Microscopic Methods for Identification of Sulfate-Reducing Bacteria from Various Habitats

This paper is devoted to microscopic methods for the identification of sulfate-reducing bacteria (SRB). In this context, it describes various habitats, morphology and techniques used for the detection and identification of this very heterogeneous group of anaerobic microorganisms. SRB are present in almost every habitat on Earth, including freshwater and marine water, soils, sediments or animals. In the oil, water and gas industries, they can cause considerable economic losses due to their hydrogen sulfide production; in periodontal lesions and the colon of humans, they can cause health complications. Although the role of these bacteria in inflammatory bowel diseases is not entirely known yet, their presence is increased in patients and produced hydrogen sulfide has a cytotoxic effect. For these reasons, methods for the detection of these microorganisms were described. Apart from selected molecular techniques, including metagenomics, fluorescence microscopy was one of the applied methods. Especially fluorescence in situ hybridization (FISH) in various modifications was described. This method enables visual identification of SRB, determining their abundance and spatial distribution in environmental biofilms and gut samples.     

Bridging the Gap: Plant-Endophyte Interactions as a Roadmap to Understanding Small-Molecule Communication in Marine Microbiomes

Probing the composition of the microbiome and its association with health and disease states is more accessible than ever due to the rise of affordable sequencing technology. Despite advances in our ability to identify members of symbiont communities, untangling the chemical signaling that they use to communicate with host organisms remains challenging. In order to gain a greater mechanistic understanding of how the microbiome impacts health, and how chemical ecology can be leveraged to advance small-molecule drug discovery from microorganisms, the principals governing communication between host and symbiont must be elucidated. Herein, we review common modes of interkingdom small-molecule communication in terrestrial and marine environments, describe the differences between these environments, and detail the advantages and disadvantages for studies focused on the marine environment. Finally, we propose the use of plant-endophyte interactions as a stepping stone to a greater understanding of similar interactions in marine invertebrates, and ultimately in humans.     

2016年上海市市售肉制品中沙门菌耐药谱与分型研究

目的 研究上海市市售肉制品中沙门菌血清型、耐药谱和分子分型特征。方法 2016年1～8月在上海市所辖16个行政区,随机选择1个密集型社区,抽取1家超市或市场作为哨点,定期采集畜、禽类肉制品,按国家食品安全风险评估中心(CFSA)食源性疾病监测方案进行沙门菌分离、血清分型、抗生素定量检测与剂量评估、优势菌的分子分型。结果 606份样品包括猪、鸡、鸭、牛、羊、鹅肉制品,共分离沙门菌158株,总阳性率为26.1%,畜肉和禽肉来源分别占52.5%(83/158)和47.5%(75/158)。前5位沙门菌血清型依次为肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、罗森沙门菌和印第安纳沙门菌,畜肉和禽肉来源优势菌型间差异有统计学意义(P<0.05)；菌株对磺胺异噁唑耐药率最高(79.7%,126/158),对链霉素、萘啶酸、氨苄西林、四环素和氯霉素耐药率在38.0%～77.8%,多重耐药(MDR)菌株(≥3类)占77.8%(123/158),猪肉来源沙门菌对庆大霉素、链霉素、磺胺异噁唑、复方新诺明、氯霉素、四环素耐药率均高于鸡肉来源沙门菌,鸡肉来源沙门菌对头孢噻呋、头孢曲松、萘啶酸耐药率均高于猪肉来源沙门菌,差异均有统计学意义(P<0.05),32.9%(52/158)的菌株对至少6种抗生素超检测限值；肠炎沙门菌有15个分型,以1型和3型为优势型；鼠伤寒沙门菌有23个分型,具有遗传多样性特征。结论 上海市市售肉制品沙门菌暴露以猪肉和鸡肉来源为主,肉制品中多重耐药沙门菌污染严重。猪肉来源的罗森沙门菌和鸡肉来源的吉韦沙门菌是新输入性的血清型。     

大连市不同海产品中副溶血性弧菌污染的健康风险分级研究

目的对大连市不同海产品中副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus, VP)污染的健康风险进行分级和评价。方法 2017年1～10月,在大连市10个县市区分层随机采集4类944份常见海产品。依据GB 4789.7—2013《食品安全国家标准食品微生物学检验副溶血性弧菌检验》进行海产品中VP定量检测,使用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)方法进行VP毒力基因检测;采用食物频率法获得各类海产品的消费量数据;利用专家咨询法获得海产品交叉污染和烹调习惯参数;采用快速微生物定量风险评估(sQMRA)方法,对4类海产品中致病性VP的健康风险进行分级。结果甲壳类导致人体感染致病性VP发病风险和年发病例数最高,分别为3.5×10~(-6)和2 799.3例。鱼类导致人体感染致病性VP发病风险和年发病例数居第二位,分别为1.1×10~(-6)和1 304.4例。海产品导致人群VP发病的主要途径为交叉污染。结论应关注大连市甲壳类中VP对人群的致病风险,重点控制海产品在加工处理过程中VP的交叉污染。     

