基于频率域的图像质量检测方法

目前无参考图像质量评价方法中存在的量化精度不高和受图像对比度、纹理结构影响大等不足,难以用于高通量基因测序图像质量的检测。为此,在分析了黑色背景图像上叠加规则白色形状的同态傅里叶变换的基础上,提出了一种基于频率域的图像质量评价模型。该模型通过对频率域所表现出的图像纹理结构进行预处理,最终建模实现了高通量基因测序图像质量的评价指标。实践表明,该方法在评价高通量基因测序图像质量中具有较好的量化精度和可靠性。     

消化系统多种癌变组织中3种蛋白质的表达谱

在口腔、食管和结直肠癌病灶中,TATA序列结合蛋白相关因子1(TATA-box binding protein associated factor 1 like,TAF1L)、stomatin家族蛋白1(stomatin-like protein 1,STOML1)和stomatin家族蛋白2(stomatin-like protein 2,STOML2)存在异常表达．为探究它们在消化系统癌变过程中的作用机理,利用6种消化道肿瘤（食道、胃、结肠、直肠、肝脏和胰腺）及癌旁组织的微陈列芯片,通过多重免疫组织化学染色,比对分析TAF1L、STOML1和STOML2这3种蛋白质在癌与癌旁组织的差异表达及与癌变的关联．结果发现,STOML2在食道、胃、结肠、直肠、肝脏和胰腺这6种消化系统癌组织中均呈显著性高表达(P <0.001),而同一家族成员STOML1则仅在食管癌和肝癌组织中表达明显增高(P <0.005)．另外,除胰腺癌灶外,TAF1L在其余5种消化系统癌组织中也呈现高表达(P <0.005)．同时,TAF1L、STOML1和STOML2这3种蛋白质均与上皮间充质转化的...     

组织芯片多重免疫组织化学染色方法的优化

为提高多重免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)技术在组织芯片(tissue microarray,TMA)上的染色效果,通过对同一样本进行多种抗体染色或同种抗体多次染色的方法,探索并优化IHC技术中的多个步骤,具体包括:"滤纸夹层-蒸蛋器"抗原修复新装置的研发、抗原修复液的筛选、透明剂的优选.研究结果显示:自创的"滤纸夹层-蒸蛋器"抗原修复辅助工具,能减少高温高压修复时水分子对组织的冲击,作用温和、操作安全,有较好的组织切片完整性和较少的组织脱片率,且可减少抗原修复液使用量;柠康酐抗原修复液对多重染色具有更强的阳性效应和通用性;无毒TO (terpentine oil)透明剂可取代有毒二甲苯,具有同样的脱蜡透明效果. TMA中多重IHC技术的改良,提供了更加高效、廉价、安全的方法,可提升与扩展TMA在病理学中的应用价值.     

食管鳞癌中3个新miRNA的分子功能预测

为寻找食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)诊断与治疗的新分子标志物,利用实时定量荧光PCR技术检测ESCC中3个未知miRNAs(miR-3914、miR-8082和miR-4770)的表达状况;运用生物信息学方法分别对它们差异表达miRNA下游的候选靶基因做基因本体(gene ontology,GO)富集和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;采用蛋白免疫印迹方法观察转染miRNA mimic后一些与癌症发生和发展相关蛋白的表达改变.结果显示,与食管癌癌旁正常组织和正常食管上皮细胞比较,在ESCC组织/细胞中的miR-3914和miR-8082表达均呈显著性降低(P 0. 05),但miR-4770无明显的表达变化. GO富集分析发现,miR-3914和miR-8082参与RNA聚合酶II启动子转录、蛋白结合和细胞凋亡等生物学过程; KEGG富集分析发现,miR-3914和miR-8082两者均与癌症相关通路有关,且均可调控LAMC2、CCDC6和PDGFB基因.当ESCC细胞分别转染miR-3914 mimic和miR-8082 mimic后,与未转染组比较,p53蛋白质表达增加,而c-Myc和Bcl-2蛋白质表达降低.研究结果表明,miR-3914和miR-8082各自均具有成为辅助ESCC早期诊断与精准治疗生物靶标的潜能.     

单增李斯特菌恒温荧光PCR检测方法的建立及应用

以单增李斯特菌的clf A基因为靶序列,针对该序列保守区,设计引物和探针,建立单增李斯特菌荧光PRA检测方法,研制单增李斯特菌荧光PCR快速检测试剂盒,并对其特异性、灵敏性、稳定性进行分析。结果表明该恒温荧光PCR方法及快速检测试剂盒特异性好、稳定性好、具有较高的灵敏度,最低可检测到0.05 pg/μL,是快速检测食源性增李斯特菌的有效方法,对我国食源性增李斯特菌的检测具有重要应用和推广价值。     

人结直肠癌中两种新分子生物标记物的筛选

为挖掘结直肠癌早期病变的生物标记物,通过对高通量组织芯片上进行优化的多重免疫组织化学染色,观察比对了TATA序列结合蛋白相关因子1 (TATA-box binding protein associated factor 1 like,TAF1L)和stomatin家族蛋白1 (stomatin-like protein 1,STOML1)在结直肠癌组织和相匹配的癌旁正常组织之间的表达差异,检测了其表达水平与癌组织的不同临床分期、病理分级和tumor-lymph node-metastasis(TNM)分期的关系.结果显示,相比癌旁正常组织,TAF1L蛋白质在癌组织中呈高表达,差异具有统计学显著性意义(P 0. 000 1),并可随原位病灶的恶化显现明显的表达改变; STOML1蛋白质的表达水平在癌组织中差异无明显统计学意义(P 0. 05).结果显示,TAF1L蛋白质的异常高表达与结直肠癌的发生发展可能存在直接的关联,有可能成为结直肠癌早期诊断、精准治疗和预后判定的新分子标记物.