基于宏基因组分析酸马奶的微生物多样性及功能基因

酸马奶风味独特、保健功能突出,这与其复杂的微生物构成密切相关.采用宏基因组技术分析酸马奶的微生物多样性,挖掘其功能基因.结果表明:从酸马奶中鉴定出的微生物分属于30个门,331个科,913个属,2692个种.优势菌种为马乳酒样乳杆菌、瑞士乳杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、解鸟氨酸拉乌尔菌、柠檬酸杆菌和乳酸乳球菌.在COG、KEG...     

上海市市售低温酸奶中细菌多样性的初步研究

该文采用16S rDNA扩增子测序法,对上海市市售低温酸奶中细菌的多样性进行了初步研究.一共选取16个酸奶样品进行分析,其中8个样品来自同一品牌,其余来自其他8种不同品牌.结果表明,在16个酸奶样品中共得到16种主要的细菌操作分类单位(operational taxonomic units,OTU)序列,其中优势的OT...     

解淀粉芽孢杆菌群体遗传特征分析

通过平均核苷酸一致性分析、基因预测、泛基因组构建、功能注释等流程,以66 株解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）的基因组为对象,进行该物种的泛基因组分析。平均核苷酸一致性分析表明,上述菌株可划为具有明显物种边界的两个独立分支;获得的泛基因组共包含13 051 个基因,其中核心基因2 165 个;碳水化合物活性酶（carbohydrate-active enzymes,CAZy）功能注释显示,B.amyloliquefaciens 相比Bacillus 属内其他菌株在分解淀粉、β-葡聚糖和木聚糖上具有较大优势;在促植物生长方面,B.amyloliquefaciens 通过吲哚丙酮酸途径合成吲哚乙酸,并通过碱性磷酸脂酶和植酸酶分解磷元素;抗生素耐药性分析发现,多数菌株含链霉素以及大环内酯类抗生素抗性基因。此外,在所有基因组中均发现杆菌烯和杆菌肽等次级代谢产物基因簇。上述研究进一步明确B.amyloliquefaciens 基因组水平的分类学特点、核心基础代谢特征,以及菌株在碳水化合物代谢、植物促生、生物防治等方面的优势及潜力,可为开发利用该菌作参考。     

Issues in the Reconstruction of Gene Order Evolution

As genomes evolve over hundreds of millions years, the chromosomes become rearranged, with segments of some chromosomes inverted, while other chromosomes reciprocally exchange chunks from their ends. These rearrangements lead to the scrambling of the elements of one genome with respect to another descended from a common ancestor. Multidisciplinary work undertakes to mathematically model these processes and to develop statistical analyses and mathematical algorithms to understand the scrambling in the chromo...     

巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析

对已公布在NCBI数据库中的巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组测序结果,使用MISA软件对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选并分析其数量与分布特征. 在巨魾基因组570 806 968 bp序列中,共筛选出360 235个完整型微卫星,其长度为6 998 449 bp,占基因序列总长度的1.23%. 在6种完整型微卫星中,微卫星数量最多的是单碱基类型,约占总数的44.65%,其余碱基类型数量排序为二碱基(43.29%)、三碱基(6.12%)、四碱基(4.80%)、五碱基(1.02%)和六碱基(0.11%). 基因组中数量最多的前10种微卫星类别分别为:A、AC、AG、AT、AAT、C、ATAG、AAAT、ACT和ATC.     

柠檬酸杆菌基因组多位点序列分型(in silico MLST)研究

对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silico MLST分析,并基于MLST分型构建遗传进化树,分析分离株的遗传进化关系。全基因组测序分析结果表明,柠檬酸杆菌的基因组大小介于4.771～5.477 Mb之间,平均为5.03 Mb;基因数量在4 591～5 334之间,平均为4 871个。16s rRNA分析结果表明,4株柠檬酸杆菌分离菌中有3株为布雷氏柠檬酸杆菌,1株为沃克曼氏柠檬酸杆菌。MLST分析结果表明,4株柠檬酸杆菌均是新的ST型。该研究分析了4株柠檬酸杆菌的基因组,基因组MLST分型分析表明4株分离菌均为新ST型,丰富了柠檬酸杆菌的菌种资源和遗传信息,为柠檬酸杆菌的防控、溯源奠定了基础。     

