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1.  奶牛miR-124a靶基因预测及生物信息学分析  
   杨卓妮娜  王秀伟  郭丽  张伟红  杨焕民  沈冰蕾  刘胜军《中国生物制品学杂志》,2018年第10期
   目的预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据。方法利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统,获得bta-miR-124a的前体及成熟区序列,同时预测其候选靶基因并取交集,进而对筛选获得的候选靶基因进行GO功能注释及信号通路富集分析。结果 bta-miR-124a序列在各物种间高度保守,其候选靶基因主要富集在生物调控、细胞生长、代谢等生物学过程中。KEGG信号通路显示,在癌症、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMP-activated protein,AMPK)、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP)信号转导、脂肪酸降解、脂肪酸生物合成等信号通路中,候选靶基因均被富集。结论 bta-miR-124a的候选靶基因在癌症发生、AMPK信号转导、脂肪酸代谢中发挥重要作用。其中,脂肪酸代谢是bta-miR-124a可能参与的主要代谢调控通路。为后期bta-miR-124a在奶牛乳腺组织中调控乳脂代谢的功能机制的研究提供参考。    

2.  冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化及其功能的预测分析  
   甄莉  臧树成  郭丽  计红  陈勇  杨焕民《中国生物制品学杂志》,2019年第8期
   目的探讨冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化,并对其功能进行预测分析。方法将大鼠置(4±0. 05)℃冷暴露12 h,同时设对照组(24℃常温饲养),qRT-PCR法检测miR-383-5p在血清和肝脏中的表达水平。应用miRanda、TargetScan和miRDB 3种软件同时对miR-383-5p进行靶基因预测,并通过DAVID 6. 8软件对miR-383-5p肝脏靶基因进行GO和KEGG分析。qRT-PCR和Western blot法检测下调BRL-3A细胞中miR-383-5p表达对部分代谢相关靶基因mRNA转录及蛋白表达的影响。结果冷应激后小鼠血清及肝脏中的miR-383-5p相对表达量均显著下降(P <0. 05)。生物信息学方法预测出733个在大鼠肝脏表达的靶基因,GO富集分析结果显示这些靶基因主要与细胞氧化还原过程、增殖和凋亡相关,KEGG分析结果显示富集靶基因最多的信号通路是代谢通路。下调miR-383-5p表达使BRL-3A细胞中Mtor、Pfkfb1和Apbb3基因的mRNA的转录水平显著升高(P <0. 05),Pfkfb1蛋白的表达量显著升高(P <0. 05)。结论冷应激可降低大鼠肝脏中miR-383-5p的表达量,进而通过调节Pfkfb1等靶基因的表达参与细胞的代谢、增殖和凋亡。    

3.  microRNA与甲状腺乳头状癌相关性分析  
   《中国生物制品学杂志》,2021年第1期
   目的筛选甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)显著差异表达的microRNA(miRNA),分析其与PTC发病机制的相关性。方法选取确诊的PTC癌组织及癌旁正常组织样本各6份,提取总RNA,采用转录组测序技术,筛选显著差异表达的miRNA,预测其靶基因并进行基因功能(Gene Ontology,GO)注释及信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析;qRT-PCR法验证显著差异的miRNA在正常人甲状腺细胞(Nthyori3-1)及人甲状腺乳头状癌细胞(TPC-1及k1)中的表达水平。结果共测得2 036个miRNA,已知1 591个,新发现445个;共发现1 166个miRNA差异表达,表达上调446个,表达下调720个,其中miR-124、mi R-7显著下调,miR-494、miR-106a-3p及novel-miR-26显著上调。经GO及KEGG分析,这5个显著差异miRNA的靶基因参与细胞周期、迁移及凋亡,与AMPK、Axon guidance、氨基酸代谢等信号通路的激活关系密切。novel-miR-26在TPC-1及k1细胞中表达量较在Nthy-ori3-1细胞中相对高表达(P均<0.01);miR-124在TPC-1及K1细胞中的表达量较在Nthyori3-1中相对低表达(P均<0.01)。结论显著差异表达的miR-124、miR-494、miR-106a-3p、miR-7及novel-miR-26可作为PTC潜在的分子标志物;Axon guidance、AMPK及蛋白代谢等信号通路在PTC的调控机制中起重要作用。    

