应用微卫星标记分析柱花草的遗传多样性

采用18个微卫星(SSR)DNA标记对42个柱花草品系进行了遗传多样性分析，共扩增出84条带，其中多态性带71条，平均多态性水平为84．5％。运用POPGEN32软件计算了各品系的等位基因频率、多态性信息含量、遗传杂合度、等位基因数及有效等位基因数，结果表明，抗病柱花草品系的遗传变异高于感病柱花草品系的遗传变异程度。用NTSYS-pc软件计算品系间的遗传相似系数，其变化范围为0．26～0．94。按非加权成对平均数法(UPGMA)进行聚类分析，获得了聚类树系图，以所有品系的平均遗传相似系数0．60为阈值，42个品系分为6类。这些结果表明，SSR技术是分析柱花草遗传多样性的有效方法。     

泥蚶遗传多样性的研究

采用垂直聚丙烯酰胺同工酶电泳技术对我国及周边海域的7个泥蚶群体的11种同工酶、近28个位点的表型变异及遗传分化进行了研究,结果发现,绝大多数同工酶在7个群体之间谱型上都存在较大差异。遗传变异统计结果表明：7个泥蚶群体多态位点比例（P．99）和（P．95）分别在39．3％～53．6％和28．6％～44．4％之间;平均杂合度观测值在0．035～0．083之间,平均杂合度预期值在0．086～0．186之间;而平均位点等位基因数在1．786～2．381之间。比较了7个群体之问的遗传相似度和遗传距离表明,7个泥蚶群体明显地分为两大类群,第一个类群包括釜山、荣成、奉化、乐清、福鼎5个群体,它们的平均遗传距离是0．0072;第二个类群包括汕头和湛江两个群体,它们的遗传距离是0．0320;而这两个类群问的不同群体问的平均遗传距离为0．4279。因此这两个类群的分类学地位值得进一步探讨。     

红鳍东方鲀与假睛东方鲀的微卫星DNA多态性分析

为了对中国近海分布的红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）资源进行深入调查,以确定红鳍东方鲀与假睛东方鲀（Takifugu pseudommus）的种间关系,利用根据红鳍东方鲀基因组序列设计的9对微卫星引物,对野生红鳍（WR）、野生假睛东方鲀（WP）两个地理种群和一个养殖红鳍东方鲀（CR）群体进行了遗传多样性分析。结果表明：9对引物在三个群体中均表现为多态;共获得106个等位基因,每个位点的等位基因数目在5～25之间,9个位点在三群体观测杂合度的范围从0．8167到1．0000,三群体平均杂合度观测值E,排列顺序为wR（0．8661）〉WP（0．8272）〉CR（0．7832）;3个群体之间的遗传距离较小,其中WR和WP群体间的遗传距离最小（0．0586）,WR和CR群体的遗传距离最大（0．0923）;3群体的遗传分化系数Gsr很小,其中,WR和WP两群体间遗传分化系数最小（0．0177）,WR和CR群体间的遗传分化系数最大（0．0290）,与遗传距离的分析结果相一致。群体遗传结构的分析结果表明：红鳍东方鲀养殖群体遗传多样性显著下降,应及早加强对其种质的保护;从分子遗传学的角度来看,红鳍东方鲀与假睛东方鲀应为同一个种。     

玉米SSR连锁图谱构建及抗纹枯病基因定位

以玉米自交系R15 (抗)×4 78(感)的F2 分离群体(2 2 9个单株)为作图群体,构建了包含14 6个SSR标记位点的遗传连锁图谱,覆盖玉米基因组16 6 6cM ,平均图距11.4cM。通过麦粒嵌入法对2 2 9个F2∶4 家系进行人工接种纹枯病菌,并采用相对病斑高(绝对病斑高除以穗位高)划分病级标准进行玉米纹枯病的抗性鉴定。应用复合区间作图法分析抗病QTL(数量性状基因座位)及遗传效应。结果共检测到6个抗性QTL ,分别位于第2、6、10染色体上,与标记Umc2 110、Bnlg16 0 6、Umc2 110、Bnlg15 38、Umc12 5 7和Phi0 5 4连锁,各自可解释表型变异的10 35 %、4 0 9%、8 33%、5 18%、5 12 %和4 18%。这些抗性QTL与控制株高和穗位高的基因之间表现为独立遗传。     

