印度谷螟18S rDNA的克隆及定量PCR方法的建立

利用分子生物学方法从印度谷螟幼虫体内克隆获得了18S rDNA的基因全长序列(1 888 bp,GenBank登录号为KJ836335)。利用邻位连接法(neighbor-joining)分别构建了基于18S rDNA基因全长、保守序列Ⅱ以及多变区的系统发育树,比较了与其他已知昆虫18S rDNA基因的同源性和遗传距离。与其他序列的系统发育树相比,其全长序列的系统发育树更能反映鳞翅目昆虫的亲缘关系,印度谷螟与大蜡螟的亲缘关系最近。此外,建立了以18S rDNA为内参基因的实时荧光定量PCR方法。     

印度谷螟PintGOBP2基因的全长序列克隆及其生物信息学分析

印度谷螟Plodiainterpunctella(Hübner),是一种危害性较严重的仓储害虫,在我国广泛分布。在其感染寄主的过程中,气味结合蛋白(OBPs)对印度谷螟的行为反应有重要作用。通过转录组数据筛选、鉴定获得印度谷螟OBP基因序列,并命名为PintGOBP2,用DNAMAN对其进行序列分析,BLAST进行同源性比较,并使用MEGA6.0构建系统发育进化树。结果表明:印度谷螟普通气味结合蛋白PintGOBP2的编码基因开放阅读框全长426 bp,编码141个氨基酸,预测分子量为15.48 kDa,等电点为4.39;N末端具有16个氨基酸残基组成的信号肽序列,并含有由6个半胱氨酸组成的保守片段,属于ClassicalOBPs亚家族基因。同源比对结果表明,PintGOBP2基因编码蛋白与其他鳞翅目昆虫GOBP蛋白具有较高的同源性。进化树分析结果表明,PintGOBP2基因与翅目昆虫GOBP超家族内相关基因的同源很高。研究结果为进一步分析印度谷螟PintGOBP2蛋白在其嗅觉信号传导过程中的生理功能提供了基础材料。     

海芦笋内生真菌基于PKS Ⅰ型功能基因的分离与鉴定

以采自新疆盐湖的野生海芦笋为研究对象,以聚酮合成酶（polyketide synthase,PKS）Ⅰ型功能基因为指标,采用平板划线技术、斜面分离纯化技术分离内生真菌,从中筛选出1 株含有PKS Ⅰ型基因、编号为Salix 1的内生真菌,进而PCR扩增该菌的18S rDNA和ITS1-5.8S-ITS2 rDNA目标序列,在美国国立生物技术信息中心（NationalCenter of Biotechnology Information,NCBI）上进行同源性分析,构建系统发育树,结合形态学观察,将菌株Salix1鉴定为杂色曲霉。     

免培养技术对浓香型白酒大曲中细菌多样性的影响

采用免培养(culture independent)技术直接从浓香型白酒大曲中提取细菌微生物基因组DNA,利用细菌16S rDNA通用引物扩增大曲混合微生物的16S rDNA,采用PCR扩增技术、分子克隆技术以及序列同源性分析等方法测定大曲中细菌的16S rDNA基因全序列,通过与基因数据库中相似菌群序列同源性的比较,构建系统发育树。结果显示,成熟的大曲中细菌共分为Lactobacillus,Pantoea,Enterobacter,Klebsiella,Leuconostoc,Erwinias,Pseudomonas,Bacillus licheniformis几大类群,表现出高度的细菌多样性。     

浓香型白酒曲药中细菌组成及系统学分析

利用免培养法(Culture independent approach)提取浓香型白酒曲药中细菌的总DNA,在分子水平上运用PCR扩增技术和16S rDNA序列同源性分析等方法测定曲药中细菌的16S rDNA基因近全序列,并建立系统发育树图.结果表明,组成该曲药中的细菌分属于Delftia、Dysgonomonas、Bacteroidetes,proteobacterium、Nocardiopsis、Pseudomonas和Arthrobacter几大类群(phylum),表现出高度的细菌多样性.     