4.  hsa-miR-22-3p和hsa-miR-671-5p靶标基因的预测及其与癌症患者生存率的相关性  
   李明阳  马春霞  吴翰欣  吴小海  俞建昆  马千里《中国生物制品学杂志》,2018年第6期
   目的通过生物信息学方法预测在m6A去甲基化酶FTO敲低处理后,存在m6A修饰并显著下调的mi RNA(hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p)的靶标基因,并分析它们与癌症患者生存率的相关性。方法利用在线数据库寻找目标mi RNAs的靶基因,并通过基因功能(gene ontology,GO)和信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对这些靶基因的分子功能(molecular function,MF)、生物过程(biological processes,BP)、细胞组分(cell component,CC)定位以及参与的信号通路进行分析;通过蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心基因,并分析它们与癌症患者生存率之间的相关性。结果 hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p共有198个相同的靶标基因;GO分析结果表明,这些靶基因在生物过程中显著丰富,包括肌动蛋白细胞骨架组织、神经元干细胞群维持、对尼古丁的行为反应;对于分子功能,这些靶点富含锌离子结合、蛋白质结构域特异性结合、核心启动子序列特异性DNA结合;细胞成分定位分析还显示,这些靶标在高尔基体的早期内体,细胞连接和整体成分中显著丰富;KEGG通路分析显示,这些交叉基因靶点在非小细胞肺癌、癌症中的胆碱代谢和粘蛋白型聚糖生物合成途径中富集;基于网络的工具分析显示,hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p已经它们的核心靶标基因RHOU和UNC5B与肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)、肝癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)、肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、低级胶质瘤(low-grade gliomas,LGG)、胃癌(stomach adenocarcinoma,STAD)、卵巢癌(ovarian serous cystadenocarcinoma,OV)、肉瘤(sarcoma,SARC)、膀胱癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)、皮肤癌(skin cutaneous melanoma,SKCM)、乳头状肾细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)和乳腺癌(breast invasive carcinoma,BRCA)等11种癌症有关。结论当去甲基化酶FTO被敲低或处于低活动水平时,一些mi RNA和基因可能在癌症中发挥不同的作用,也有可能成为治疗癌症的新的核酸靶点。    

5.  奶牛microRNA-205靶基因及调控网络的精细预测分析  
   沈冰蕾  韩硕  刘娟  邹紫雯  李鑫丽  罗林  武瑞  赵志辉《中国生物制品学杂志》,2019年第8期
   目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和DAVID软件进行功能注释、分类统计、蛋白质互作及KEGG通路注释和富集分析,通过Cytoscape软件绘制靶基因可能重点参与的调控网络。结果 miR-205基因成熟区序列高度保守,共筛选出288个bta-miR-205候选靶基因,其参与的主要生物进程是细胞过程、代谢过程和生物调控,主要参与形成细胞器等细胞组分,主要分子功能是结合、催化作用。MAPK3等多个候选靶基因存在基因共表达和蛋白互作关系,参与免疫系统、适应性免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径显著富集在鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路。结论 bta-miR-205的候选靶基因MAPK3等可能通过参与免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径及鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路,在奶牛炎症疾病抗性、生殖及发育过程调控中发挥重要作用。    

6.  食管鳞癌中3个新miRNA的分子功能预测  
   钟姗  王筠  刘乃嘉  颜鸿飞  李延鹏  张庆英  盛司潼《深圳大学学报(理工版)》,2019年第4期
   为寻找食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)诊断与治疗的新分子标志物,利用实时定量荧光PCR技术检测ESCC中3个未知miRNAs(miR-3914、miR-8082和miR-4770)的表达状况;运用生物信息学方法分别对它们差异表达miRNA下游的候选靶基因做基因本体(gene ontology,GO)富集和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;采用蛋白免疫印迹方法观察转染miRNA mimic后一些与癌症发生和发展相关蛋白的表达改变.结果显示,与食管癌癌旁正常组织和正常食管上皮细胞比较,在ESCC组织/细胞中的miR-3914和miR-8082表达均呈显著性降低(P 0. 05),但miR-4770无明显的表达变化. GO富集分析发现,miR-3914和miR-8082参与RNA聚合酶II启动子转录、蛋白结合和细胞凋亡等生物学过程; KEGG富集分析发现,miR-3914和miR-8082两者均与癌症相关通路有关,且均可调控LAMC2、CCDC6和PDGFB基因.当ESCC细胞分别转染miR-3914 mimic和miR-8082 mimic后,与未转染组比较,p53蛋白质表达增加,而c-Myc和Bcl-2蛋白质表达降低.研究结果表明,miR-3914和miR-8082各自均具有成为辅助ESCC早期诊断与精准治疗生物靶标的潜能.    

