烟草靶斑病菌（Rhizoctonia solani）SRAP-PCR 体系建立及优化

采用烟草靶斑病菌YC-9, LJT-8和QYS-7为DNA模板,初步筛选SRAP引物组合;采用L16(45)正交试验设计,对烟草靶斑病菌的SRAP-PCR反应体系中的Mg2+、dNTPs, Taq DNA聚合酶、引物和DNA模板浓度等5个因素进行优化试验。结果表明:共筛出13对扩增条带清晰且多态性好的引物组合;烟草靶斑病菌的最佳SRAP反应体系为Mg2+浓度2.0 mmol/L、dNTP浓度200μmol/L、Taq DNA聚合酶0.8U、引物浓度140 mmol/L、模板DNA 20 ng及1×PCR buffer,反应总体积为20 μL;各因素对SRAP-PCR扩增反应结果影响的差异较大,依次为Taq DNA聚合酶>引物> Mg2+> dNTPs=模板DNA。      

酿酒葡萄品种SSR-PCR体系的优化与建立

以酿酒葡萄品种为原料,研究了聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)体系的主要成分对葡萄简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)扩增结果的影响,并确定了各成分的最佳用量。以改良的十六烷基三甲基溴化铵法(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)从葡萄中提取基因组DNA,通过单因素试验分析SSR-PCR体系中主要成分Mg2+浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度和模板DNA浓度对葡萄SSR-PCR反应体系扩增效果的影响。同时,采用正交优化设计试验确立酿酒葡萄SSR-PCR最佳25μL反应体系为Mg2+浓度为2.5 mmol/L,d NTPs为0.15 mmol/L,Taq DNA聚合酶为1.5 U,引物为0.5μmol/L,DNA含量为40 ng/25μL。通过优化试验的直观分析和方差分析得出PCR体系的主要成分对扩增结果的影响程度依次为:Mg2+Taq DNA聚合酶d NTPs引物模板DNA。利用此体系对4个酿酒葡萄品种DNA进行SSR-PCR反应体系扩增并进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果扩增条带清晰稳定,说明该体系可用于酿酒葡萄品种SSR标记的研究。     

小麦RAPD分子标记体系的建立与优化

本研究在给定PCR扩增程序以及主要成分用量的情况下,通过优化聚合酶链式反应中模板DNA质量浓度、Taq聚合酶用量以及Mg~(2+)浓度几个主要变量,采用单因素试验和正交试验相结合的方法对小麦基因组DNA的RAPD扩增体系各参数进行比较筛选,创建其最佳反应体系为:20μL反应体系中,模板DNA 20ng,Taq DNA聚合酶浓度1.5U,Mg~(2+)2.0mmol/L,复性温度38℃,变性时间15s。     

烟草靶斑病菌基因组DNA提取及RAPD反应体系的优化

采用改良的CTAB法,对16个烟草靶斑病菌菌株进行基因组DNA的提取,所得的DNA样品的OD26o/OD280值在1.76～1.89之间,电泳主带清晰,无弥散、拖尾现象,DNA质量较高.通过单因素和正交设计结合的方法对影响RAPD-PCR反应的主要因子Mg2+,dNTP,引物的浓度和模板DNA,Taq酶的用量进行了优化,建立了适宜于病菌的RAPD分子标记的最佳反应体系.优化的反应体系为:模板DNA 10 ng,Mg2+浓度3.25 mmol/L,dNTP浓度0.175 mmol/L,Taq酶1.4 U,引物浓度0.5 μmol/L,反应体系总体积为25 μL.通过该反应体系可以获得清晰、稳定、特异性的分子标记谱带,扩增结果较好.     