阪崎克罗诺杆菌的16S rDNA鉴定分型

阪崎克罗诺杆菌(Cronobacter sakazakii)是一种重要的食源性条件致病菌,易引发新生儿、早产儿、低体重新生儿和免疫力低下的婴幼儿产生严重的脑膜炎、菌血症和坏死性小肠结肠炎。本研究以分离自不同来源、通过生化鉴定的37株阪崎克罗诺杆菌作为研究对象,利用16S rDNA基因测序的方法对阪崎克罗诺杆菌进行鉴定和分型。结果表明:ES4并非为阪崎克罗诺杆菌,说明采用16S rDNA基因测序进行阪崎克罗诺杆菌的鉴定更为可靠;通过构建系统发育树分析,分离菌株位于同一系统发育分支;根据序列同源性比对,可将这一分支下的所有菌株分成7个子群,这表明16S rDNA基因测序可以对阪崎克罗诺杆菌进行分型,进一步揭示其系统发育关系。     

西南菌种站20株酵母菌种基于26SrDNA D1/D2区序列分析研究

利用26S rDNA基因D1/D2区序列分析法对西南菌种站保藏的20株酵母进行复核鉴定,通过序列比对分析及构建系统发育树,结果显示20株菌株与相关标准菌株的序列相似性在99%以上,表明26S rDNA基因D1/D2区序列分析方法能够应用于酿酒酵母、东方伊萨酵母、拜尔结合酵母、杰丁毕赤酵母以及胶红酵母等菌种分子生物学鉴定.     

PFGE与16S rDNA对阪崎克罗诺杆菌分型的研究

研究脉冲场凝胶电泳(PFGE)与16S rDNA序列分析在阪崎克罗诺杆菌分型中的应用。对分离自不同来源的10株阪崎克罗诺杆菌进行16S rDNA序列扩增及测序,并构建系统发育树进行聚类分析。再利用限制性内切酶Xba I对这10株菌酶切后,进行PFGE电泳分型。16S rDNA序列分析显示,所有分离菌株与ATCC标准菌株在同一系统发育分支下,其序列相似性达到98.37%,并且不能进一步分型。而PFGE分型结果显示,10株分离菌株和2株标准菌株共分成11种PFGE基因型,说明PFGE的分型能力明显优于16S rDNA序列分析,部分菌株的基因型与分离来源具有一定的相关性,所以PFGE分型方法可用于阪崎克罗诺杆菌分子分型及溯源的研究。     

烟草18S rDNA染色体原位杂交技术优化研究

荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization,FISH）在细胞遗传学中有较多应用,其中重复序列常被作为探针来研究物种进化、分类。但现常用的探针序列均较长（200 bp-500 bp）,杂交耗时较多。本研究以烟草（Nictiana tabacum）为材料,克隆并标记18S rDNA保守序列（254 bp）,以其为探针对烟草染色体进行FISH,经18 h杂交获得了清晰的信号。在此基础上,利用荧光素直接标记引物序列（寡聚核苷酸）,经较短时间（2 h）的杂交,也获得了清晰的信号。以寡聚核苷酸为探针对云烟87四倍体、N.tabacum-N.plumbaginifolia五倍体、烟草六倍体、云烟87八倍体以及N.plumbaginifolia的染色体进行杂交,均获得了良好效果。且杂交液可简化配制,洗脱过程也可简化。18S rDNA寡聚核苷酸探针与5S rDNA寡聚核苷酸探针结合,实现了N.plumbaginifolia的18S rDNA和5S rDNA双色FISH。所以,该寡聚核苷酸序列可以应用于烟草属植物18S rDNA（45S rDNA）位点的分析,且较大程度缩短了操作时间并简化了操作过程。      