7.  has-miR-155-5p靶基因预测及其生物信息学分析  
   《Planning》,2018年第2期
   深入了解miR-155-5p参与的生命过程和疾病类型,为后续的功能研究提供理论依据。对miR-155-5p进行生物信息学分析发现,已知的其成熟序列在不同物种间高度保守;基因本体论(GO)分析发现其分子功能显著富集于杂环化合物结合、核酸结合等,生物学过程主要富集于细胞大分子代谢、生物调节和有机物代谢等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现其显著富集于癌症通路、MAPK和Fox O信号通路等。分析结果表明miR-155-5p通过调控靶基因在人类生命活动和疾病发生发展过程中起重要作用,尤其是作为癌症早期诊断和预后的生物标志值得进一步研究。    

8.  基于网络药理学的葡萄籽油抗癌和抗肿瘤功能成分及机制研究  
   张丽明  马雅鸽  张 希  赵声兰  陈朝银  梁仲雄《粮油食品科技》,2021年第29卷第1期
   通过文献检索和TCMSP 数据库获取葡萄籽油主要活性成分信息及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM 数据库筛选出癌症和肿瘤相关靶点,借助Venn 在线平台获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-疾病靶点”网络图。使用String 数据库绘制蛋白互作 (PPI)网络,利用David 数据库对关键靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集及KEGG信号通路分析。研究基于网络药理学方法探讨葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用机制。结果显示,共筛选出葡萄籽油活性成分15种,获得靶点236个,从疾病数据库获得癌症和肿瘤相关靶点686个,通过Venn图获得药物与疾病共同靶点93个,PPI网络分析表明葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的关键靶点依次为信号转导子、转录激活子3、丝裂原激活的蛋白激酶1、丝裂原激活的蛋白激酶3、细胞肿瘤抗原p53等。GO功能分析获得P < 0.05的生物学过程477条,主要参与调控酶结合、蛋白质结合、转录因子结合、蛋白质异二聚活性、转录调控区DNA结合等生物学功能。KEGG通路富集分析获得P < 0.05的通路113条,涉及NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、p53信号通路、ErbB信号通路、mTOR信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路等经典信号通路。研究预测葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用靶点、生物学过程与富集通路,揭示其作用机制,为葡萄籽油抗癌作用的进一步研究提供参考。    

9.  先天性心脏传导阻滞药物作用靶点的生物信息学研究  
   《Planning》,2020年第1期
   目的通过对CHB药物靶点的研究,为研发CHB特异性治疗药物提供理论依据。方法 201609-201812月,构建与先天性心脏传导阻滞直接相关的阳性基因和蛋白集合以及候选阴性集,通过语义相似性计算两个集合间基因的相关性,利用ENDEAVOUR数据库对潜在药物靶点进行功能注释,然后使用GENECODIS对潜在药物靶点蛋白及基因分别进行GO、KEGG、SNP和MicroRNA富集分析。结果挖掘出20个潜在的CHB药物靶点,GO富集分析发现药物靶点蛋白分子功能主要集中于电压门控离子通道活性、转运活性和信号转导活性等;KEGG通路主要富集于钙信号传导通路;SNP富集次数最多的是C/T,出现773次;MicroRNA富集分析发现有15个基因富集于hsa-miR-770-5P上。结论候选阴性集中的20个蛋白可能是CHB潜在的药物靶点,可能为下一步CHB的治疗和药物研发奠定基础。    

10.  基于高通量测序的冷应激大鼠肝脏mRNA差异表达分析  
   《中国生物制品学杂志》,2020年第6期
   目的高通量测序技术分析冷应激大鼠肝脏基因mRNA差异表达。方法将SPF级大鼠随机分为冷刺激组[(4±0. 05)℃]及常温对照组[(24±0. 05)℃],刺激24 h。采集2组大鼠肝脏组织并提取总RNA,应用Ⅲumina HiSeg平台测序,对筛选的差异表达基因进行基因功能(Gene Ontology,GO)注释及信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,采用qRT-PCR验证随机筛选的基因mRNA表达水平。结果经测序分析,冷刺激组发掘新基因293个,其中244个有功能注释,差异表达基因98个;经GO分析,差异表达基因显著富集细胞过程、生物调控、代谢过程、细胞组分、细胞器、蛋白质运输等过程;经KEGG分析,大多数差异表达基因注释在原发性免疫缺陷、癌症形成过程、用于IgA生成的肠道免疫网络、细胞因子与细胞因子受体相互作用等通路,在MAPK、PI3K-Akt信号通路和内质网蛋白加工通路中表达量极高,在乙型肝炎和病毒感染通路表达量较低。与常温对照组比较,冷刺激组大鼠肝脏的多配体聚糖4(syndecan 4,Sdc4)及白蛋白(albumin,Alb)基因表达水平上调,差异有统计学意义(P 0. 05)。结论成功筛选冷应激大鼠肝脏差异表达基因,该类基因很可能参与了机体代谢及损伤修复等过程,为深入研究大鼠冷应激机制积累了数据。    

