几种植物淀粉合成酶的生物信息学分析

采用生物信息学方法比对分析了马铃薯、红薯、小麦、高粱、南瓜、水稻等6种植物的淀粉合成酶(SS)的核苷酸和氨基酸序列,对其甲基化位点、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、跨膜结构域、蛋白质二级结构、功能结构域进行预测和分析。结果表明:红薯、小麦、高粱和水稻都含有甲基化位点,马铃薯和南瓜不含甲基化位点。SS的平均全长为1 847 bp,开放阅读框的长度约为877 bp,起始密码子为ATG,终止密码子有3种;开放阅读框所编码的氨基酸残基平均数286,平均相对分子质量为31 915.88;平均等电点为8.264 5,中性溶液中平均带电荷为-0.598 1;平均亲水氨基酸63个、疏水氨基酸102个,SS为疏水性蛋白。6种植物的SS含有2个跨膜结构,其二级结构以无规则卷曲和延伸链为主要构件。通过进化树分析淀粉合成酶,小麦和高梁进化程度相似,和南瓜的进化相距较远。