共查询到18条相似文献,搜索用时 115 毫秒
1.
建立空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)的ERIC-PCR分子生物学分型技术,比较ERIC-PCR分型和生化分型的分型效果。从菌株TY1273出发,运用L16(54)正交试验,对Mg2+、dNTPs、引物和TaqDNA聚合酶浓度等因素在较大范围水平内进行反应体系条件摸索,得到一个初步的优化体系;在此基础之上进行单因素的进一步小范围水平内的微调优化,得到最终的优化体系;最后以优化的ERIC-PCR方法对24株C.jejuni分离株分型;同时根据API Campy生化反应结果进行生化分型,比较ERIC-PCR分子分型方法和生化分型方法。结果显示ERIC-PCR方法将24株菌扩增均得到大小在100 bp-3000 bp之间的条带,并可将其分为22个基因型,分辨系数为0.92,具有较高的分辨力。生化分型将24株菌分为19个生化型,显示了菌株基因的多样性。表明ERIC-PCR技术比生化分型能更好的体现菌株的遗传多样性,且具有简便和分辨力搞等优点,可用于C.jejuni的多样性研究。 相似文献
2.
米醋中蜡状芽孢杆菌DNA提取及其ERIC-PCR体系建立 总被引:3,自引:0,他引:3
以蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)为试验材料,比较细菌基因组DNA的提取方法.将ERIC-PCR应用于醋液分离菌的研究,对此反应体系的主要因素进行优化,最终建立了适合于此菌种的ERIC-PCR体系.采用改良的传统细菌基因组DNA提取方法,所提取的DNA质量较高,能够满足ERIC-PCR反应的需要.反应体系:25μL反应体积10×扩增缓冲液(含Mg2+)2.5 μL,20 pmol/μL ERIC-PCR引物E1 1μL,20 pmol/μL ERIC-PCR引物E2 1μL,DNA模板2μL,2.5 mmol/LdNTPs混合液2.0 μL,taq聚合酶1.1 μL,双蒸水补齐;PCR反应程序为:94℃变性3min,1个循环;94℃变性30 s,55℃退火40 s,72℃延伸1min,30个循环;72℃延伸4min. 相似文献
3.
副溶血性弧菌ERIC-PCR分型及毒力基因检测研究 总被引:3,自引:0,他引:3
目的:建立副溶血性弧菌ERIC-PCR分子分型技术,分析副溶血性弧菌标准菌株及分离株基因组DNA ERIC-PCR指纹图谱,并对副溶血性弧菌毒力基因进行检测,以了解不同来源副溶血性弧菌毒力基因携带情况.方法:提取副溶血性弧菌基因组DNA,以肠杆菌基因间共有重复序列(ERIC)为引物进行PCR扩增,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用凝胶成像分析仪对图谱进行观察分析,并以相似性系数构建聚类图;通过PCR方法对直接耐热溶血素(TDH)和耐热直接相关溶血素(TRH)进行检测.结果:26株副溶血性弧菌均可扩增产生可重复的DNA指纹图谱,ERIC-PCR可将26株菌分为12个型,分辨力指数为0.926;只在临床分离株中检测到TDH基因,而除一株标准菌株外,所有菌株都未检测到TRH基因.结论:研究显示ERIC-PCR可从分子水平对副溶血性弧菌基因组DNA进行快速指纹图谱分析,同时结合毒力基因检测,能够为副溶血性弧菌食物中毒疾病的预防和流行病学调查提供科学依据. 相似文献
4.
目的 了解辽宁省副溶血性弧菌的分布规律及流行趋势,为辽宁省副溶血性弧菌引起的食源性疾病的溯源和预警提供基础。方法 对2019年辽宁省151株VP分离株进行血清分型、PFGE、REP-PCR和ERIC-PCR分子分型和聚类分析,评价3种方法间的关联性,同时探讨菌株间的亲缘关系。结果 124株分离株可共分为18个血清型,27株分离株未能分型,血清群以O3群、O1群和O2群为主。PFGE的分辨力(DI)为0.97,REP-PCR的DI为0.95,ERIC-PCR的DI为0.93。血清型O3群菌株与O1群菌株分子型相似度高。结论 2019年辽宁省临床VP分离株流行血清型仍为O3:K6,食品VP分离株流行血清群仍为O2。PFGE、REP-PCR和ERIC-PCR 3种分型方法结果一致,且PFGE分型方法的分辨力和再现性均优于其他两种方法,研究结果可以为副溶血性弧菌所引起食源性疾病的溯源提供新的技术手段。 相似文献
5.
