新疆哈萨克族传统风干肉中真菌多样性分析

为明确新疆哈萨克族传统风干肉中真菌结构组成,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对新疆传统风干肉样品中真菌内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS1)基因序列进行分析,比较新疆北疆地区不同来源风干肉中真菌群落结构组成,并对其进行差异性分析。结果表明,4个组26份样品共获得了1 936 392对有效的基因序列条带,371个运算分类单位(operational taxonomic unit,OTU),其中4组共有的OTU数目为84个,26份样品中共有的OTU数目仅为13个。真菌属水平检测结果表明,假丝酵母属(Candida) 30. 09%、Mrakia 16. 26%、德巴利酵母属(Debaryomyces) 11. 14%、球腔菌属(Mycosphaere) 6. 37%、青霉属(Penicillium) 4. 23%、曲霉属(Aspergillus) 2. 39%、Mrakiella 2. 88%、Naganishia 1. 71%和维希尼克氏酵母(Vishniacozyma) 1. 55%为优势菌群。新疆传统风干肉中真菌菌群具有丰富的多样性,且大部分菌群对肉的发酵起到积极作用,高通量测序技术能够很好地对传统风干肉中真菌多样性监测。     

基于高通量测序技术分析青藏高原风干牦牛肉中细菌多样性

为探究青藏高原风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性,采用高通量测序技术,分析西藏不同地区风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性之间的差异。本研究获得西藏那曲、昌都、日喀则、拉萨、山南的有序序列分别为:56869、110798、71633、86532、60861条,OTU数为:1887、1567、2234、6021、2190。在门分类上的优势菌那曲、日喀则、拉萨以及山南组为厚壁菌门和放线菌门,昌都组为变形菌门和厚壁菌门。在科分类上,那曲组优势菌为乳酸杆菌科,昌都组为肠杆菌科,日喀则组为间孢囊菌科,拉萨组为微球菌科,山南组为棒状杆菌科。在属分类上,那曲组为乳酸杆菌属,昌都组为假单胞菌属,日喀则和山南组均为棒状杆菌属,拉萨组为节杆菌属,表明西藏不同地区风干牦牛肉在菌落组成和丰度上有所不同。结果发现风干牦牛肉中既存在对品质与风味形成的有益菌,也存在优势腐败菌以及致病菌。这或与藏区农户对原料肉的前处理以及制作环境有一定关联。该结果可为后续改进风干牦牛肉的制作提供参考,也可为防范食品致病菌及腐败菌危害,提高藏区农户的生产加工卫生安全意识提供借鉴。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较风干肉中细菌多样性和微生物安全性

为了解风干肉制品中细菌的多样性及其微生物的安全性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析风干肉制品中细菌16S rRNA V4区基因序列,进而比较不同风干肉微生物的群落结构组成及多样性差异。结果显示,14 个样品共获得466 975 条有效序列,975 个操作分类单元。多样性分析表明,自然发酵风干肉中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,自然发酵样品中厚壁菌门（Firmicutes,39%）、变形菌门（Proteobacteria,40%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,14%）为优势菌门,所占比例都超过了10%,人工调控样品中Firmicutes（92%）为优势菌门。在自然发酵和人工调控肉制品中分别鉴定出241 个和102 个细菌属,细菌多样性在属的水平上差异显著（P＜0.05）。研究结果加深了对风干肉细菌群落组成和多样性的认识,为保证风干肉制品的质量安全、提高风干肉制品的品质、优化风干肉的生产工艺提供理论依据。     

传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质分析

为探讨传统自然发酵酸肉中细菌群落多样性与风味品质的关系,采用Ion S5 XL测序平台,对4 种传统自然发酵酸肉中细菌16S rDNA V3～V4区进行高通量测序,并结合电子鼻和固相微萃取-气相色谱-质谱（solid phase microextraction-gas chromatography-mass spectrometry,SPME-GC-MS）分析等手段揭示酸肉细菌群落结构及其风味品质的相关性。结果表明,样品获得序列数平均为110?395?条。4?种酸肉样品中总体细菌群落包含11?个门,其中厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌群落的83.73%～98.92%,其次是变形菌门和放线菌门。主要优势菌属为乳杆菌属、魏斯氏菌属和乳球菌属。利用SPME-GC-MS从酸肉样品中检测到的挥发性物质包括酸类、醇类、醛类、酯类、酮类、萜烯类等化合物共126?种。各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,而菌群种类和数量影响产品风味。与传统方法相比,高通量测序得到的细菌多样性信息更接近于样品微生态,能够全面解析自然发酵肉制品酸肉的细菌多样性,为传统食品的现代化改造和质量安全控制提供科学支撑。     