中日栉孔扇贝杂交子一代群体的遗传变异

采用不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，研究了中国栉孔扇贝和日本栉孔扇贝的两组杂交子代群体的14个位点24个等位基因。将它们各自的自交子一代作为亲本的参照组，对这四组子代群体进行了遗传变异分析，结果表明：四组群体具有相同的基因位点控制同工酶的表达，但各位点等位基因的频率有所不同。统计结果表明：杂交群体的遗传变异明显高于自交群体的遗传变异，四组群体的多态位点比例（P.99）分别为36.36%（CP中自交组）、30.77%（JP日自交组）、30.77%（JFCM日雌中雄杂交组）、30.77%（JM-CF日雄中雌杂交组），平均杂合度观测值（Ho）分别为0.1273（CP）、0.1055（JP)、0.1536（JFCM）、0.1727（JMCF)，各位点平均有效等位基因数（Ae）分别为0.7318（CP）、1.6718（JP）、1.6955(JFCM)、1.6927（JMCF）。杂交优势已初步显示出来。     

中国对虾人工选育快速生长群体不同世代间的AFLP分析

利用7对AFLP引物组合检测了中国对虾连续五代选育群体基因组DNA的遗传结构,根据AFLP分析结果计算了选育世代群体间的遗传相似系数和遗传距离.结果表明,AFLP标记表现出较高的多态检测效率,7对引物共产生500余条带,平均每对引物组合检测到33.7个多态性标记,平均杂合度为0.0854～0.1025,非常适合于遗传多样性分析.结果显示,随着选育世代的增加,选育群体的遗传多样性呈现下降趋势,但随着选育时间的延长,群体之间的分化逐渐降低,群体的遗传结构开始趋于稳定,成为一个品系.     

利用AFLP技术分析中国明对虾的韩国南海种群和养殖群体的遗传差异

利用AFLP技术对新发现的中国明对虾的一个地理种群——韩国南海种群（SP）和中国明对虾的养殖群体（CP）进行了遗传分析。每个群体随机取样30个,5对AFLP引物获得326个位点。其中SP多态位点比例（P0.99）46.93％,Shannon多样性指数（Ⅰ）0．1884,Nei（1978）基因多样性指数（h）0．1197,群体差异性位点9个,占检测位点总数的2．7％。CP多态位点比例（R9q）51．84％,Shannon多样性指数（Ⅰ）0．1954,Nei（1978）基因多样性指数（h）0．1229,群体差异性位点19个,占检测位点总数的5．8％。SP种群各项遗传参数都低干CP种群。两个群体的非偏差遗传相似度和遗传距离分别为0．9899和0．0102。利用中国明对虾的韩国南海种群和养殖群体杂交可以获得新的种质资源,这将为获得最大变异数量性状表型和基因多样性的产生提供可能。     

精子冷冻保存对大菱鲆后代遗传结构影响的微卫星分析

用微卫星技术对大菱鲆冻精和鲜精受精鱼苗的遗传结构进行了分析比较,以期间接地检验冷冻保存没有对精子的遗传结构产生影响。精子冷冻按三步法进行,冻后成活率为65％(对照为85％)。精子在液氮中保存半小时后解冻授精,冻精受精率和孵化率与鲜精的没有显著差异。实验用冻精和鲜精受精鱼苗各15条,且来自相同的父母本,这减少了亲本遗传结构不同对实验结果的干扰。10对微卫星引物的分析结果显示,15条鲜精受精大菱鲆苗共得到等位基因30个,基因型25个,杂合度为0．5747;15条冻精受精大菱鲆苗共得到等位基因30个,基因型25个,杂合度为0．5714。在鲜精受精大菱鲆和冻精受精大菱鲆的30个等位基因中,只有7个等位基因的频率发生了比较显著变化。     

天鹅洲保护区长江江豚AFLP遗传多样性分析

应用AFLP技术对天鹅洲白豚国家级自然保护区的长江江豚 (Neophocaenaphocaenoidesasiaeorientalis)群体进行了遗传多样性分析。每个AFLP引物组合在群体中检测到 0到 6个不等的多态性片段 ,平均为 2 .4 8个。 2 1个引物组合共揭示了 1139个座位 ,其中 5 2个座位具有多态性。多态性座位所占比例为 4 .6 %。分析显示群体的遗传期望杂合度 (He)为 0 .4 430± (SE0 .0 12 2 2 )。研究结果表明保护区长江江豚群体具有适度的核DNA遗传多样性水平。为了该群体的长期生存与发展 ,更多的具有不同遗传变异的个体应该被迁入保护区 ,以形成更大的群体 ,获得更好的群体遗传结构     

