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1.
数值计算程序的存储复杂性分析   总被引:12,自引:1,他引:11  
由于越来越多的技术用于缩小处理器与存储器之间的日益加大的速度差距,计算机的存储系统变得日趋复杂.现在,任何一个程序设计者,尤其是数值计算程序的设计者,若不考虑其所用计算平台存储系统的特点是很难获取高性能的.因此公用传统的算法评价方法,从时间复杂性和空间复杂性着手来解释一个算法的不同实现在同一计算平台上很大的性能差异,显然是不够的.计算平台存储系统的特点必须在分析算法的复杂性时加以考虑.孙家昶199  相似文献
2.
一种基于"基因表达谱"的并行聚类算法   总被引:6,自引:0,他引:6  
跨物种的生物序列比较已经被广泛应用于基因功能预测,而越来越多的实验表明序列相似性并不足以保证基因功能相似.为了精确确定基因功能,不仅需要考虑序列性质,还需探索基因表达信息的特性,因为基因表达的改变往往伴随着基因功能的改变.通过聚类分析基因表达谱,可以直观判断协同表达基因及其规律,这是考察基因功能的重要一步.由于生物组织基因表达的复杂性,以及识别表达的microarray技术和理念的不断更新,表达数据的规模也呈指数规律递增,聚类分析遭遇了巨大瓶颈--过高的时空复杂度.根据"基因表达谱"的数据特征,对处理表达谱数据的分层聚类提出了一种并行分层聚类算法--PHCA,主要解决了并行设计的负载平衡问题,并实现了MPI平台的并行程序设计.并行程序性能分析表明,PHCA算法较大幅度降低了分层聚类算法的时空复杂度.  相似文献
3.
多维标度法(MDS)在构效关系分析中的应用   总被引:6,自引:0,他引:6  
尝试在构效关系分析中引入新的数量化方法:林知己夫的准记量性多维标度(multi-dimensional scaling,MDS)法。并以芳氧基乙酰肼衍生物抑制单胺氧化酶的效率为例,说明该法的实现步骤和结果分析。该法的结果直观、生动,可以将样本分成明显的高活性区与低活性区,作为判别标准,可以在试验之前预测新样本化合物的活性,以指导新化合物的合成,为在药物分子设计中判断未知化合物的生物活性提供新思路。  相似文献
4.
基于GOS的国家网格集成环境及应用实例开发*   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
中国国家网格作为国内最主要的网格为用户提供了良好的计算服务.详细讨论了网格中间件系统软件GOS的功能和结构,以及基于GOS的中国国家网格集成环境,给出了生物信息软件MEME在国家网格环境下的集成实现,并提出了今后的工作方向.  相似文献
5.
对称矩阵三对角化的混合并行算法设计   总被引:2,自引:0,他引:2  
赵永华  迟学斌  陈江 《计算机工程》2005,31(22):39-41,53
基于Householder转换,给出了稠密对称矩阵三对角化的MPI+OpenMP混合并行算法。内容集中在SMP集群系统环境下算法的负载平衡、通信开销和性能评价。OpenMP共享内存并行采用了粗粒度方法,解决了MPI算法中的负载平衡问题,降低了通信开销。在深腾6800上的试验结果表明,MPI+OpenMP版本比纯MPI版本具有更好的性能和可扩展性。  相似文献
6.
浅析高性能计算应用的需求与发展   总被引:2,自引:0,他引:2  
高性能计算应用在高性能计算技术的支持下为科技创新做出了巨大贡献,并且和高性能计算技术在相辅相成中不断发展.自2004年以来,中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心针对中国科学院在“十一五”期间的高性能计算需求在全院范围内开展了多次调研活动,对中国科学院在“十一五”期间高性能计算的整体需求及各应用领域需求的分布情况有了比较全面的了解,其调研结果对“十一五”中国科学院高性能计算环境建设和高性能计算应用的发展具有良好的借鉴作用.首先介绍了国内外高性能计算应用的发展现状,并结合中国科学院高性能计算环境建设和高性能计算应用的发展情况,分析了“十一五”中国科学院高性能计算的应用需求,最后对我国高性能计算应用的发展前景进行了展望.  相似文献
7.
分布式系统矩阵并行计算   总被引:1,自引:0,他引:1  
1.曙光1000上矩阵乘及线性方程组的并行求解曙光1000并行计算机系统是由6X6的二维网格结构组成的多处理机系统,其中32个是计算结点(i86o),两个服务结点和两个输入输出结点,用户最多可用结点数为32个.目前已经使用的并行计算环境有NX,PVM,EXPRESS等,以NX环境最为有效.并行程序采用结点编程模式.程序设计要尽可能的减少通讯,增加算法的粒度,以提高并行算法的效率.此外,为了使i860处理芯片发挥应有的作用,对库函数的使用也应有高度的重视,否则其计算速度将会很低.在曙光1000上所做的数值计算结果,都利用了它的高效…  相似文献
8.
SMP集群系统上矩阵特征问题并行求解器的有效算法   总被引:1,自引:0,他引:1  
对称矩阵三对角化和三对角对称矩阵的特征值求解是稠密对称矩阵特征问题并行求解器的关键步 .针对SMP集群系统的多级体系结构,基于Householder变换的矩阵三对角化和三对角矩阵特征值问题的分而治之算法,给出了它们的MPI OpenMP混合并行算法 .算法研究集中在SMP集群系统环境下的负载平衡、通信开销和性能评价 .混合并行算法的设计结合了粗粒度线程并行模式和任务共享的动态调用方法,改善了MPI算法中的负载平衡问题、降低了通信开销 .在深腾6800上的实验表明,基于混合并行算法的求解器比纯MPI版本的求解器具有更好的性能和可扩展性 .  相似文献
9.
分布式系统并行编程的简单方法   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
迟学斌 《软件学报》1998,9(2):107-110
本文以并行矩阵乘法为例子,给出在PVM, EXPRESS以及NX环境上的并行程序实现.通过对这个简单例子的分析,归纳出在一般情况下并行程序设计应采取的策略.这里介绍的并行程序设计方法,特别对大型应用问题的并行移植是非常有用的,其目的是为想写并行程序的科研人员提供参考.  相似文献
10.
对称矩阵三对角化的有效并行块算法设计   总被引:1,自引:0,他引:1  
在矩阵数值计算中,块算法通常比非块算法更有效,但这也增加了并行算法设计和实现的难度.在广义稠密对称矩阵特征问题并行求解器中,并行块算法的构造可应用到正定对称矩阵的Choleski分解、对称矩阵的三对角化和回代转化(back-transiation)操作中.本文将并行块算法的讨论集中在具有代表性的对称矩阵三对角化上,给出在非块存储方式下对称矩阵三对角化的并行块算法设计方法.分析块算法大小同矩阵规模和处理器数量的关系.在深腾6800上的试验表明,我们的算法具有很好的性能,并得到了比ScaLAPACK更高的性能.  相似文献
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