陕西关中地区羊乳中细菌多样性的分析

为全面了解羊乳中细菌多样性,对陕西关中地区杨凌、宝鸡和渭南3个牧场羊乳样品中微生物宏基因组DNA的16S r RNA基因V3-V4区进行扩增、高通量测序。研究共获得225 424条高质量序列,平均每个样品聚成673个OTUs。对不同地区羊乳中细菌群落构成分析显示,所有羊乳样品中细菌门有27种,Proteobacteria为陕西关中地区羊乳中的优势菌群门,在渭南地区所占比例最高,为91.15%,在杨凌和宝鸡地区分别占62.44%和60.33%;细菌属有354种,Enterobacter是关中地区羊乳中的优势细菌属,3个地区所占比例分别为37.41%、33.82%和2.87%;细菌种有826种,P.aeruginosa为陕西关中地区的优势菌株,在3个地区分别占1.17%、0.81%和21.8%,且渭南地区的P.aeruginosa含量显著高于其他两个地区。不同地区羊乳样品细菌群体间的多样性分析表明,杨凌和宝鸡这两个地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较高,渭南地区羊乳中细菌群落丰富度和多样性较低。3个地区间羊乳中细菌分布有一定的差别,但样品之间微生物群落结构差距不大,有一定的相似性。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

基于细菌多样性对草菇发酵制品分析评价

为解决草菇储存周期短的现实问题,进一步增加草菇产业的经济价值。参考东北酸菜的制备方法研发了一种草菇发酵制品,采用高通量测序技术,通过生物信息分析、OTU分析、多样性分析等,以白菜发酵液为参考,对草菇发酵液中微生物群落与潜在功能进行分析。结果显示,草菇发酵液的物种丰度和物种多样性均高于白菜发酵液;草菇发酵液中的优势菌属和白菜发酵液一样,为乳杆菌属（Lactobacillus）,丰度占比高达70%;草菇发酵液的安全性比白菜发酵液的安全性更高。本文还进一步分析讨论了草菇发酵液的安全性高于白菜发酵液的具体的原因。     

柳州地区传统发酵酸笋细菌多样性研究

利用高通量测序技术对柳州地区传统酸笋发酵液中的细菌多样性进行分析,旨在为优良菌株的筛选、酸笋发酵体系的优化奠定基础.文章从柳北区、柳城县和鹿寨县3个地区的农户家取发酵年限为1～10年的酸坛发酵液,提取样品中的细菌总DNA,利用Illumina HiSeq测序平台进行细菌多样性测序分析.结果显示:发酵液中的细菌主要分为9...     

青砖茶渥堆过程中理化特性及细菌多样性分析

目的 基于青砖茶渥堆过程中茶样理化特性及其中细菌种群的变化,揭示青砖茶品质形成与细菌菌群间的关联。方法 利用高通量测序技术对青砖茶从原料到陈化一个月过程中的9个时间节点的细菌多样性进行研究,同时检测其理化因子的动态变化,并进行冗余分析(redundancy analysis, RDA)。结果 通过细菌种群结构主成分分析可将整个青砖茶渥堆过程分为渥堆前期(W-0)、渥堆中期(W-1~W-7)、渥堆后期(陈化期)(C-1)。青砖茶渥堆过程中细菌多样性丰富,在门水平上,优势菌为proteobacteria,相对丰度为16.9%~91.0%,actinobacteria,其相对丰度为1.04%~49.5%,属水平上,klebsiella为渥堆起始点的优势菌,Burkholderia是渥堆过程的优势属,贯穿渥堆过程的始终,Weissella为W-3中出现特异性增加的细菌菌属,渥堆后期时出现优势菌属Pediococcus。RDA显示Saccharopolyspora与pH显著正相关,Chloroplast与水浸出物显著正相关,Microbacterium和色差指标、Bradyrhizobium与含水量、Streptomyces与可溶糖、Saccharopolyspora与黄酮、蛋白质、儿茶素、茶多酚等、Caballeronia与茶多糖和咖啡碱有正相关性。结论 细菌多样性与青砖茶渥堆过程理化特征指标及理化成分的变化表现出较强的相关性,细菌群落结构的变化是造成青砖茶渥堆过程中理化特性发生改变主要原因。     

慈利和古丈地区酸肉细菌多样性差异研究及其功能预测

该研究使用Illumina Miseq高通量测序技术解析了慈利和古丈地区酸肉的细菌多样性,结果表明,慈利地区酸肉细菌类群主要为乳酸杆菌属(Lactobacillus)和葡萄球菌属(Staphylococcus),平均相对含量分别为40.23%和44.35%;古丈地区酸肉细菌类群主要为Lactobacillus和魏斯氏菌属(Weissella),平均相对含量分别为62.61%和22.79%。多元统计学分析表明,2个地区酸肉细菌类群结构差异较显著,经Mann-Whitney检验发现,慈利地区酸肉细菌类群的Chao1和Shannon指数均显著偏低(P<0.05),且Lactococcus的含量显著偏低(P<0.05)。表型预测结果表明,慈利地区酸肉中厌氧细菌的含量显著偏低(P<0.05),而兼性厌氧细菌含量显著偏高(P<0.01)。PICRUSt基因功能预测结果表明,酸肉细菌类群在"氨基酸转运与代谢"、"碳水化合物运输与代谢"和"翻译、核糖体结构与生物发生"功能上表达较高。由此可见,酸肉细菌类群主要由乳酸菌和Staphylococcus构成,且不同地区酸肉微生物多样性...     

