泛基因组学在食源性致病菌检测及其耐药监测中的应用

食源性致病菌引起的食源性疾病在全球范围内时有暴发，对致病菌的调查和监测是预防和控制疾病大范围发生的有效手段。然而菌株的遗传变异给监测工作带来了挑战，同时罕见的、未知的菌株信息用传统鉴定方法难以实现。泛基因组学作为新发展的基因组分析方法，提供了更完整的基因组信息，在分离株鉴别、菌株遗传差异研究等方面具有重要贡献。结合数据库与分析软件，泛基因组分析在揭示致病菌的毒力及耐药基因、寻找新的抑菌靶点、监测基因水平转移情况等方面具有很大的应用潜力。本文简要介绍了泛基因组概念和分析方法，综述了其在致病菌快速检测、风险溯源以及风险预警方面的应用，深入阐述了泛基因组分析在耐药性监测和防控领域的发展状况，以期为基于基因组层面的食源性致病菌风险评估提供参考。