快速鉴定啤酒污染菌的RAPD反应条件优化

随机扩增多态性DNA（RAPD-PCR）技术是一种快速、简单的鉴定技术，在啤酒污染菌的快速鉴定和研究腐败菌的多样性方面具有重要的应用价值。本次研究表明采用CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法能够有效地提取成分复杂的MRS培养基中的细菌DNA。对基于引物M-13的RAPD．PCR的反应体系进行优化，确定最佳的反应体系为：Mg^＋的浓度为3．5～4．0mmol／L，引物浓度为2．0μmlol／L，模板浓度为4．8～0．48ng／μL，每种核苷酸的浓度为200／maol／L，Taq DNA聚合酶添加量为2．5U／25μL，退火温度为42℃。对32株分离的啤酒污染菌株进行RAPD—PCR扩增鉴定，结果表明RAPD的指纹清晰，重复性好，适用于构建标准菌的指纹数据库。     

长寿老人体内分离的鼠李糖乳杆菌RAPD体系优化研究

采用CTAB改良法提取11株鼠李糖乳杆菌的基因组DNA,对其完整性进行了测定,并以此为模板进行RAPD反应.优化的RAPD反应体系为:模板50ng,Taq酶2U,dNTPs 3.25mmol/L,随机引物5mmol/L,10×PCR缓冲液2.5μl,Mg2 7.5mmol/L,反应总体积为25ul;PCR扩增参数:93℃ 2min,3632 lmin,72℃ 2min1次循环:93℃ lmin,36℃ 1min,72℃ 2min,40次循环;93℃ 1min,36℃ 1rain,72℃ 10min 1次循环.     

新型植物油莎豆DNA提取与SRAP体系优化

以14个不同地理来源的油莎豆品系为实验材料,研究了油莎豆DNA快速提取方法;以SRAP反应体系中DNA模板量、Mg2＋浓度和引物浓度3个因子分别设置3个水平,共配制27个反应体系,对油莎豆SRAP反应体系进行优化。研究结果表明：改良CTAB法可获得较高质量的DNA,参试材料的A260/A280介于1.70～1.98;在27个SRAP反应体系（15μL）中,最优反应体系为DNA模板25ng、Mg2＋1.5mmol/L、引物浓度1μmol/L、dNTPs 0.3mmol/L和Taq酶1U,可扩增出清晰稳定的多态性条带。     

环介导等温扩增技术快速检测沙门菌

环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一种在等温条件下高特异、高效、快速地扩增靶序列的DNA扩增新技术.以沙门菌(Salmonella spp.)为研究对象,根据其特异性的invA基因,设计了一套特异性引物对该基因进行了LAMP,同时优化了其反应条件,建立了沙门菌的LAMP快速检测技术.结果表明,LAMP的最佳反应条件为外引物浓度5 pmol/L、内引物浓度40pmol/L,Mg2 浓度6mmol/L,dNTP浓度0.8mmol/L,甜菜碱浓度0.8mmol/L,Bst DNA聚合酶8u,反应温度63℃,反应时间1 h.在此条件下,LAMP检测沙门菌DNA的敏感度达10fg/反应,且与其他常见的细菌无交叉反应.其对牛奶样品的检出量为102cfu/mL,适合于食品中污染沙门菌的快速检测.     

菠菜AFLP多态性引物组合的筛选

利用改良的CTAB法提取高质量的DNA,对菠菜AFLP反应体系中酶切与连接、预扩增、选择性扩增等关键试验条件进行优化,建立了适合菠菜AFLP分析的反应体系:酶切连接采用一步法,即模板DNA150 ng,EcoRⅠ/MseⅠ各0.25 U,37℃酶切5 h,16℃连接6 h;预扩增体系浓度dNTPs 0.2 mmol/L,Mg2+1.5 mmol/L,预扩增产物稀释200倍作为选择性扩增体系模板。利用优化的反应体系,从256对E+ANN/M+ANN引物组合中,筛选出20对条带清晰、多态性丰富的引物组合,为菠菜群体的遗传多样性、种质鉴定等研究提供了理论基础。     

附子ISSR-PCR反应体系的建立

ISSR分析可对附子(Radix Aconiti Lateralis Preparata）的遗传多样性进行研究.为获得清晰、重复性高的ISSR扩增结果,对影响ISSR-PCR的多个因素,包括DNA模板浓度、Taq酶用量、引物和Mg2 浓度进行了比较、优化.研究表明,10-60n9模板DNA,1UTaq酶,0.2μmol/L引物,1.5mmol/L MgCl2,4种dNTPs各200μmol/L,10xPCR缓冲液构建的20μL的ISSR反应体系为最适体系.     