利用稀释平板法从米醋沉淀中分离获得细菌,通过对其进行16S rDNA分子鉴定,表明该细菌为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。以该菌为实验材料,研究了细菌基因组DNA的提取方法,并将ERIC-PCR法首次应用于醋液菌种,对此反应体系的主要因素进行了优化,最终建立了适合于本实验室的ERIC-PCR体系。结果表明,采用改良的传统细菌基因组DNA提取方法,所提取的DNA质量较高,能够满足ERIC-PCR反应的需要;建立的反应体系为:25μL反应体积10×扩增缓冲液(含Mg2+)2.5μL,20pmol/μLERIC-PCR引物E11.0μL,20pmol/μLERIC-PCR引物E21.0μL,DNA模板2μL,2.5mmol/LdNTPs混合液1.6μL,taq聚合酶0.9μL,双蒸水补齐;PCR反应程序为:94℃变性4min,1个循环;94℃变性30s,58℃退火40s,72℃延伸1min,30个循环;72℃延伸4min。 相似文献
6.
采集上海地区2008—2012年来自临床病人和市售食品的肠炎沙门氏菌分离株90株;采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法,对存在于毒力岛SPI和毒力质粒上的9种常见毒力基因携带情况进行了调查;并采用本实验优化的肠杆菌基因间保守重复序列-聚合酶链式反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR,ERIC-PCR)方法对这些分离株进行亚分型。结果显示:毒力基因inv H、sop E、sug R的携带率为100.0%(90/90),iac P、avr A、rhu M、prg K均为98.9%(89/90),而spv B、spv C分别为85.6%(77/90)和78.9%(71/90)。优化的ERIC-PCR体系能够较好地区分8种主要沙门氏菌血清型,共17株菌,辛普森指数(D值)为0.970 6。然而,90株肠炎沙门氏菌分离株却具有一致的ERIC-PCR指纹图谱。在所调查分离株中,毒力基因的携带率较高,尤其是inv H、sop E和sug R,对人类健康存在较大威胁;ERIC-PCR虽然可用于区分沙门氏菌不同血清型,但对肠炎沙门氏菌的分型效果不佳。 相似文献
7.
为了研究肠杆菌间重复序列-聚合酶链式反应(ERIC-PCR)和Sau-PCR两种现代分子分型方法对单增李斯特菌(LM)分型的稳定性,取分离自广州市菜市场、超市及厦门某食品加工厂不同食品来源的5株单增李斯特菌进行实验,分别将这5株单增李斯特菌株进行室温放置培养和传代培养,提取室温放置培养24 h、48 h、和72 h及传代培养至第5代、10代、15代和20代的基因组DNA,然后同时进行ERIC-PCR和Sau-PCR分型,观察随着放置时间延长及传代次数增加其指纹图谱的变化。结果显示,5株单增李斯特菌在室温放置培养及传代培养后除部分条带发生缺失外均未出现条带增加现象,整体条带变化不大,两种分型方法的同源性分别在92%和94%以上,表明ERIC-PCR和Sau-PCR两种分型方法在室温放置培养72 h和传代培养20代内对单增李斯特菌分型相对比较稳定,具有流行病学意义。 相似文献
8.