11.  牛病毒性腹泻病毒感染MDBK细胞后差异表达基因分析  
   马莉莉  陈月季  翟军军  倪宏波《中国生物制品学杂志》,2019年第3期
   目的利用高通量测序技术(Illumina平台)对感染牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的MDBK细胞进行转录组学分析,并对筛选出的差异表达基因进行功能归类及相关分子机制研究。方法用BVDV感染MDBK细胞,分别在12、24、48和72 h收集细胞,提取总RNA进行转录组学分析。通过信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)及基因功能(Gene Ontology,GO)对差异基因进行功能的注释和富集分析。结果与未接毒的细胞相比,在0~12、13~24、25~48、49~72 h分别共有差异基因56、390、487、164个。感染病毒后12与24 h、24与48 h、48与72 h分别有9、55、270个相同差异基因;经KEGG和GO分析,在感染病毒24、48、72 h后,差异基因主要富集到P53、FoxO、NF-kB和PI3K-AKT信号通路等;筛选出感染后与免疫等相关的差异基因P21、FOXO1、GABARAPL1等,主要集中在细胞周期复制、凋亡和免疫等相关信号通路上。结论本研究通过对筛选出的差异表达基因初步归类分析,为后续BVDV感染MDBK细胞并在细胞内复制的相关分子机制研究奠定了基础。    

12.  人miR-34a靶基因的生物信息学分析及载体构建  
   杨聚荣  蔡广研  洪权  谢院生  傅博  吕杨  刘晓峦  崔敬  陈香美《压电与声光》,2010年第5期
   目的对人miR-34a(hsa-miR-34a)下游靶基因进行预测,并构建含自噬相关基因靶结合序列的GFP报告基因载体。方法使用TargetScan Release 5.1和RNA22软件分析hsa-miR-34a可能的靶基因,并利用Gominer软件对靶基因功能进行分析。根据预测结果,合成含自噬相关基因hsa-miR-34a靶序列的寡核苷酸,以pEGFPC2为载体构建系列质粒,并检测各载体的真核表达情况。结果预测结果显示hsa-miR-34a共有2904个下游靶基因,功能涵盖生物过程、细胞组分、分子功能三大类,其中与自噬作用直接相关的靶基因有beclin 1和sestrin 2。构建含beclin 1和sestrin 2作用位点的GFP载体共5个,质粒转染Hela细胞后在荧光显微镜下可见绿色荧光。结论成功构建hsa-miR-34a下游自噬相关基因靶位点序列GFP报告基因载体,为进一步研究hsa-miR-34a对自噬的调控作用奠定基础。    

13.  海七鳃鳗pma-miR-200c-3p对斑马鱼心脏发育的作用研究  
   《Planning》,2022年第5期
   为研究海七鳃鳗Petromyzon marinus pma-miR-200c-3p在心脏发育过程中的生物学功能,采用显微注射技术,将pma-miR-200c-3p模拟体注射到斑马鱼Danio rerio胚胎,过表达pma-miR-200c-3p后,使用qRT-PCR及Western blot法检测了一些与心脏发育相关的标志性基因的表达水平,以及BMP/Smad通路重要基因蛋白水平的变化,并利用生物信息学预测、GFP荧光表达分析了pma-miR-200c-3p的生物学作用。结果表明:过表达pma-miR-200c-3p的斑马鱼胚胎中,与心脏发育相关的标志性bmp4、bmp5、smad1、gata5、tbx2b和notch1a基因的表达水平极显著上调(P<0.01),同时BMP/Smad通路中BMP4、Smad1、GATA5蛋白表达水平也明显升高;细胞试验表明,cdx1b基因可能是pma-miR-200c-3p的一个靶基因。研究表明,pma-miR-200c-3p可能通过抑制cdx1b基因的表达,参与BMP/Smad通路以促进心脏发育。    

