排序方式: 共有30条查询结果,搜索用时 0 毫秒
11.
DNA序列中基于适应性后缀树的重复体识别算法 总被引:1,自引:0,他引:1
现有的在DNA序列中识别重复体的算法多数是基于比对的,对识别速度和吞吐量有很大的限制.针对这个问题文中根据一个平衡重复体的长度和频率的定义,提出了一种基于Ukkonen后缀树的快速识别重复体的RepSeeker算法.算法采用最低限制频率,最大程度地扩展了重复体的长度,同时为了进一步地提高RepSeeker算法的效率,对Ukkonen的后缀树构造算法进行了适应性改进,在构造时加入RepSeeker算法所需的结点信息并将叶子结点和分支结点加以区分,从而使得RepSeeker算法能通过直接读取结点信息来求得子串频率和子串位置.这种改进较大地提高了RepSeeker算法的性能,而且空间开销不大.实验中使用了NCBI中的9条典型DNA序列作为测试数据,并对后缀树改进前后的重复体识别算法做了比较分析.结果表明,RepSeeker在没有损失精度的情况下缩短了算法的运行时间.实验结果与理论上的分析一致. 相似文献
12.
系统地介绍了基于并行化k-d树的多维数据分布方法。给出了几种构造k-d树的策 略和相应算法,并从理论上分析和比较了各种策略的通信花费及其应用范围。 相似文献
13.
自适应蚁群算法在序列比对中的应用 总被引:11,自引:2,他引:9
序列比对是生物信息学的重要研究工具。蚁群算法是一种新型的模拟进化算法,并被成功地应用于旅行商问题(TSP)等组合优化问题中。该文将蚁群算法应用于序列比对,并提出基于自适应调整信息素的改进算法。仿真结果表明这种新的比对算法是有效的,而它的改进算法的效果更为理想。 相似文献
14.
超立方体上所有点对之间的最短路径 总被引:3,自引:0,他引:3
超立方体上所有点对之间的最短路径霍红卫,庄心谷(西安电子科技大学计算机科学系西安710071)ALLPAIRSSHORTESTPATHSONAHYPERCUBEMULTIPROCESSOR¥HuoHongweiandZhuangXingu(Depar... 相似文献
15.
16.
本文讨论了如何利用高阶逻辑描述硬件的行为及结构,提出了硬件验证的一般方法,高阶逻辑不仅可以作为一种描述语言用来描述硬件的行为及结构,而且可以作为证明系统用来验证硬件设计的正确性。文中给出的用以说明描述及验证的例子包括CMOS反相器、复位的奇偶校验器。 相似文献
17.
算法到脉动阵列处理器的映射 总被引:1,自引:0,他引:1
文中讨论了将含有循环的算法映射到脉动阵列的一般方法。这一映射方法是建立在下标集和数据相关向量的数学变换基础上,并给出了带有常数据相关的算法中存在有效变换的充要条件。最后给出了许所有点对之间最短路径问题的映射过程。 相似文献
18.
文中提出了在超立方体计算机上解0/1背包问题的并行算法。如果P表示超立方体上处理器地的数目,T是在一个处理器上解决给定问题所需要的时间,那私这一算法的时间特性为)(T/P)。 相似文献
19.
PHGA-COFFEE:多序列比对问题的并行混合遗传算法求解 总被引:6,自引:0,他引:6
设计了一个求解多序列比对问题的并行混合遗传算法(与之相应的软件称为PHGA-COFFEE).该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数,构造了六种遗传算子,特别是设计了两种新颖的变异算子,其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计,以改善算法的整体搜索能力.另一种变异算子基于动态规划方法设计,以增强其局部搜索能力.通过对BAliBASE中144个测试例的测试,证明该算法是有效的.与已有的算法相比,该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力.同时通过对算法并行化,其运行时间显著缩短. 相似文献
20.
霍红卫 《计算机工程与科学》1999,21(3):54-60
本文提出了将分治计算射到支持虫蛀和存储转发模式的网格连接计算机上的反射射方法。这一方法不仅利用二项树通信步中的规则性,而且利用了二项树拓扑结构的规则性。本文还引入了并行计算时所出现的通信开销评价标准。分析表明,此方法对支持虫柱模式是最优的。 相似文献