《中国食品学报》2015,(8)
选取来自上海、宁波、舟山的109株临床、食品和环境分离株,对其进行血清分型和ERIC-PCR分型研究。通过玻片凝集反应进行血清分型,结果显示:在26种血清型中,O3∶K6和O4∶K8所占比例较高,分别为20.7%和19.5%,合计达40.2%;其次为O4∶K68,O1∶K25,O3∶K68,O3∶K25,O3∶K8和O1∶K6等。结合来源分析表明:环境分离株的血清型分布呈现出显著的多样性,与食品和临床分离株差异较大。采用ERIC-PCR基因分型方法,结合聚类分析比较各分离株之间的遗传相关性,结果显示:ERIC-PCR指纹图谱可将109株副溶血弧菌分为65个型,31个类群,分辨力指数为0.942。亲缘关系分析结果显示:不同来源的分离株可聚为一类,在基因水平上存在一定的相关性。本研究揭示了不同来源的副溶血弧菌血清型分布情况及遗传相关性,结合血清分型和ERIC-PCR分型可进行流行病学溯源,为副溶血弧菌的预防控制提供理论依据。 相似文献
9.
阪崎克罗诺杆菌污染婴幼儿食品可能导致新生儿和婴幼儿脑膜炎、败血症和坏死性小肠结肠炎,对其健康造成严重威胁。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和肠杆菌间保守重复序列PCR(ERIC-PCR)对分离于婴幼儿配方乳粉、米粉和辅食中的阪崎克罗诺杆菌进行分子分型,计算3种分型方法的辛普森多样性指数(DI)值,评价3种方法的分型效率,以便精确和快速开展阪崎克罗诺杆菌流行病学研究。PFGE、MLST和ERIC-PCR可分别将37株阪崎克罗诺杆菌分为35个PFGE基因型、28个ERIC-PCR型和23个序列(ST)型,分型结果的DI值分别为99.55%,96.40%和98.05%。3种方法对阪崎克罗诺杆菌均具有较高的分型能力,其中PFEG分型能力最高,分型效率最佳。 相似文献
10.
副溶血性弧菌(Vibiro parahaemolyticus)是一种常见的食源性致病菌,本文研究了珠江三角洲地区副溶血性弧菌的遗传多样性。从54株副溶血性弧菌出发,研究了它们的API20E生化反应、抗生素耐药性、O抗原血清型,进行了ERIC-PCR分子分型,并检测了两种毒力基因tdh和trh的分布。54株副溶血性弧菌可被分为6个生化反应类群,主要类群为Biochem-A;菌株对萘啶酮酸、环丙沙星、氯霉素均不耐药,而对氨苄青霉素耐药率最高,耐药率0.88;O抗原血清型分别为O1、O2、O3、O4、O5、O6、O8、O10、O11,O2为主要血清型,O3为临床主要血清型;ERIC-PCR分子分型将54株菌分成47个型别,ERIC-PCR图谱相似性大于0.80的类群有12个,没有明显的优势类群;有12株副溶血性弧菌为tdh阳性,阳性率为0.22,其中10株为临床来源菌株;有2株副溶血性弧菌为trh阳性,阳性率为0.04,均为食品分离株。珠三角地区食品和临床来源的副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性。 相似文献
11.
Molecular characterization of the probiotic strain Bacillus cereus var. toyoi NCIMB 40112 and differentiation from food poisoning strains 总被引:1,自引:0,他引:1
Klein G 《Journal of food protection》2011,74(7):1189-1193
Bacillus cereus var. toyoi strain NCIMB 40112 (Toyocerin), a probiotic authorized in the European Union as feed additive for swine, bovines, poultry, and rabbits, was characterized by DNA fingerprinting applying pulsed-field gel electrophoresis and multilocus sequence typing and was compared with reference strains (of clinical and environmental origins). The probiotic strain was clearly characterized by pulsed-field gel electrophoresis using the restriction enzymes Apa I and Sma I resulting in unique DNA patterns. The comparison to the clinical reference strain B. cereus DSM 4312 was done with the same restriction enzymes, and again a clear differentiation of the two strains was possible by the resulting DNA patterns. The use of the restriction enzymes Apa I and Sma I is recommended for further studies. Furthermore, multilocus sequence typing analysis revealed a sequence type (ST 111) that was different from all known STs of B. cereus strains from food poisoning incidents. Thus, a strain characterization and differentiation from food poisoning strains for the probiotic strain was possible. 相似文献
12.
