葡萄根癌病基因测序即将完成

<正>葡萄根癌病(Crown gall disease)又称冠瘿病,是一种细菌性病害,会使葡萄根部形成菜花样的肿瘤状物,影响根系对养分的吸收,对葡萄造成严重危害。美国纽约《记事报》(Chronicle Express)报道称,罗切斯特理工学院(Rochester Institute of Technology,N.Y.)的研究团     

微通道电泳芯片系统中信号识别算法的设计与实现

介绍适用于微通道电泳芯片系统的DNA测序软件的总体流程，以及其中的信号处理与识别算法。以激光诱导荧光检测系统所采集到的原始数据为源信号，以小波平滑和小波去噪为理论基础，将滤波算法和峰值识别算法综合在一起进行设计，从而使其适用于检测速度更快、样品量更少的微通道电泳芯片系统。将本算法应用于DNA片段的分离实验中，可以有效地达到滤波以及信号识别的目的。     

生物学文献挖掘

1引言随着高通量生物技术的发展,生物学的实验手段和研究方法均发生了巨大的变革,由此带来的领域内实验数据的“指数性”增长,数据的存储与传输,数据的处理、理解与应用等一系列问题,得到了来自数学,化学,药学,统计学,计算机科学等领域专家的广泛关注并取得了大量成果。生物学文献作为成果展示和学术交流的主要方式之一,其数目之大,增长速度之快远远超过了其他学科领域。隶属于美国国家生物技术信息中心的文献摘要库MEDLINE,是世界上最大的、最具权威性的著名生物医学文献数据库,收集了全世界4800多种生物学及医学杂志上1500万余篇文献信…     

筛查基因突变的新技术——循环双脱氧指纹图谱法及其应用

建立了适用于大批量标本基因突变筛查的双脱氧指纹图谱法即ｄｄＦ。该技术民测定ＤＮＡ序列的双脱氧末端终止法及ＳＳＣＰ二者长处于一身，即只作一个双脱氧末端终止反应，然后将反应产物在与ＳＳＣＰ相同的电泳条件下进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，这样有突变的样品不会漏检，阳性检出率高达１００％。     

大凌河流域典型水生植物微生物群落吸附特征试验分析

本文采用高通测序方法对大凌河流域五刺金鱼藻、格菱、狐尾藻、水蓼及芦苇5种水生植物不同季节的微生物群落进行试验分析,分析表明:藻类密度在沉水植物表层要高于浮叶植物表层,微生物群落在浮叶植物根部的结构与其表面存在明显差异。各水生植物的优势生物群落依次为变形菌、梭菌、柔膜菌、鞭脂杆菌、杆菌、疣微菌门,且各微生物群落在季节丰度上存在明显差异性。由此可见,水环境对生物群落的影响要高于植物类型。研究成果可为大凌河流域生态修复工程提供重要理论依据。     

罕见病咨询医疗服务平台“博士360”开通

近日,在第二届世界罕见病大会召开之际,国内首家为罕见病患者提供专业咨询医疗服务的网络平台,博士360网站正式上线。该服务平台由全球领先的新药研发公司药明康德倾力打造,旨在为罕见病人群及病因不明患者提供从疾病咨询、筛查,到诊断及治疗的全方位医学服务,同时推动罕见病领域的临床研究及相关药物的研发进程,博士360的诞生或将彻底改变国内罕见病＂诊不了,治不起＂的困境。＂     

超临界流体色谱质谱联用解决方案

正安捷伦科技公司宣布,为所有液质联用仪添加新的软件功能,以支持针对超临界流体色谱(SFC/MS)的控制。这一增强型功能有助于加快分离速度、降低有机溶剂用量,并实现液相色谱的正交选择。这一"硬件加软件"高度整合的SFC/MS解决方案,进一步简化了复杂化合物的高通量分析过程,使其成为适合于多种行业的理想产品。     

基于De Bruijn图的De Novo序列组装软件性能分析

随着新一代测序技术的发展,一些新的全基因组组装算法应运而生,特别是针对第三代高通量测序仪产生的海量短序列的组装软件被不断开发出来,这些组装软件渐渐走向市场。但是,由于这些组装软件的适用性和其性能的差别,选择一款性能优良的组装工具或者开发并行高吞吐的组装工具成为了当前面临的一大难题。本文选取基于 De Bruijn 图算法开发的 4 款 De Novo 组装的软件（Velvet、SOAPdenovo、IDBA、ABySS）对 4 种物种的基因组的模拟数据进行测试,并从软件的算法、组装性能和组装质量 3 个方面分析这 4 个软件的性能,同时根据其算法特点推断影响这些软件性能的关键因素,并给出软件的使用建议以及开发并行序列组装工具来组装超大规模的基因数据应该注意的问题。     

脱水过程中无核白葡萄转录组测序及膜脂降解代谢中关键基因的筛选

该研究以吐鲁番地区无核白葡萄为试验材料,在25 ℃常温和30 ℃热风干燥后,取失水25%、50%时褐变和未褐变的样品。利用转录组测序技术筛选出膜脂降解代谢相关的关键基因,并利用实时荧光定量PCR技术对其进行验证,研究结果显示,转录组测序共获得了11.63亿的clean data,当无核白失水50%时未褐变与褐变的相比,在快速脱水组筛选出718个差异表达基因,慢速脱水组2 259个。将上述基因进行GO功能富集和KEGG富集分析后,筛选出43个膜脂代谢相关的差异基因,归类于5种代谢途径。从已获得的差异基因中最终筛选出乙醛脱氢酶7B4（Aldehyde Dehydrogenase7B4,ALDH7B4）、双半乳糖甘油二酯合成酶1（Digalactose Diglycerol Synthetase1,DGD1）、脂氧合酶（Lipoxygenase,LOX）、磷脂磷酸水解酶2（Lipid Phosphate Phosphatase2,LPP2）、二酰基甘油激酶5（Diacylglycerol Kinase5,DGK5）、非特异性磷脂酶C4（Non-specific Phospholipase C4,NPC4）、磷脂酶Dα1（Phospholipase Dα1,PLDα1）7个膜脂代谢相关的关键基因,经qRT-PCR验证,基因表达趋势与转录组测序结果基本一致。结果表明,膜脂降解代谢相关基因表达量变化对无核白脱水褐变有一定影响。     

发动机进气系统高通量富氧膜的研制

采用交联改性的方法对较低分子量的乙烯基硅橡胶进行了改性研究,制备了高通量的富氧膜,结合单因素实验法和Design-expert正交实验设计,考察了原料配比、交联反应时间、固化温度和固化时间等因素对富氧膜性能的影响,确定了最佳富氧性能膜的制备条件:原料配比4.3,反应时间2.15h,固化温度86.25℃,固化时间1.75h;获得了富氧浓度为28.68%,透气量为4696.33 barrer的富氧膜,该膜的富氧浓度与常规商品化膜相当,透气量为常规商品化膜的2~4倍,有应用于发动机富氧进气系统的前景。通过扫描电镜检测、机械性能检测等手段对复合膜进行了进一步表征。