14.  人类胰岛素信号通路基因表达分析  
   王君  陈祥贵  李鑫  刘学《西华大学学报(自然科学版)》,2008年第27卷第1期
   人类胰岛素信号通路基因是糖尿病药物的重要靶标.本文通过查询公共数据库获取人类胰岛素信号通路基因的表达数据,采用SPSS软件分析基因的组织表达谱特征和相关性.结果表明:胰岛素信号远端靶基因具有更高的差异表达水平;脂肪细胞和骨骼肌的基因表达谱具有显著的相关性,而肝组织的基因表达谱与脂肪细胞和骨骼肌都无显著相关性.提示在胰岛素的靶组织中,脂肪组织和骨骼肌可能具有相似的信号调控机制.    

15.  反亚油酸诱导人脐静脉内皮细胞的转录组学及生物信息学分析  
   邱斌  刘玮  刘丽娜  宗爱珍  贾敏  徐同成  《中国食品学报》,2020年第20卷第1期
   通过转录组学及其生物信息学分析,研究反亚油酸诱导人脐静脉内皮细胞差异表达基因及相关信号转导通路,结果发现:126条基因发生显著变化,其中28条基因显著上调,98条基因显著下调。生物信息学分析结果表明:与细胞组成相关基因共54条,而涉及分子功能的基因共118条。本研究共富集到相关信号通路99条,其中显著变化的7条,包括萜类骨架生物合成通路、类固醇生物合成通路和肿瘤坏死通路等。根据PPI基因互作通路图,研究同时参与不同信号转导通路的靶基因,包括基质金属蛋白酶-3、FOS及肿瘤坏死受体相关因子-1等。    

16.  X射线辐照对CAL-27细胞株microRNA表达谱影响的生物信息学分析  
   胡松玲  王卫平  陆玉莹  杨罗  吴庆丰  党秉荣  何祥一《辐射研究与辐射工艺学报》,2017年第35卷第2期
   选用生长状态良好的人舌鳞癌CAL-27细胞用于实验,X射线辐照至吸收剂量为2 Gy后,通过细胞克隆成形实验检测CAL-27细胞株的存活率,流式细胞技术检测细胞凋亡率;为研究其损伤机理进一步运用高通量测序技术(High throughput sequencing technique,Hi Seq)进行测序,分析吸收剂量为2 Gy的受照组CAL-27细胞miRNA的表达变化,并对其靶基因进行基因分类(Gene ontology,GO)和通路分析。结果表明:吸收剂量为2 Gy的受照组CAL-27细胞克隆存活率为59%(p0.05),细胞凋亡率为47.5%(p0.05);吸收剂量为2 Gy的受照组CAL-27细胞中共有21个已知miRNAs表达差异,其中有18个miRNAs表达上调,3个miRNAs表达下调;在靶基因GO生物学功能分析中,靶基因在生物学过程、细胞组分和分子功能中各有23个条目、18个条目和20个条目;通过KEGG数据库分析筛选出了18条信号通路,如嗅觉传导通路、细胞因子受体交互通路、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinases,MAPK)信号通路等(p0.05)。结果提示,X射线辐照至吸收剂量为2 Gy时影响了人舌鳞癌CAL-27细胞miRNA表达谱,其机理可能与MAPK信号传导通路有关,这将为研究相关miRNA在舌鳞癌放射治疗中的分子生物学机理并寻找其标志基因打下一定基础。    

