唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病型菌株Co14毒力相关基因解析

目的了解1株引起致死性食物中毒事件的唐菖蒲伯克霍尔德菌椰毒致病型菌株Co14的全基因组序列特征,对其基因组中米酵菌酸(BA)和毒黄素(TF)的生物合成相关基因进行了预测和分析。方法通过第三代高通量测序技术(PacBio)对Co14进行全基因组测序,使用BLAST软件预测BA和TF的生物合成相关基因。结果 Co14基因组中含有2个闭合的环状染色体,大小分别为4.1和4.0 Mb,鸟嘌呤和胞嘧啶所占比例(GC含量)分别为67.82%和68.32%。Co14基因组中还携带有一个146 kb的闭合环状质粒,GC含量为63.25%,编码149个基因。通过同源序列比对,在Co14染色体1上发现了BA和TF的生物合成相关基因簇bonR1R2LJKFGABDEHIM和toxRABCDE。结论 Co14全基因组数据为研究唐菖蒲伯克霍尔德菌食物中毒菌株的致病性和毒力因子产生机制奠定了遗传学基础。     

水产品中创伤弧菌检测方法建立与应用

目的建立一种水产品中创伤弧菌检测方法 ,并对北京市市售水产品中创伤弧菌污染情况进行监测。方法分别使用18株创伤弧菌菌株和水产品中常污染的背景杂菌,定量接种于检测创伤弧菌的选择性增菌液和4种选择性平板,优化出适合创伤弧菌检测的选择性培养基。采用聚合酶链式反应(PCR)法和增菌培养法分别检测样品中的创伤弧菌后进行方法对比,建立PCR和增菌培养法相结合的检测方法 ,并应用此方法研究北京市市售水产品中创伤弧菌污染状况。结果改良后的选择性增菌液适用于创伤弧菌的检测。北京市市售水产品中创伤弧菌检出率为15.7%(18/115),其中贝类、蟹类、鱼类和虾类样品的检出率分别为23.4%(15/64)、8.3%(1/12)、5.3%(1/19)和5.0%(1/20)。结论 PCR法与传统增菌培养法相结合,可有效提高创伤弧菌检测效率。北京市市售贝类等水产品中创伤弧菌污染率较高,需引起食品安全风险监测重点关注。     

熟肉制品中单核细胞增生李斯特氏菌耐药及致病的遗传分析

目的 获得中国不同省份熟肉制品中的33株单核细胞增生李斯特氏菌(单增李斯特菌)的抗生素敏感性特征图谱,并运用全基因组测序对菌株进行耐药和致病的基因遗传分析。方法 采用微量肉汤稀释法对33株熟肉制品中的单增李斯特菌进行药敏测定,同时进行高精度框架图测序,基因组序列经组装后通过相应的生物信息学流程进行数据分析。结果 33株单增李斯特菌对于氨苄青霉素、复方新诺明、庆大霉素、万古霉素、美罗培南共计5种抗生素结果均为敏感。1株单增李斯特菌耐受2种抗生素,分别为四环素和红霉素。全基因组测序分析表明:33株单增李斯特菌分属13个多位点序列分型(MLST)型别,其中ST9、ST87和ST121为主要型别,耐药株为ST87型。耐药株基因型与表型相关联。耐药基因上下游遗传环境分析表明,这些基因的可能来源为猪丹毒杆菌或Blautia producta。所有分离株均携带致病基因岛LIPI-1和LIPI-2,7株携带LIPI-3,8株携带LIPI-4(1株ST121、7株ST87)。结论 熟肉制品中单增李斯特菌存在获得性耐药,同时由于其携带了更多的毒力基因而产生潜在的高致病性菌株。本研究表明应加强对熟肉制品中单增李斯特菌,尤其是ST87型的监测和风险评估。     

产CTX-M-55型超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌全基因组序列耐药和毒力特征研究

目的基于全基因组序列,对2株食源性产CTX-M-55型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌的耐药和毒力分子机制进行研究。方法采用微量肉汤稀释法对大肠埃希菌食品分离株进行药敏试验,设计产ESBLs基因引物并通过聚合酶链式反应(PCR)扩增筛选出2株产CTX-M-55型ESBLs大肠埃希菌(编号为EC001和EC002)进行全基因组测序,并进行序列型(ST)、质粒复制子类型、血清型、耐药基因和毒力因子识别。结果 2株大肠埃希菌均为头孢类和喹诺酮类抗生素双重耐药ESBLs菌株;全基因组序列分析结果显示,2株菌的血清型均为肠道致病性大肠埃希菌(EPEC)O119∶H8,ST型分别为ST21(EC001)和ST342(EC002),EC001菌株含有Inc FII、IncX1、IncY、Col156和IncI2 5个不相容群质粒,EC002菌株含有IncFII和IncX1 2个不相容群质粒,2株菌株染色体中均携带bla_(CTX-M-55)和bla_(TEM-141)2种ESBLs基因。此外,EC001菌株还携带sul2/3、tet(A)/(B)、dfrA12、strA/B、aph(3')-IIa、cml/cmlA1、floR和oqxA/B耐药相关基因,其染色体喹诺酮耐药决定区gyr A基因存在2个突变位点(S83L,D87H)、parC基因存在1个突变位点(S80I),多粘菌素耐药相关基因pmr E基因存在3个突变位点(D73Y,M185T,S225T);而EC002菌株携带fosA和qnrS1耐药相关基因。2株菌均携带致黏附与脱落(A/E)损伤的肠细胞脱落位点(LEE)毒力岛基因esc、esp、eae A和tir,且EC001菌株还携带增强菌株在血清中存活能力的iss基因。结论对2株食源性产CTX-M-55型ESBLs大肠埃希菌进行全基因组测序以及耐药和毒力的分子机制的研究,其结果可为后续开展大肠埃希菌耐药和毒力表型预测、指导食用畜禽养殖过程中抗生素合理使用及耐药菌株防控提供依据。     

2019年我国不同地区牧场生牛乳中致病菌污染及抗生素耐药情况研究

目的 了解我国不同地区牧场生牛乳中致病菌污染情况和细菌耐药特征。方法 对2019年9—11月采集自43家不同地区牧场的53份生牛乳样品进行6种致病菌的分离鉴定,对分离株开展抗生素耐药性检测。结果 53份样品中大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌和单核细胞增生李斯特氏菌(单增李斯特菌)的污染率分别为62.26%(33/53)、20.75%(11/53)、5.66%(3/53)和3.77%(2/53),克罗诺杆菌和沙门氏菌均未检出。选取117株分离株进行药物敏感性实验,其中58株菌耐药,总体耐药率为49.57%(58/117);90株革兰氏阴性菌中有33株耐药,耐药率为36.67%(33/90);27株革兰氏阳性菌中有25株耐药株,耐药率为92.59%(25/17)。结论 不同地区牧场采集的生牛乳中细菌污染情况差异较大,污染随气温降低呈下降趋势。同时生乳中细菌分离株多重耐药率高,需进一步严格控制兽用抗生素的使用。