烟草抗PVYN突变株SN01的SRAP—PCR反应体系的建立与优化

采用正交试验对烟草抗PVYN突变株SN01幼嫩叶片的SRAP-PCR反应体系中5个主要因素（dNTPs、Mg2＋、TaqDNA聚合酶、引物和DNA）进行了优化以建立合适的SRAP反应体系。结果表明,在20μL的反应体系中,各因素的最佳加入量分别是：dNTPs（2．5mmol／L）3．2μL、Mg2＋（25mmol／L）1．6μL、TaqDNA聚合酶（2．5u／μL）0．16μL、引物（10μmaol／L）0．6gL、DNA模板120ng。对该SRAP—PCR反应程序中的退火温度和循环次数筛选表明,最佳退火温度为57℃,循环次数为35次。该优化体系的建立,为进一步对烟草抗PVYN突变株SN01的抗病基因研究提供了可靠基础。     

大豆SCoT分子标记技术体系的优化、验证及检测

采用L25（56）正交试验和单因素试验2种方法对影响大豆SCoT-PCR反应的Mg2＋浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和模板DNA用量等因素进行优化,优化后的20μL大豆SCoT-PCR体系为：Mg2＋浓度2.0mmol·L-1、Taq聚合酶用量1.5U、引物浓度0.250μmol·L-1、dNTPs浓度0.2mmol·L-、DNA模板用量30ng;退火温度最适为50.4℃.运用18个大豆品种验证,该反应体系稳定、可靠,并从82条引物中筛选出条带清晰、多态性较好的32条引物.利用大豆品种吉育75、本地黑豆及其10株F2对该反应体系进行了初步的遗传验证,结果显示,杂交后代植株中出现了双亲的位点和亲本位点的缺失.该反应体系的建立为大豆种质遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种提供了新的技术手段.     

PCR 方法检测河豚鱼的引物筛选及反应体系优化

根据Genbank 公布的河豚鱼细胞色素b 基因序列,应用软件Primer Premier 5.00 版设计了7 对引物,经过PCR 筛选,确定可以在所有8 个供试河豚鱼样品中检出目的DNA 片段的引物HT-1,用于建立河豚鱼的PCR 检测方法。对该PCR 方法中6 个因素包括退火温度、Mg2+ 终浓度、Taq DNA 聚合酶用量、dNTPs 终浓度、引物终浓度和模板DNA 用量进行优化,确定优化的PCR 扩增体系：10 × PCR 缓冲液2μL,MgCl2 终浓度1.5mmol/L,Taq DNA 聚合酶1.0U,dNTPs 终浓度300μmol/L,引物终浓度0.2μmol/L,DNA 模板400ng,加纯水至总体积20μL。扩增程序定为94℃预变性5min,94℃变性30s,62℃退火30s,72℃延伸30s,40 个循环,72℃延伸5min。据此建立河豚鱼成分PCR 检测方法,并通过河豚鱼与非河豚鱼的PCR 检测结果比较,验证了该方法的河豚鱼特异性。研究结果还表明,该方法的检出限为0.1%,含量为0.1% 的河豚鱼样品PCR 检出率至少在97.5% 以上。     

蓖麻DNA的提取及SRAP反应体系的建立

为建立蓖麻快速有效的DNA提取方法和SRAP标记的技术体系,本研究采用SDS法和CTAB法对蓖麻不同叶片（新鲜嫩叶、老叶和陈旧的嫩叶、老叶）的基因组DNA进行提取,并以DNA模板用量、Mg^2＋浓度、引物浓度和Taq酶用量4个因素的不同水平配制了10个反应体系对蓖麻SRAP反应体系进行优化。结果表明,SDS法和CTAB法均可获得较高质量的DNA,多数样品的A260／A280值介于1．7～1．9之间,但以CTAB法更为省工省时,不同叶片DNA的提取效果,以嫩叶效果最佳;设计的10个反应体系中,以反应体系A（总体积为15μL,40ng DNA模板,1．5mmol／L Mg^2＋浓度,0．2mmoL／L dNTPs,0．3μmol／L引物浓度和1Unit Taq酶）最为经济适用,将该体系用于蓖麻的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。本实验为蓖麻的遗传多样性研究及目标性状的分析定位提供了技术支撑。     