17.  早期非小细胞肺癌高复发风险相关基因的生物信息学分析  
   金鹏  冯虎  刘倩倩  胡媛媛  陈玉丙《中国生物制品学杂志》,2018年第1期
   目的通过生物信息学方法筛选早期非小细胞肺癌(non-smallcelllungcancer,NSCLC)高复发风险的潜在标志基因。方法在Gene Expression Omnibus数据库(GEO)选定NSCLC患者基因表达芯片GSE19804,利用在线GEO2R软件确定早期NSCLC中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)及在早期和晚期中的DEGs;另选定基因表达芯片GSE30219分析NSCLC复发高风险的DEGs;利用DAVID在线数据库对上述确定的与早期NSCLC复发相关的DEGs进行Gene Ontology(GO)和信号通路富集分析;使用STRING在线数据库进行蛋白相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络构建,再利用SYTOSCAPE软件分析获得高得分的枢纽基因,并进行PPI网络的模块分析;采用Kaplan-Meier plotter在线数据库进行生存分析,验证上述枢纽基因可靠性。结果获得早期NSCLC差异基因441个,在NSCLC早期与晚期表达差异的基因26个,与复发相关差异基因126个,最终获得了早期NSCLC高复发风险相关DEGs 10个;富集分析显示,DEGs富集在细胞分裂、细胞周期、细胞增殖和p53信号途径;构建差异基因PPI网络后得到6个枢纽基因:TOP2A、RRM2、CCNB1、DLGAP5、ANLN和CDCA7;生存分析显示,枢纽基因的高表达与患者较差的总生存率显著相关。结论 TOP2A、RRM2、CCNB1、DLGAP5、ANLN和CDCA7可能作为潜在的早期NSCLC高复发风险生物标记物。    

18.  基于网络药理学分析红芪免疫调节的作用机制  
   丁 辉  朱仁愿  续艳丽  彭 涛  刘兴国《食品安全质量检测学报》,2021年第12卷第14期
   目的:运用网络药理学方法探讨红芪药理作用的物质基础和作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索红芪的化学成分和相关作用靶点。进而采用Cytoscape3.6.1、STRING11.0软件构建化合物-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络、运用DAVID6.7在线数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究红芪的作用机制。结果:通过筛选得出20 个化合物和225 个相关靶点。PPI网络包含36 个靶点,关键靶点有NOS3、ESR1、HSP90AA1等。基因本体条目27 个,其中生物过程相关条目22 个,分子功能相关条目3 个,细胞组成相关条目2 个。京都基因与基因组百科全书通路8 条,涉及钙离子信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路、癌症信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、前列腺癌信号通路、卵母细胞减数分裂信号通路、血管平滑肌收缩信号通路和细胞周期信号通路。结论:本研究初步阐明了红芪药理作用的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供参考。    

19.  基于网络药理学和文献探讨异喹啉类生物碱抗肝癌研究进展  
   孙杏倩  蔡俊飞  高家菊  普 娟  马云淑《粮油食品科技》,2021年第29卷第1期
   探索五种异喹啉类生物碱抗肝癌的作用机制。借助TCMSP、String、venny数据库与WebGestalt在线分析软件获取靶点并进行蛋白互作网络(PPI)、基因本体(GO)、基因相互作用(KEGG)功能富集分析,利用Cytoscape软件构建网络。同时查阅文献并进行归纳、整理和分析得到小檗碱型中的小檗碱、双苄基类生物碱的粉防己碱、苯菲啶喹啉类的血根碱、吗啡烷类中的青藤碱和吡咯菲里啶中的石蒜碱等几种常见的生物碱,根据结构作用机制阐述每一类代表性异喹啉类生物碱治疗肝癌的潜力及抗肝癌作用机制。五个活性成分共筛选得到52个作用靶标如p53(抑癌基因)、NCOA2(核受体共激活剂2)、IL-2(白介素2),主要涉及钙离子信号通路、雌激素受体信号通路和PI3K/Akt信号传导途径等通路。通过网络药理学和文献收集证实异喹啉类生物碱可能参与调控PI3K-Akt通路等,可以通过多靶点、多通路对肝癌产生治疗作用,为进一步研究异喹啉类生物碱抗肝癌的临床研究提供参考和依据。    

20.  反油酸诱导人脐静脉内皮细胞转录组学及生物信息学分析  
   邱斌  孙文佳  刘玮  徐同成  刘丽娜  宗爱珍  贾敏  杜方岭《食品科学》,2018年第39卷第22期
   以反油酸诱导人脐静脉内皮细胞后,结合转录组学分析及其生物信息学分析,在转录水平上对相关差异表达基因进行研究。结果表明:共检测到95条基因显著变化,其中31条基因上调,64条基因下调。并通过生物信息学分析,其中参与生物进程显著性差异表达基因共772条,关于细胞组成的基因显著表达性差异基因共46条,关于分子功能的基因显著表达性差异基因共122条。共检测到93条信号通路,其中显著变化的有11条,其中包括萜类骨架生物合成通路、类固醇生物合成通路和脂肪酸代谢通路等。根据蛋白质基因互作通路图,重点分析了同时参与不同通路的靶基因,包括脂肪酸合成酶、STAT4转录因子及IL-23细胞因子等。    

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