哈密瓜中几丁质酶基因的克隆及表达分析

几丁质酶是一种重要的病程相关蛋白,在植物抗病中发挥积极作用。为研究哈密瓜中几丁质酶对青霉菌侵染的抗性作用,本研究采用RT-PCR的方法,克隆一段哈密瓜中几丁质酶基因的cDNA,并采用相对荧光定量法(SYBR Green)分析其表达量。克隆得到的几丁质酶基因片段HmCHI长1153 bp,最大开放阅读框为445个核苷酸,编码145个氨基酸,属于18家族Class Ⅲ几丁质酶基因;推测其所编码蛋白分子量为15.04 ku,理论等电点8.82,为疏水性蛋白;预测其有一个信号肽,为非跨膜蛋白,定位于细胞间隙;HmCHI氨基酸序列与黄瓜的亲缘关系最近。荧光定量分析显示,实验组的表达高峰出现时间较晚,维持高表达量的时间相对较长,上调幅度明显大于对照组。研究结果表明HmCHI可能在哈密瓜果实真菌胁迫响应中发挥重要作用。     

青霉菌侵染前后哈密瓜转录组的构建及分析

丰富的营养物质容易被青霉菌侵染,从而导致哈密瓜的腐坏变质。利用Illumina测序技术考察青霉病原菌侵染前后哈密瓜基因转录组水平的差异变化。利用Illumina平台测序并分析了哈密瓜的转录组信息。过滤后的Clean Reads包含4 947 555 420 nt的碱基数,对Clean Reads进行组装,获得了50 502条Unigene。在NR数据库中,以E value值10-5为截点进行BLAST比对,共有71.28%的Unigenes比对到该数据库中。但还有10 526条Unigene没有比对到NR、NT和Swiss-Prot数据库,可能是哈密瓜果实区别于其它物种而特有的基因,这需要进一步验证。将本次转录组测序得到的39 976个Unigene比对到KEGG数据库进行Pathway注释,共映射到不同的代谢通路128个。