本研究以实验室保存的26株李斯特氏菌为实验对象,通过ERIC-PCR和凝胶电泳技术对其展开基因分型,并根据分型结果选取不同亚型菌株,进而考虑改变细菌培养条件来探究不同培养基对李斯特菌ERIC-PCR分子分型结果的影响。实验结果初步表明,实验室26株李斯特菌至少可分成11个主要基因类群,其中Ⅰ型菌株最多占有8株,而Ⅲ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅹ以及Ⅺ型均最少,各占1株;同时发现,培养基及培养条件的改变会对LM87、LM109(野生型单增李斯特菌)分型结果产生影响,且这些菌株分型均最少。由此推断,不同的营养机制和培养条件可能会对李斯特菌的基因组稳定性或基因表达带来潜在影响,因此无论是在对LM致病机理的基础研究过程中还是对其进行分子分型鉴定,都必须考虑其寄主来源以及培养条件。 相似文献
13.
目的:为了建立一种高效分离筛选高产蛋白质谷氨酰胺酶的解朊金黄杆菌的筛选方法,采用肠道基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)和全自动核糖体分型方法对来自不同环境的33株解朊金黄杆菌(Chryseobacterium proteolyticum)进行分子分型研究。方法:采用ERIC国际通用引物对33株解朊金黄杆菌进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测,使用NTsys软件对电泳图进行聚类分析。同时,采用全自动核糖体分型方法对33株解朊金黄杆菌进行核糖体分型,采用Bionumeric软件对菌株进行聚类分析。结果:两种方法均可得到清晰的指纹图谱,可对33株解朊金黄杆菌进行分子分型。ERIC-PCR可扩增出3~9个100~10000 bp之间的条带,将菌株分为2个族群。全自动核糖体分型方法可将菌株分为2个亚型,每种亚型间菌株仍有细微差异。结论:同种菌株之间同源性达到99%以上,但仍在遗传进化关系上存在差异。来自同一地区的分离株有聚类成一类的趋势,且与菌株的产酶能力存在密切关联。研究结果表明聚类于族群Ⅱ的菌株基本都来自于河南,且该类群菌株的产酶能力明显高于族群Ⅰ。 相似文献
14.
Molecular typing of Vibrio parahaemolyticus isolates from the middle-east coastline of China 总被引:2,自引:0,他引:2
Chen W Xie Y Xu J Wang Q Gu M Yang J Zhou M Wang D Shi C Shi X 《International journal of food microbiology》2012,153(3):402-412
The occurrence of outbreaks of Vibrio parahaemolyticus gastroenteritis in China highlights the need for strain characterization and subtyping of this pathogenic species. A total of 56 epidemiologically-unrelated strains of V. parahaemolyticus were isolated from clinical samples, seafood and various environmental sites in the middle-east coastline of China from 2006 to 2008. The isolates were characterized using four molecular typing methods, including ribotyping, enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and sequence analysis of the gyrB gene. Genetic profiles of cluster analysis from these molecular typing tests clearly showed that there were differences in potential pathogenicity among isolates from seafood and its environments. Genetic characterization of two isolates (F13 and QS2) that originated from seafood demonstrated that they were potentially pathogenic. Discriminatory indices of four typing methods for the 56 V. parahaemolyticus isolates were differentiated by Simpson's Index of Diversity. The discriminatory index of ERIC-PCR typing was maximal (D = 0.942), while that of sequence analysis of the gyrB gene was minimal (D = 0.702). The discriminatory ability was greatly enhanced (D = 0.966) when ERIC-PCR was coupled with sequence analysis of the gyrB gene. These results suggest that ERIC-PCR combined with sequence analysis of gyrB gene may be a reliable, rapid typing strategy for V. parahaemolyticus strains. 相似文献
15.
A method was developed to differentiate between Bacillus cereus, Bacillus mycoides and Bacillus thuringiensis using the polymerase chain reaction combined with a restriction endonuclease (PCR-RE) technique. This fast and simple protocol, applied to pure culture strains, was developed using the gyrB DNA sequence, as previously proposed by other authors. Strains from international collections were used to optimize the method which was then applied to the identification of strains isolated from food samples. Amplifications were specific for the B. cereus group. Only Staphylococcus aureus gave the same size PCR product, but it was easily differentiated from strains in the B. cereus group by using restriction analysis, based on digestion with the RsaI, Sau3AI and EcoRI endonucleases. Specific amplifications and good differentiations were obtained using pure strains, suggesting the possibility of using the method described to identify the B. cereus group directly in food samples. 相似文献
16.