化香果提取物体外抑菌活性研究

研究了化香果提取物对水产常见9种致病菌嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）、温和气单胞菌（Aeromonas sobria）、豚鼠气单胞菌（Aeromonas caviae）、维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）、迟钝爱德华菌（Edwardsiella tarda）、副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）、鼠疫耶尔森氏菌（Yersinia pestis）、大肠杆菌（Escherichia coli）和金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）的抑菌活性。研究结果表明：化香果提取物对9种细菌均具有抑制作用，最小抑菌浓度为4.50 g/L。对每种细菌而言，抑菌效果随化香果提取物质量浓度的增加而增强，其中对大肠杆菌的抑制能力最强，IC₅₀值为0.035 g/L；金黄色葡萄球菌次之，IC₅₀值为0.053 g/L。对雌雄小鼠急性经口毒性试验结果表明化香果提取物对小鼠的急性经口半数致死量（LD₅₀值）分别为5 010和7 940 mg/kg体质量，表明化香果提取物属于实际无毒级。     

瘤胃微生物在生物质废物资源化领域应用研究进展

瘤胃微生物作为古老的微生物体系，其多样的生物酶系及卓越的木质纤维素降解能力使其在多种领域被研究和利用。本文主要介绍了瘤胃微生物的组成，瘤胃细菌及真菌对纤维类物质的降解能力及作用，并从瘤胃微生物对不同种类富纤维素固体废弃物的水解能力及降解性能、产甲烷效率及厌氧反应器研究现状角度出发，归纳和总结了瘤胃微生物在生物质废物资源化领域应用的研究现状，并指出了其今后的研究方向。     

多重PCR检测4种常见食源性致病菌

目的 建立一种多重聚合酶链式反应法(multiplex polymerase chain reaction, MPCR)快速检测肉制品中金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌和单增李斯特氏菌的分析方法。方法 选取金黄色葡萄球菌nuc基因、沙门氏菌SipB基因、志贺氏菌ipaH基因、单增李斯特菌inlA基因作为目标基因, 设计4对PCR引物, 建立并优化多重PCR反应体系, 评价该体系的特异性和灵敏度, 并对人工污染的熟肉样品进行检测。结果 构建的多重PCR方法特异性强、灵敏度高, 人工污染熟肉匀浆中4种致病菌的检出限为103 CFU/mL。结论 构建的多重PCR检测方法能够快速、准确、高效地检测肉制品中金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌和单增李斯特氏菌, 为食源性疾病菌的快速检测提供参考依据。     

巴氏杀菌奶的微生物生长动力学模型研究

目的通过初级模型和二级模型来描述巴氏杀菌奶中微生物的生长动力学模型。方法样品放置在4、8、16、25、30、37、40和43℃条件下培养,使用IPMP 2013软件进行拟合,初级模型采用Huang模型和Baranyi模型分析不同温度下的生长动力学特征,二级模型采用Ratkowsky平方根模型、Huang平方根模型和Cardinal模型描述温度对其生长速率的影响。结果在所有温度下都能观测到微生物的生长,综合比较2种初级模型的均方根误差(root mean squared error,RMSE)、均方误差(mean squared errorMSE)、赤池信息量准则(Akaike information criterion, AIC)和生长速率,得到2种初级模型具有同等拟合效果;而3种二级模型得到的最低生长温度和最高生长温度分别是-3.191、0.56、-4.962和47.309、45.277、44.408℃。结论 Baranyi模型和Huang模型均适合描述巴氏杀菌奶中微生物菌群的生长,3种二级模型都能用于评价温度对其生长速率的影响,但Ratkowsky平方模型覆盖的温度范围更广,可能更适合描述温度对巴氏杀菌奶中微生物菌群生长的影响。     

传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构分析

以采集不同原料制备的黑龙江省传统自然发酵黏豆包面团为研究对象,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术研究黏豆包中微生物群落结构及其多样性,结果表明:收集到的6份黏豆包发酵面团样品中细菌组成主要为食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、融合魏斯氏菌(W.confuse)、肠系膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)和罗氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri),此外还有一些不能培养的细菌。黏豆包发酵面团中含有酵母菌主要为:诞沫假丝酵母(Candida zeylanoides)、卡利比克毕赤酵母(Pichia caribbica)、普兰久浩酵母(Guehomyces pullulans)和一些不能培养的酵母。传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构与面团原料组成有一定相关,本研究可为改良黏豆包品质,开发专属发酵剂,实现黏豆包工业化、规模化、自动化生产提供理论支持。     

水产品中创伤弧菌检测方法建立与应用

目的建立一种水产品中创伤弧菌检测方法 ,并对北京市市售水产品中创伤弧菌污染情况进行监测。方法分别使用18株创伤弧菌菌株和水产品中常污染的背景杂菌,定量接种于检测创伤弧菌的选择性增菌液和4种选择性平板,优化出适合创伤弧菌检测的选择性培养基。采用聚合酶链式反应(PCR)法和增菌培养法分别检测样品中的创伤弧菌后进行方法对比,建立PCR和增菌培养法相结合的检测方法 ,并应用此方法研究北京市市售水产品中创伤弧菌污染状况。结果改良后的选择性增菌液适用于创伤弧菌的检测。北京市市售水产品中创伤弧菌检出率为15.7%(18/115),其中贝类、蟹类、鱼类和虾类样品的检出率分别为23.4%(15/64)、8.3%(1/12)、5.3%(1/19)和5.0%(1/20)。结论 PCR法与传统增菌培养法相结合,可有效提高创伤弧菌检测效率。北京市市售贝类等水产品中创伤弧菌污染率较高,需引起食品安全风险监测重点关注。