基于混合SVM方法的蛋白质二级结构预测算法

预测蛋白质二级结构,是当今生物信息学中一个难以解决的问题。由于预测蛋白质二级结构的精度在蛋白 质结构研究中起到非常重要的作用,因此在基于KDTICM理论基础上,提出一种基于混合SVM方法的蛋白质二级 结构预测算法。该算法有效地利用蛋白质的物化属性和PSI-SEARCH生成的位置特异性打分矩阵作为双层SVM的 输入,从而大大地提高了蛋白质二级结构预测的精度。实验比较分析表明,新算法的预测精度和普适性明显优于目前 其他典型的预测方法。     

基于SVM的蛋白质二级结构预测方法的研究

应用计算智能方法分析,有效地处理现实世界中的大规模数据,是当今人工智能、机器学习等领域所追求的目标之一.简单综述了SVM用于处理大规模数据方法的发展现状,并针对蛋白质结构预测中数据量庞大、数据维数过高等问题,提出了SVM基于分解算法的蛋白质二级结构预测的实现方法,并应用固定长度的字符串核对多类分类SVM算法进行了改进.实验表明,该方法是行之有效的.     

基于残差网络的蛋白质超二级结构图像分类

为解决SVM、Bayes、RNN(recurrent neural network)等传统算法在蛋白质结构分类任务中精度低的问题,提出一种基于残差网络的蛋白质超二级结构图像分类方法.将PDB(protein data bank)和SCOP(structural classification of pro-teins)数据库中的4类蛋白质超二级结构3D模型转化为14角度拍摄的2D图像,针对每类图像,通过残差网络单元进行深度特征提取和优化,利用神经网络模型训练,将验证精度最高的模型保存下来并进行测试.实验结果表明,分类精度达到了90.2％,验证了模型的可行性和算法的有效性.     

决策树算法在蛋白质二级结构预测问题中的应用研究

论文将决策树算法应用于蛋白质二级结构预测中,在蛋白质二级结构预测应用研究中,我们指出了在蛋白质二级结构预测问题中决策树分类属性的选择方法和决策树分类方法和决策树剪枝方法,并且比较了改进后的决策树算法和c45决策树算法在蛋白质二级结构预测问题中的应用效果。     

基于交叉覆盖算法的蛋白质二级结构预测方法

蛋白质二级结构预测在蛋白质空间结构预测中起着承上启下的重要作用。近年来,大量的方法应用于二级结构预测中,其中,神经网络算法效果较好。但是,由于传统的神经网络存在结构复杂、学习速度慢、运行效率低、处理海量数据困难的缺陷,大大影响了预测的效果,因此,该文将一种基于构造性神经网络算法,也就是交叉覆盖算法应用于蛋白质二级结构预测中,另外,为了引入更多的同源家族结构的信息,采用了基于概率的Profile编码方式。通过实验证明将交叉覆盖算法运用在蛋白质二级结构预测中的可行性．并且比传统的神经网络方法有了更高的准确率。     

复合编码支持向量机预测蛋白质二级结构

蛋白质结构与功能一直是生命科学的研究重点.尽管蛋白质二级结构的预测已得到广泛的应用,但其预测的精度一直受到算法的制约.在本文中,采用复合编码代替传统的氨基酸编码方式,结合氨基酸疏水性对蛋白质结构的影响,提出一种新的支持向量机算法.使用7倍交叉验证表明,本算法提高了二级蛋白质结构预测的准确性,并节约了计算资源.     

基于ACO优化SVM参数的蛋白质耐热性预测

氨基酸含量是影响蛋白质耐热性的主要因素,为了提高以氨基酸含量为特征向量的蛋白质耐热性预测的精度和预测模型的性能,提出了一种基于机器学习蚁群算法(ACO)优化支持向量机(SVM)参数的蛋白质耐热性预测方法。建立了SVM参数优化模型,探讨了基于网格划分策略的连续蚁群算法,通过对SVM的惩罚因子和径向基核函数的全局搜索,筛选出最优参数,使SVM的蛋白质耐热性预测率最优。结果表明:采用未优化的SVM建立的预测模型的蛋白质耐热性总预测率相对较低,约为76.5%,采用遗传算法优化预测模型参数后的预测率约为86.6%,采用ACO优化预测模型参数后预测率达到87.8%。采用ACO优化的SVM模型参数的寻优速度快,预测结果准确。     

蛋白质二级结构的协同训练预测方法*

针对蛋白质二级结构机器学习预测方法,忽略氨基酸疏水性特征以及氨基酸之间的长程作用和准确率不高的现状,进行了比较实验分析。采用氨基酸对应的疏水能值替换蛋白质中相应的氨基酸,得到疏水能值的序列实验结果表明,用长的疏水能值序列,训练BP网络,对长程作用起主导的E结构的预测效果好。由于Profile编码特征和疏水能值特征是独立的冗余视图,基于协同训练思想,提出Cotraining算法。该算法的主要步骤是在Profile特征空间训练SVM分类器,在疏水性特征空间训练BP神经网络分类器,协同对氨基酸二级结构进行预测     

基于径向基函数蛋白质二级结构预测方法

文章针对蛋白质二级结构预测这一复杂非线性模式分类问题,提出了基于径向基函数的预测方法。在分析了基于神经网络预测方法的基础上,讨论了蛋白质二级结构预测算法研究中的数据选取、网络结构与参数对网络性能的影响,实验结果表明这一方法的可行性和有效性。     

基于卷积长短时记忆神经网络的蛋白质二级结构预测

鉴于不同类型氨基酸的相互作用对蛋白质结构预测的影响不同,文中融合卷积神经网络和长短时记忆神经网络模型,提出卷积长短时记忆神经网络,并应用到蛋白质8类二级结构的预测中.首先基于氨基酸序列的类别信息和氨基酸结构的进化信息表示蛋白质序列,并采用卷积提取氨基酸残基之间的局部相关特征,然后利用双向长短时记忆神经网络提取蛋白质序列内部残基之间的远程相互作用,最后将提取的蛋白质的局部相关特征和远程相互作用用于蛋白质8类二级结构的预测.实验表明,相比基准方法,文中模型提高8类二级结构预测的精度,并具有良好的可扩展性.