浓香型白酒窖泥中细菌多样性的免培养技术分析

采用免培养(culture independent)技术直接从浓香型白酒窖泥中提取细菌微生物混合基因组DNA(也叫元基因组DNA),利用细菌16S rDNA通用引物扩增窖泥细菌的序列,根据16S rDNA序列对细菌多样性进行初步分析。采用PCR扩增技术、分子克隆技术以及序列同源性分析等方法测定细菌的16S rDNA,通过与基因数据库中相似菌群序列同源性的比较,得到样品菌种多样性,分别构建系统发育树。结果显示,细菌含有几大类群,表现出高度的细菌多样性。共分为Uncultured bacterium、Clostridium、Lactobacillus、Eubacterium和Syntroph-omonas五个细菌分类。     

芦笋18S rDNA序列和分类分析

通过植物基因组提取方法对芦笋的基因组DNA进行提取,采用PCR方法对其18S rDNA片段进行扩增,再经连接、转化、筛选后,获得长度为1684bp的18S rDNA序列。将序列提交后,获得GenBank数据库基因登录号GU217543。分析芦笋18S rDNA的基因序列,确定芦笋与百合目(Liliales)和天门冬目(Asparagales)的多种植物在分类上有很近的关系,从而对分子水平上芦笋的分类有了进一步的了解。     

The full-length mitochondrial rDNA sequence of Tyrophagus longior (Astigmata: Acaridae) and phylogeny of astigmatid mites based on mitochondrial rDNA sequences

Mites of the genus Tyrophagus are economically important as they are polyphagous stored product pests and cause medically allergic reactions to human. Considering that examining the phylogenetic relationship among Astigmata species might help to understand their evolutionary process, we sequenced and analyzed the mitochondrial (mt) rDNA of the Tyrophagus longior and compared with those of six other astigmatid mites, as well as assessed the phylogenetic relationship among astigmatid species based on the complete mt rDNA sequences. Sequence analysis showed that the mt rDNA sequences of seven Astigmata species have high A + T contents (average value: 72.0% for 12S rRNA and 72.4% for 16S rRNA, respectively). The genetic distance and transition/transversion (TS/TV) of the seven Astigmata species reached interspecies level. In addition, the predicted stem-loop secondary structure of T. longior mt rDNA closely resembled those of other reported acariform mites. Finally, phylogenetic analyses based on complete sequences of 12S rRNA and 16S rRNA genes revealed that a close relationship between the families Acaridae and Pyroglyphidae, and supported the monophyly of the Acaridae as well as the Astigmata. These results are consistent with traditional classifications. Therefore, the mt rRNA genes are suitable for inferring phylogenetic relationship among astigmatid mites in this study, although the differentiation among the seven astigmata species has approached interspecies level.     

滇牡丹ω-3脂肪酸脱氢酶基因克隆与功能分析

ω-3脂肪酸脱氢酶是多不饱和脂肪酸亚麻酸生物合成途径的关键酶。依据转录组数据设计特异性引物,使用RT-PCR方法从滇牡丹克隆得到1个FAD3基因的c DNA全长序列,命名为Pd FAD3(Gene Bank登录号为KX289610)。生物信息学分析结果表明Pd FAD3基因片段序列全长2 134 bp,包含完整的c DNA开放阅读框,编码含有450个氨基酸残基的蛋白质;Blast比对结果显示该蛋白质属于FAD蛋白质家族;系统进化树分析结果显示与芍药属芍药组植物芍药亲缘关系较近;该蛋白质属于跨膜蛋白质,亲水性较低;RT-PCR结果显示其在种子中的表达随着种子成熟出现双峰型的表达量变化,与目前所报道的其他物种的FAD3表达情况相似。为进一步研究其调控机理提供理论依据及获得含高不饱和脂肪酸转基因滇牡丹品种奠定理论基础。     

3株哈密瓜酒酵母的分子生物学鉴定

通过对从哈密瓜酒生产中分离获得的3株哈密瓜酒酵母进行发酵性能分析,发现其中1株发酵异常.采用26S rDNA D1/D2区序列分析法对酵母进行分子鉴定,经序列比对及构建系统发育树分析,得出1号和3号酵母为酿酒酵母,与酿酒酵母模式菌株序列相似性在99％以上;2号酵母鉴定为高里毕赤酵母,与高里毕赤酵母(Pichia guilliermondii)相似性为99％.进一步对3株酵母的同源序列与其他种之间的发育关系进行了分析,发现有很好的相似度,表明26S rDNA D1/D2区域序列分析方法能够应用于酿酒酵母的分子生物学鉴定,并可以作为生产中酵母污染检测的工具.     

