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1.
对于静态基因表达数据来说,推断基因调控网络仍是系统生物学中的一个挑战——存在大量识别难度高的直接或间接调控关系,而传统方法的准确性和可靠性还有待进一步提高。为此,该文提出一种基于 Boosting 集成模型的方法(XGBoost),应用随机化和正则化来解决模型过拟合问题,同时针对建模所得权重不一致的问题,对初始权重增加归一化和统计学方法处理。最终,采用 DREAM5挑战的基准数据集对所提出方法进行性能验证。实验结果表明,XGBoost 比现有其他方法获得更好的性能:在 in-silico 生成的模拟数据集中,接受者操作特征曲线面积(AUPR)和正确率-召回率曲线面积(AUROC)两个评估指标均显著优于现有方法;在 E.coli 和 S.cerevisiae 两种生物的真实实验数据中,AUROC 指标均高于现有最优方法。  相似文献   
2.
为了高值化综合开发裂殖壶藻,以未破壁的裂殖壶藻粉为原料,优化三相分离(TPP)法联产提取裂殖壶藻中油脂、蛋白质和多糖的工艺。结果表明,采用TPP法联产提取裂殖壶藻中油脂、蛋白质和多糖的最佳条件为悬浮液中硫酸铵质量浓度5 g/15 mL,叔丁醇与悬浮液体积比3∶1,液料比120∶1。在上述优化的条件下,TPP法提取裂殖壶藻油脂的最佳提取温度和提取时间分别为90℃和3 h,提取蛋白质和多糖的最佳提取温度和提取时间分别为60℃和0.5 h。此外,评估不同策略下TPP法联产提取裂殖壶藻油脂、蛋白质和多糖的性能发现,先在60℃下提取0.5 h再在90℃下提取3 h,总油脂、蛋白质和多糖提取率最高,分别达97.86%、57.11%和28.15%,油脂中DHA含量可达35.30%,DPA含量可达5.53%。综上,TPP法是一种高效联产提取裂殖壶藻中油脂、蛋白质和多糖的方法。  相似文献   
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