群体间黑线仓鼠DQA基因exon 2遗传结构分析

本研究以山东曲阜、沂南和临朐三个地区的黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)为材料,使用已有特异性引物,经PCR法扩增得到了该基因的外显子2全序列,并在上述群体间进行了多态性统计分析.结果表明:(1)在74个实验样本的核苷酸序列中,目的序列长度均为249b P,检测到13个变异位点,16种单倍型;(2)平均核苷酸多样性指数(Pi)较低(0.010 78),而平均单倍掣多样性指数(Hd)较高(0.757);(3)三个群体间的Kimura 2P遗传分化指数为0.016 85～0.136 48,其中曲阜和沂南地区遗传分化指数(Fst=0.136 48)的卡平方检验结果小于0.05,出现遗传分化,基因流(Nm=1.581 77)强度较弱.分子方差分析(AMOVA)得出Fst=0.058 18(P＜0.01),即5.81%的变异来自群体间,94.18%的变异来自群体内.(4)在NJ聚类树中,三个群体的单倍型并没有按照相应的地理分布区进行聚类;单倍型网络结构呈星状辐射排列.     

利用AFLP技术研究海湾扇贝不同养殖群体的遗传结构及其分化

采用AFIP分子标记技术对我国海湾扇贝的4个不同地理群体共80个个体利用7对引物组合进行了遗传多样性分析。4群体的多态位点比例分别为：加拿大养殖群体48．8235％,墨西哥湾养殖群体49．2914％,秦皇岛养殖群体38．2353％,浙江养殖群体41．1765％。平均杂和度分别为0．1878,0．1886,0．1265和0．1618。遗传距离介于0．1188～0．0941之间。4个群体的Fst为0．1883。根据遗传距离绘制了UPGMA聚类图。4个群体间的遗传关系如下：加拿大群体和浙江群体聚为一支,墨西哥湾群体和秦皇岛群体聚成一支,最后这两支聚在一起。试验结果表明,经过长时间累代养殖的浙江、加拿大、墨西哥湾群体仍保持较高的杂合度,与引种时间最短的(2年)、最为接近美国自然群体的秦皇岛群体比较,以上3个群体没有出现多态位点比例和杂合度显著下降的现象。     

栉孔扇贝不同地理群体的遗传多样性分析

应用AFLP技术对栉孔扇贝的中国长岛群体和韩国东部、西部群体进行了遗传多样性分析。实验表明，中国长岛群体的群体内遗传相似度最高，为0．6754，韩国东部群体次之，为0．6714，韩国西部群体最低，为0．6309；中国长岛群体与韩国东部、西部群体间的遗传距离分别为0．1703和0．1786，韩国两群体间的遗传距离只有0．057。这一结果说明，长岛群体与韩国群体遗传差异较大，韩国两个群体遗传相似度较高，应视为同一个群体。本研究共获得6个韩国两群体的共享特征标记，4个长岛群体的特异性标记，1个韩国西部群体所特有的标记，这些标记可以用于鉴定和区分这三个群体。为提高我国栉孔扇贝群体遗传多样性，以引进韩国西部群体为好。     

龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)选育品系遗传背景的RAPD分析

在优化的RAPD反应条件下,筛选出30条随机引物,用于龙须菜野生型青岛一个群体和选育品系福建莆田、江苏连云港、山东荣成3个栽培群体的DNA多态性分析,共扩增出263条DNA片段。龙须菜野生型青岛群体和选育品系的山东荣成栽培种群的平均杂和度为0．160,0．120,多态位点比例为40．68％,32．32％;两群体问的遗传距离为0．1136,遗传相似性为0．8926。福建莆田、江苏连云港、山东荣成3个栽培群体的平均杂和度为0．141,0．123,0．120,多态位点比例为36．50％,33．08％,32．32％;山东荣成／福建莆田,山东荣成／江苏连云港,福建莆田／江苏连云港栽培群体间的遗传距离分别为0．1358,0．1425,0．0722,遗传相似率分别为0．8730,0．8672,0．9303。研究结果表明,龙须菜选育品系来源于野生型青岛群体,其快速生长的品系特征和遗传物质基础在不同海区环境保持相对稳定;龙须菜野生型青岛群体的遗传变异水平高于选育品系群体,选育品系的变异水平随着栽培海区由北方向南方呈现增加的趋势。     

