水稻组织特异性蛋白质相互作用网络构建方法

组织特异的基因表达和蛋白质相互作用是研究基因调控、蛋白质功能、细胞过程的重要部分.相较于其他模式生物在蛋白质相互作用研究方面的进展,高等模式植物水稻中组织特异性蛋白质相互作用的研究十分缺乏.因此,提出了一种用于水稻组织特异性蛋白质相互作用网络构建的计算方法.该方法主要包含三部分:第一,在统一标准下融合多数据识别组织特异的基因;第二,提出了新的同源映射方法,并集成6种模式生物相互作用数据构建和评估目标物种蛋白质相互作用网络;第三,构建不同组织的蛋白质相互作用子网,并筛选高可靠的蛋白质相互作用.为了验证方法的有效性,构建并分析了水稻首个组织特异的蛋白质相互作用网络(PTSN4R:Predicted Tissue-Specific Network for Rice). PTSN4R包含了水稻23个组织的组织特异基因及对应的组织特异蛋白质相互作用子网,为分析组织特异的基因表达和蛋白质相互作用提供了便利条件. PTSN4R有助于理解水稻的生长调控机制,为水稻增产提供线索.同时,提出的方法能够方便的应用到其他物种,促进组织特异的蛋白质相互作用网络的研究.     

一种新的DNA序列进化距离的修正方法

进化树是推演生命历史的一个重要工具。在构建进化树的所有算法中,基于进化距离的算法是其中研究的重点。但是,这一方法较为严重地依赖着距离矩阵的质量。人们开发了多种基于生物事实的进化模型来改进距离矩阵的构建过程,很大程度上提高了进化距离的准确性。同时,也提出了许多方法来检测距离矩阵的质量。文中提出了基于模型的距离以及p距离,采用一种组合的新距离的方式来构建距离矩阵。同时采用直接检测距离矩阵的统计学计分方法以及构建进化树,对比实验结果表明文中的方法实用且有效。     

焦化废水深度处理技术综述

焦化废水是煤焦化过程产生的废水,含有高浓度的酚类、苯系物、杂环化合物、多环化合物等有机污染物,并且高盐、高氨氮,是一类难处理的工业废水。随着国家对焦化废水的管理日趋严格,传统的"预处理+生化处理"工艺很难满足排放或回用要求,因此对焦化废水的深度处理势在必行。从物化法和生化法两个方面对目前焦化废水深度处理常用技术的研究和应用情况进行了介绍,并探索性地提出了焦化废水深度处理技术未来的研究和发展方向。     

驯化活性污泥处理溴氨酸废水的实验研究

在膜生物反应器(MBR)中驯化活性污泥对溴氨酸进行生物降解实验.结果表明,由于溴氨酸的选择压,驯化过程中活性污泥浓度下降;TTC-脱氢酶活性下降并保持在较低的水平.在驯化期结束后,活性污泥对溴氨酸的脱色率和COD去除率可以分别达到90%和＞50%.核糖体基因间隔序列分析(RISA)显示活性污泥群落呈现动态变化,生物多样性下降.