茶树叶绿体DNA的PCR-RFLP反应体系优化

通过正交设计对影响茶树聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)反应体系的主要因素进行优化,快速确立适合茶树叶绿体DNA PCR-RFLP分析的扩增体系和酶切体系。结果表明：最佳PCR扩增体系为100ng模板DNA、200μmol/L dNTPs、1.5mmol/L MgCl2、50ng叶绿体引物、3U TaqDNA聚合酶、加ddH2O至25μL;最佳酶切体系为6μL扩增产物用量、2U限制性内切酶量、1×限制性内切酶buffer、加ddH2O至15μL,37℃酶切6h。利用优化的反应体系,对30个茶树品种叶绿体DNA进行PCR-RFLP扩增,可获得清晰扩增图谱和多态性酶切图谱。     

烤后烟叶SSR反应体系的优化研究

以烤烟RG11品种为原料,研究烤后烟叶简单重复序列(SSR)分析中聚合酶链式反应(PCR)体系各主要因素及其之间的相互作用对SSR扩增的影响,结果表明:烤后烟叶SSR-PCR反应最佳体系为20μL体系中含35 ng模板DNA,1.5 U TaqDNA聚合酶,2.375 mmol/L MgCl2,0.6 mmol/L dNTPs和0.4μmol/L引物.     

桑黄DNA提取及RAPD反应体系的优化

以桑黄菌丝体为实验材料,采用CTAB法与SDS法提取DNA,并对RAPD反应体系进行优化。结果表明,应用CTAB法提取的DNA纯度和完整性较好,在此方法上建立了桑黄RAPD反应最佳体系(25μL):模板DNA1.0μL,引物0.8μL,dNTPs0.6μL,Taq聚合酶0.3μL,Buffer2.5μL,ddH2O19.8μL,并通过正交实验验证了该反应体系的稳定性和通用性。PCR扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,40℃退火1min,72℃延伸1.5min,45个循环,72℃最终延伸5min。     

多重PCR法检测鲜切哈密瓜中3种食源性致病菌

建立可同时检测鲜切哈密瓜中的单增李斯特菌、鼠伤寒沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7的多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法。根据单增李斯特菌inl A基因、鼠伤寒沙门氏菌inv A基因、大肠杆菌O157:H7的wzy基因设计3对特异性引物。对多重PCR反应体系中的引物浓度、退火温度、Mg2+浓度、d NTP浓度进行了优化,并确定适宜的多重PCR反应体系及反应条件。结果表明:25μL反应体系,10×PCR buffer为2.5μL,Mg Cl2(25 mmol/L)为3.5μL,d NTPs(2.5 mmol/L)为2μL,inl A基因上下游引物(5μmol/L)为1μL,inv A基因上下游引物(5μmol/L)为1μL,wzy基因上下游引物(5μmol/L)为2μL,单增李斯特菌DNA模板为1μL,鼠伤寒沙门氏菌DNA模板为1μL,大肠杆菌O157:H7 DNA模板为1μL,ex Taq DNA聚合酶(5 U/L)为0.3μL,加dd H2O补足25μL。反应条件为95℃预变性3 min;94℃变性30 s,53.9℃退火30 s,72℃延伸30 s,32个循环;72℃延伸10 min。鲜切哈密瓜中人工接种的目标菌的灵敏度为单增李斯特菌2.7×104 CFU/g,大肠杆菌O157:H7 3.3×104 CFU/g以及鼠伤寒沙门氏菌3.8×104 CFU/g。该技术可为快速检测鲜切哈密瓜中病原菌污染度及其控制提供参考依据。