Studies on short tandem repeat genotyping and its expert system based on ultraviolet spectroscopy-principal discriminant variate

The paper has presented a method which could be used to detect short tandem repeat (STR) rapidly, simply and low-costly based on ultraviolet spectroscopy combined with principal discriminant variate (PDV) of chemical pattern recognition. Genotypes 10-11, 11-11 and 10-12 of STR locus D16S539 which was commonly used in forensic medicine were used to establish two-classified PDV genotyping models. The conditions of polymerase chain reaction (PCR) and ultraviolet spectral detection were optimized. Based on the optimal PCR conditions, each genotype was amplified twice in parallel. For the PDV model of 10-11 and 11-11, the prediction samples were all distributed in the scope of calibration samples, the between-class distances were big enough and the prediction accuracy was up to 100%, which indicated that the established PDV model could be used to discriminate genotypes with only one core repeat unit difference. Then the PDV model for genotypes 11-11 and 10-12 whose difference was even smaller (the total numbers of the two genotypes were both 22) was established. The model displayed the same classified characteristics as the above-mentioned one. Therefore, we assumed that the ultraviolet spectrum (UVS)-PDV method could be used to discriminate the genotypes with various degrees of differences. Subsequently, the expert system for six genotypes of the D16S539 locus was constructed based on their difference in the total number of core repeat unit. The 5 two-classified PDV models in the expert system all displayed satisfactory robustness and the discrimination ratios of the prediction samples were all 100%. The result indicated that the expert system based on the UVS-PDV method could be used to discriminate multi-genotypes of STR locus. Based on UVS, the paper achieved the detection of STR genotypes rapidly, simply and low-costly.     

利用扩增片段长度多态性(AFLP)研究坛紫菜的遗传变异

应用AFLP技术对浙江普陀列岛、渔山列岛和南麂列岛野生坛紫菜、福建野生厚型及薄型以及栽培坛紫菜的两个表型分化类型进行了研究。结果表明：坛紫菜的遗传变异较为丰富，共记录了528个位点，其中16个为单态位点，其余的为多态位点，多态位点比例达到96.97%。其遗传距离与地域分布正相关，说明不同的环境因素可能是造成坛紫菜遗传变异的主要因素。对遗传距离进行UPGMA和Neighbor-joining聚类分析表明具有薄型叶片性状的浙江野生坛紫菜和福建野生薄型坛此菜聚合，而福建野生厚型与栽培具厚型叶片，当地俗称为木耳菜的样本聚合。该结果基本清楚地反映了坛紫菜表型特征的分化。栽培薄型叶片俗称鸡毛菜样本在不同聚类方法中分别于外侧并入不同的分支。在福建野生坛紫菜与养殖坛紫菜的AFLP图谱中仅发现了三条与叶片性状相关的谱带：具有厚型叶片性状的坛紫菜共有的ACC-CAA(100)和ACT-CAG(232)，具有薄型叶性状的坛紫菜共有的ACC-CAA(490)。     

丝羽乌骨鸡微卫星多态性及其与产蛋性能的关系

选用12个微卫星标记，通过对丝羽乌骨鸡多态性扩增，计算出这些微卫星标记座位的等位基因频率、多态信息含量、群体杂合度。通过标记多态性与产蛋性状的最小二乘分析和多重比较，进行了分子标记与产蛋性状的相关分析。结果表明，12个微卫星标记中，9个表现出丰富的多态性。微卫星标记座位平均检测到4．5556个等位基因(3～7个)。9个微卫星标记平均多态信息含量为0．6072。标记平均杂合度为0．7423。通过最小二乘分析，检测到4个标记G31913、X82867、Z95315、G01672与3种性能指标(4个月连产蛋量、开产蛋重、500天产蛋量)存在显著相关。标记G31913中基因型AB的开产体重最小二乘均值最高，Z95315的基因型CC的开产蛋重、开产体重最小二乘均值最高，标记G31913的基因型AB和标记Z95315的基因型CC有望作为开产蛋重、开产体重早期选择辅助标记，标记X82867基因型为CD的产蛋量较低，而基因型为AB的产蛋量相应较高。