基于GOS的国家网格集成环境及应用实例开发*

中国国家网格作为国内最主要的网格为用户提供了良好的计算服务.详细讨论了网格中间件系统软件GOS的功能和结构,以及基于GOS的中国国家网格集成环境,给出了生物信息软件MEME在国家网格环境下的集成实现,并提出了今后的工作方向.     

基于GOS的远程实时可视化系统设计与实现*

提出了一个并行计算程序的远程实时可视化系统.通过实时可视化处理计算程序在计算过程中输出的数据文件,实现了对计算程序计算过程的可视化跟踪和实时分析;同时该系统采用GOS作为网格中间件,屏蔽了复杂的异构环境.     

求解大规模矩阵特征问题的并行算法研究

基于数据并行的重启动Arnoldi并行算法,基于使用数据并行模型的重启动Arnoldi并行算法,提出一个精化重启动Arnoldi并行算法。为了降低弱扩展性对并行性能的负面影响,该算法使用任务图模型并行计算精化向量,减少处理器进程之间的通信次数,有效地实现并行计算。在KD-50-I万亿次机上的测试结果表明,该算法具有较好的可扩展性和并行 效率。     

数值计算程序的存储复杂性分析

由于越来越多的技术用于缩小处理器与存储器之间的日益加大的速度差距,计算机的存储系统变得日趋复杂．现在,任何一个程序设计者,尤其是数值计算程序的设计者,若不考虑其所用计算平台存储系统的特点是很难获取高性能的．因此公用传统的算法评价方法,从时间复杂性和空间复杂性着手来解释一个算法的不同实现在同一计算平台上很大的性能差异,显然是不够的．计算平台存储系统的特点必须在分析算法的复杂性时加以考虑．孙家昶１９９     

地球系统模式CAS-ESM 2.0性能评估与分析

地球系统模式是研究气候变化、进行地球系统建模的重要软件. 中科院地球系统模式CAS-ESM (Chinese Academy of Sciences-Earth System Model)是中科院大气所发展的进行地球系统模拟的高性能计算应用软件, 目前已经发布了2.0版本, 其模拟性能一直是制约其发展的关键因素之一. ...     

一种全面高效的HPCS监控体系

分析了以超级计算中心联想深腾6800为主的HPCS监控需求,比较了大量的监控实现技术,给出监控系统评估特征和指标,提出了一种集系统、性能、应用程序、进程监控于一体的改进策略,讨论了利用信息流水、过滤、双重传输模式减少监控数据传输量,减轻监控资源消耗,提高综合监控的性能和效率.     

Gram-Schmidt算法及其并行实现

通过分析MGSC,MGSR和CGS算法,提出用CGS重正交的MGSR算法,新算法保留了CGS和MGSR可以调用2级BLAS的优点,同时避免了MGSC通信多的缺点。数值实验证明,新算法具有较好的并行效率。     

多维标度法(MDS)在构效关系分析中的应用

尝试在构效关系分析中引入新的数量化方法:林知己夫的准记量性多维标度(multi-dimensional scaling,MDS)法。并以芳氧基乙酰肼衍生物抑制单胺氧化酶的效率为例,说明该法的实现步骤和结果分析。该法的结果直观、生动,可以将样本分成明显的高活性区与低活性区,作为判别标准,可以在试验之前预测新样本化合物的活性,以指导新化合物的合成,为在药物分子设计中判断未知化合物的生物活性提供新思路。     

海洋模式LICOM的MIC并行优化

LICOM是中国科学院大气物理研究所开发的全球海洋环流模式,广泛应用于海洋研究和气候预测。随着分辨率的提高,LICOM对计算的要求呈几何级数的增长。多核或众核已成为当前主流的高性能计算体系结构,原LICOM程序只使用了MPI并行,无法发挥混合架构的高性能。本文介绍了如何在分析LICOM特征基础之上,应用OpenMP及其它优化手段对LICOM进行MIC移植和并行优化,详细介绍了模式优化的实现过程。并通过数值试验证明了优化前后的计算效果有一定提高。