论提出了一种改进狼群算法,并将其用于优化多约束稀布直线阵列综合问题。新算法通过量子位特殊编码方式、停滞检测与选择性变异极大地提高了全局优化能力。给出了改进狼群算法流程,并在给定阵列孔径和阵元数的条件下,实现了任意最小阵元间距约束下,抑制天线峰值旁瓣电平（PSLL）的稀布线阵综合仿真。通过解空间变换,有效避免了算法进行阵列综合时,狼群位置更新过程中出现不可行解问题,减少了判断步骤,提高了优化效率。通过典型实例的仿真对比,证实了该方法的有效性和稳健性,而且能获得比现有方法更低的PSLL和更高的优化效率。     

基于改进遗传模拟退火算法的WSN路径优化算法*

为了更好地解决无线传感器网络（WSN）数据传输的路径优化问题,降低数据传输的能量消耗,提出了一种基于改进遗传模拟退火算法（SAGA）的WSN路径优化算法。首先根据优化目标建立数学模型,然后设计了种群的编码方式,并对遗传算法中的适应度函数、交叉算子、变异算子进行改进,使算法能够更加有效地避免陷入局部搜索;接着根据旧种群和新种群每个对应个体的不同进化程度提出了一种新的Metropolis准则,使模拟退火算法的跳变更具有规律性。实验结果显示：与其它路径优化算法相比,该算法不仅能生成更节能的数据传输路径,而且优化时间也大大降低。所以该算法是一种高效的路径优化算法。