目的:建立一种用于单核细胞增生李斯特菌的实时荧光赖解旋酶恒温核酸扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)快速检测方法。方法:针对单核细胞增生李斯特菌hly基因序列设计引物对,基于荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)仪的平台,提取单核细胞增生李斯特菌基因组DNA,以此作为模板,优化反应温度、反应时间及引物浓度。利用单核细胞增生李斯特菌及10株对照菌株,并与实时荧光PCR对比,来验证实时荧光HDA方法的特异性和灵敏度,并初步用于样品检测。结果:实时荧光HDA体系的最适引物浓度为0.075μmol/L,反应温度及反应时间为65℃、80 min(40个循环),具有良好的特异性和灵敏度。结论:建立了一种特异性强、灵敏度高的实时荧光HDA检测单核细胞增生李斯特菌的方法。 相似文献
17.
海口市5类食品中蜡样芽胞杆菌药敏和毒力基因检测及分子分型研究 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 了解海口市5类食品中蜡样芽胞杆菌污染状况、毒力基因携带类型、药物敏感特点和分子分型特征。方法 参照GB 4789.14—2014《食品安全国家标准 食品微生物学检验 蜡样芽胞杆菌检验》对海南粉、海南粉配料、奶粉类、快餐类和糕点类5类食品进行分离鉴定蜡样芽胞杆菌,并应用普通聚合酶链式反应(PCR)方法进行菌群特异性基因groEL和10种毒力基因检测;采用微量肉汤稀释(MIC)法检测菌株对抗生素的敏感性;应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对菌株进行分子分型。结果 626份不同食品样品中有197份检出蜡样芽胞杆菌,检出率为31.5%,其中海南粉检出率最高,为63.1%(140/222)。所有菌株均至少携带1种毒力基因,entFM基因携带率最高,为99.0%(195/197),ces基因携带率最低,为2.5%(5/197);同时携带nheA、nheB和nheC基因的菌株占88.8%(175/197),同时携带hblA、hblC和hblD基因的菌株占13.7%(27/197)。所有菌株对庆大霉素和氯霉素的敏感率均为100.0%(197/197),对万古霉素和环丙沙星敏感率分别为99.5%(196/197)和92.9%(183/197),对青霉素和复方新诺明的耐药率分别为100.0%(197/197)和90.9%(179/197)。PFGE分型结果显示,所有菌株可分为30个簇,117种带型。结论 海口市5类食品均存在蜡样芽胞杆菌污染,其中海南粉污染较重,对食品安全构成潜在的威胁;可依据菌株的毒力基因、分子分型和抗生素敏感性特点进行针对性防控和重点监管。 相似文献
18.
实时荧光环介导等温扩增技术检测牛乳中的蜡样芽孢杆菌 总被引:1,自引:0,他引:1
建立牛乳中蜡样芽孢杆菌便捷可靠的检测方法,根据已公布的蜡样芽孢杆菌hbl A基因序列设计内外引物,并向反应体系中加入荧光染料SYBRGreenⅠ,利用实时荧光监测仪,建立实时荧光环介导等温扩增技术(real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification,Real Amp)检测蜡样芽孢杆菌的方法,扩增产物经电泳和酶切鉴定。通过21株致病菌验证RealAmp特异性,并比较了Real Amp与普通环介导等温扩增技术的敏感性,对人工污染的检出限进行了测定。结果表明对21 株致病菌进行特异性实验,4株蜡样芽胞杆菌呈阳性结果,17株非蜡样芽胞杆菌均呈阴性结果。RealAmp检测纯菌的灵敏度为8.2 CFU/m L,比普通环介导等温扩增技术的灵敏度高10倍,人工污染牛乳RealAmp的检出限为8.2 CFU/m L。并且在20 min左右即可判定结果。该方法快速、准确、灵敏度高、操作便捷、可实时监控检测蜡样芽孢杆菌,有望成为快速检测蜡样芽孢杆菌的有效方法。 相似文献