肉类调理食品中细菌多样性的分析

肉类调理食品方便快捷,营养美味,深受消费者青睐,但其丰富的营养物质容易造成微生物的滋生,影响食品品质和消费者健康。高通量测序技术可以全面、准确的研究肉类调理食品中微生物群落结构,为微生物防控和标准化生产提供理论基础。本文通过均质提取法对肉类调理食品中微生物基因组进行提取,并以16S rRNA可变区V3-V4作为测序片段,分析细菌多样性。实验表明,4种肉类调理食品细菌多样性均较高,菌群结构具有一定的相似性,炸鸡块、骨肉相连和冷冻牛排的优势菌群是Anderseniella属,而羊肉串优势菌群是不动杆菌属,此外肉类调理食品中还存在芽胞杆菌属、梭菌属、泛菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属和乳球菌属等。本论文明确了使用均质提取法对肉类调理食品中微生物进行16S rRNA V3-V4区测序分析,为后续大规模菌群研究提供思路和方法。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较传统发酵乳、肉食品中细菌多样性

为全面了解内蒙古特色发酵食品中细菌微生物多样性,比较不同发酵食品的细菌群落结构。运用高通量测序技术,对发酵乳制品(饼状奶酪、棒状奶酪及奶豆腐)和发酵肉制品(发酵香肠、风干羊肉和风干牛肉)中细菌群落组成和多样性进行分析。本研究中共获得194568条有效序列,237个OTU。菌群多样性分析表明:发酵肉制品中菌群Shannon指数较高于发酵乳制品,乳肉制品之间的菌群组成差异较大。发酵乳制品中主要以厚壁菌门为主,而发酵肉制品则以厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,发酵乳制品的优势菌属为乳杆菌属,而发酵肉制品中的优势菌属为假单胞菌属,次优势菌属为乳杆菌属。在种水平上,由于未检测到的菌群含量较高,所以不能确定乳、肉制品优势菌种,而在发酵乳、肉食品中可检测到的菌群中清酒乳杆菌含量较高。通过16s预测功能分析,发酵乳、肉食品中的绝大部分细菌与转运代谢有关,如脂肪代谢、氨基酸代谢等功能。     

传统腊肉的理化、微生物与风味特性

利用长春当地传统方法制作腊肉,并进行基本的理化指标测定和微生物指标分析。结果表明:腊肉pH值为5.09±0.33,质构特性在肥瘦肉两侧存在一定差异;风味物质种类在腌制风干后明显增多;腊肉菌落总数为2.86×10⁷ CFU/g,通过高通量测序方法得出,随风干时间(0～4周)的延长,腊肉中所含菌属种类有所变化,且各菌属的含量也有所增减;Shannon指数和Chao 1指数测定结果表明,不同腌制风干时间腊肉的菌群物种丰富度和群落多样性无显著差异。     

基于细菌多样性对蔬菜发酵制品分析评价

以草菇和白菜为基本原料发酵制得4种发酵制品,采用高通量测序技术,对其细菌多样性及功能进行分析.结果 显示:以白菜为原料添加酸奶的发酵制品物种丰度最大;草菇发酵制品的细菌多样性大于白菜发酵制品.发酵制品中的细菌主要为乳酸菌;以草菇为原料的优势菌是Lactobacillus plantarum,其中添加酸奶发酵的丰度为67...     

传统固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质特征分析

为探讨固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质的关系,采用Hi Seq测序平台,对4个不同工艺的传统发酵鱼中细菌16S DNA V4区进行测序和系统发育分析,并结合传统微生物培养计数法、感官评定和气相色谱-质谱法分析等手段来揭示样品中细菌数量和结构组成与品质相关性。结果表明:样品获得序列数平均为59 250条,操作分类单元数目分别为zy A2:1 053、zy A5:392、zy B:428、zy C:498。4 个样品中总体细菌组成较为复杂,含有11 个门、30多个属,厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌的66.25%~97.40%,其次是变形菌门、拟杆菌门,主要优势菌属为葡萄球菌、肠球菌属(乳酸球菌)、乳杆菌属、魏斯氏菌属。与传统方法相比较,Mi Seq测序提供的微生物多样信息更接近于样品微生态,并发现各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,菌群的种类和数量影响产品的色泽和风味;另外,样品中也检出少量有潜在危害的假单胞菌属、黄杆菌属、棒状杆菌属、冷杆菌属等腐败菌和条件致病菌。因此,在现有的生产模式下需要严格控制加工条件,避免食品安全隐患的发生。