中华家系1号基因组和转录组国家一级标准物质发布

日前,由中国计量测试学会和中国遗传学会主办的“基因组测试质量及计量标准交流会”在中国计量科学研究院召开。会议正式发布了中华基因组精标准计划(GSCG)首批国家一级标准物质——中华家系1号(同卵双胞胎家庭)人源B淋巴细胞系全基因组DNA序列和全转录组RNA标准物质。     

基于宏基因组测序技术解析市售强化酒曲微生物群落结构和功能特征

强化酒曲是酒厂提高酒曲性能和酒质水平的重要手段。该研究以两种不同类型的强化酒曲为研究对象,通过培养方法和宏基因组测序技术分别对其中的可培养微生物和菌群群落结构及功能进行解析。共从强化酒曲中分离得到15株酵母菌、3株细菌和2株霉菌。费比恩赛伯林德纳氏酵母和酿酒酵母是分离得到的主要微生物菌种。宏基因组学测序结果显示,不同类型强化酒曲微生物的差异主要体现在优势菌群相对丰度方面而非构成方面。具体而言,白酒曲拥有更高的酿酒酵母丰度,在功能方面白酒曲中的微生物具有潜在更强的增殖能力,有利于快速增加发酵体系中酿造微生物的丰度。而增香酒曲除了含较多的酿酒酵母外,还拥有众多与白酒风味物质产生相关的功能菌如米根霉、类肠膜魏斯氏菌、融合魏斯氏菌、蜡样芽孢杆菌等,在功能方面具有潜在更强的风味物质产生能力。此外,该研究还在强化酒曲中检测到了青霉菌、肺炎克雷伯菌等对白酒品质存在不利影响的微生物,预示着市售强化酒曲的质量存在进一步提升的空间。     

广西单核细胞增生李斯特菌的流行率、毒力特征和分子分型研究

目的 比较广西不同种类食品中单核细胞增生李斯特菌（以下简称单增李斯特菌）的流行情况、毒力特征和分子分型特征,更好地了解单增李斯特菌的遗传特点及其传播的潜力。方法 对来自2002—2020年的210株单增李斯特菌进行全基因组测序（WGS）,分析其序列分型（ST）、克隆群（CC）型及毒力基因。结果 2002—2020年广西53.8%单增李斯特菌分离株来源于肉与肉制品,59.0%分离株来自于谱系Ⅱ,优势ST型为ST8和ST9。79.4%菌株携带LIPI-1基因（hly、prfA、plcA、plcB、mpl、actA）,83.7%菌株携带LIPI-2基因（inlC、inlF、inlJ、inlK）。17.6%菌株携带LIPI-3基因（llsA、llsB、llsD、llsG、llsH、llsP、llsX、llsY）。结论 肉与肉制品是广西单增李斯特菌检出率最高的食品类型,分子分型结果证实了单增李斯特菌种群具有高度的遗传多样性,WGS的高分辨力可用于监测食源性单增李斯特菌病的暴发。毒力基因的分布表明广西单增李斯特菌存在不同程度毒力基因的缺失,应警惕高致病性的菌株引起的食源性暴发事件。     

基于复合诱变选育高抑菌活性植物乳杆菌

为了获得高抑菌性能的乳酸菌,以植物乳杆菌DY6为出发菌株,首先对其进行常压室温等离子体（atmospheric room temperature plasma, ARTP）和亚硝基胍（nitrosoguanidine,NTG）的复合诱变,获得了抑菌活性较强的诱变菌株AN-55、AN-58及AN-68,其抑菌活性分别提高了19.83%、21.91%和18.40%。随后,经遗传稳定性实验发现菌株AN-55的抑菌性能更加稳定,8次传代后其抑菌活性较野生型菌株仍能提高20.51%。与此同时,菌株AN-55的基因组重测序结果表明plnK、cps4G、pts9D等基因序列的改变可能对提高菌株抑菌活性有重要影响,为植物乳杆菌在天然防腐剂和抗生素替代物的应用奠定了理论基础。