Diversity of 16S ribosomal DNA-defined bacterial population in acid rock drainage from Japanese pyrite mine

Four acidophilic bacteria (YARDs1-4) were isolated from an acid rock drainage (ARD) from Yanahara mine, Okayama prefecture, Japan. The physiological and 16S rDNA sequence analyses revealed that YARD1 was closely affiliated with Acidithiobacillus ferrooxidans, YARD2 was an Acidiphilium-like bacterium, and YARD3 and YARD4 were sulfur-oxidizing bacteria with a relatively close relationship to A. ferrooxidans in the phylogenetic analysis. A molecular approach based on the construction of a 16S rDNA clone library was used to investigate the microbial population of the ARD. Small-subunit rRNA genes were PCR amplified, subsequently cloned and screened for variation by a restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. A total of 284 clones were grouped into 133 operational taxonomic units (OTUs) by the RFLP analysis. Among them, an OTU showing the same RFLP pattern as those of the isolates from the ARD was not detected. The phylogenetic analysis based on the 16S rDNA sequences from 10 major OTUs and their close relatives revealed that 4 OTUs containing 32.1% of the total clones were loosely affiliated with Verrucomicrobia, 2 OTUs containing 6.6% of the total clones were loosely affiliated with Chloribi, and other OTUs were affiliated with Actinobacteria, Nitrospirae, and beta-Proteobacteria.     

京津地区储粮虫螨种类调查分析（网络首发、推荐阅读）

为了解第四储粮生态区京津地区储粮虫螨的种类及发生情况，以制订害虫防治策略提供依据，分别于2016和2017年对北京、天津地区涉粮相关场所进行了储粮虫螨现场调查。北京地区共采集到3个目、12个科的19种储粮昆虫以及3种螨类，其中玉米象Sitophilus zeamais（Motschulsky）、麦蛾Sitotroga cerealella（Olivier）、赤拟谷盗Tribolium castaneum（Herbst）、印度谷螟Plodia interpunctella （Hübner）最为普遍；天津地区共采集到3个目、13个科的22种储粮昆虫以及4种螨类，其中玉米象Sitophilus zeamais（Motschulsky）、赤拟谷盗Tribolium castaneum（Herbst）、锯谷盗Oryzaephilus surinamensis（Linnaeus）、黑粉虫Tenebrio obscurus Fabricius最为普遍。     

高产丁二酮乳球菌的选育及发酵条件优化

从收集到的6株乳酸菌中筛选得到一株高产丁二酮菌株DX。经过16S rDNA测序和构建系统发育树,结果表明菌株DX的16S rDNA基因序列同Lactococcus lactis的同源性为99%,综合系统发育树结果表明该菌株为乳酸乳球菌。通过单因素试验和中心组合试验确定菌株DX的最佳发酵条件为：脱脂乳质量浓度10g/100mL、接种量2%、发酵培养基初始pH6.5、培养温度37℃、静置培养,丁二酮产量达到22.383mg/L。     

Repellency and attractancy of plant extracts against Plodia interpunctella and Sitophilus zeamais

Plodia interpunctella and Sitophilus zeamais are among the most destructive insect pests of stored processed food products. The use of natural materials rather than conventional pesticides to control these pests is a promising alternative to conventional neurotoxic insecticides. In this study, we tested organic extracts from 13 species of plants; most showed different effects on S. zeamais and P. interpunctella. Eleven of the extracts had repellent effects on S. zeamais but either an attractant effect or no effect on P. interpunctella. These results suggested that different species of insects have different reactions to plant extracts, and such extracts may have applications as storage products to prevent infestation by both P. interpunctella and S. zeamais.