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1.
不确定图数据库中高效查询处理   总被引:8,自引:3,他引:5  
近年来,在多种领域中产生的大量数据都可以自然地建模为图结构,比如蛋白质交互网络、社会网络等.测量手段的不准确性以及数据本身的性质导致不确定性在很多图数据中普遍存在.文中研究不确定图数据库中的高效查询处理方法.首先给出一种数据模型来表示图的不确定性.鉴于对用户提交的查询图通常会产生大量匹配结果,高效得到概率最大的k个匹配常常更具有现实意义.因此文中形式化提出概率top-k子图匹配查询的问题.为了解决提出的查询问题,以附带概率信息的邻居子图为基础,设计了一种有效的索引结构.另外,提出一种高效的基于索引的查询处理方法.该查询处理方法的核心是一个基于搜索树的匹配算法,其中运用了一种概率剪枝技术来提高性能.实验结果表明,所提出方法具有良好的效率和可扩展性.  相似文献
2.
一种多到一子图同构检测方法   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
张硕  李建中  高宏  邹兆年 《软件学报》2010,21(3):401-414
提出一种方法来解决从多个小图到一个大图的子图同构检测问题,其中多个小图是预先给定的,而大图是用户在线提交的.首先,基于DFS 编码提出一种小图集合的压缩组织方法;其次,提出一种带有前向剪枝技术的从多个小图到一个大图的子图同构检测算法.另外,给出一种有效的基于数据挖掘的索引技术.分析和实验结果证实,所提出方法的在线计算代价远小于现有方法,在线执行时间比现有方法快约一个数量级,离线构造时间快一个数量级以上.  相似文献
3.
一种新颖的对比子图索引算法   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
针对当前图索引算法存在的问题,提出一种基于对比子图索引框架,开发冗余感知机制,选择一个小型的具有明显区分力的索引特征集,改善索引性能。实验结果表明,该算法对不同的包容搜索载荷能达到近优化的修剪力,与传统图搜索方法相比,具有明显的索引性能优势。  相似文献
4.
基于最小生成树的图数据库索引算法   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
李 楠  高 宏  李建中 《软件学报》2009,20(Z1):144-153
对复杂数据进行图模式建模近几年越来越流行,因此,在查询执行的优化过程中图索引技术变得至关重要.研究了图模式的索引问题,并且提出了一种近似的索引方法,称为MSTA方法.MSTA方法利用最小生成树结构作为索引特征,依据最小生成树边序列的包含关系和基于最大公共子图的图距离度量,将最小生成树组织到一个称为MST树的索引结构中.MST树索引结构可以高效地支持多种查询,例如子图查询.MSTA方法具备高效的索引性能.在索引大小和索引建立时间方面,传统方法是MSTA方法的数十倍,甚至上百倍.MSTA方法虽然不能返回完整结果,但是可以返回经图距离度量排序最好的部分结果.  相似文献
5.
我们在本文中提出了一个矢量量化的自适应多层次算法。首先生成一个基本码本和码字序列,然后码字序列再被进一步编成一个多层次的码,该算法利用了图象上更大范围的结构特点和相关性,减少了单层矢量量化方法得到的码的冗余信息,从而有效地提高了压缩比,同时却没有增加误差,也未增加很多计算量。  相似文献
6.
近年来,子图查询作为图数据库管理的一项重要课题受到国内外学者的广泛关注。在现实应用中大部分图数据是频繁更新的,而现有方法对图数据的频繁更新的维护代价较高。子图查询本身就是NP完全问题,在动态图数据上子图查询问题就变得更加困难。针对上述问题,提出了支持动态图数据的子图查询方法。该方法首先构造出每张图的拓扑层次序列作为索引,在序列中加入标号以便数据更新后对索引进行维护,再根据序列间的匹配关系过滤出候选集合,最后采用图同构算法验证候选集中的图,最终得到结果集合。该方法的索引构造简单且体积小,并且在图数据库更新后无需重构索引,不仅支持动态图数据上的子图查询,在静态图数据上也表现出良好的性能。  相似文献
7.
由于图模型的广泛采用,图数据的快速包容搜索在许多不同领域广泛应用。给定一个模型图集D和一个查询图集q,传统的图搜索旨在检索所有包含q的图(qg),与此不同,包容搜索有其自身的索引特性,针对这些特性进行系统地研究,并提出一种基于对比子图的索引模型(csgIndex):使用一个冗余感知特征选择过程,csgIndex能挑选出一个鲜明的具有区分力的对比子图集,并最大化其索引能力。对实时测试数据的实验结果显示,csgIndex对不同的包容搜索荷载能达到近优化修剪力,相较于传统图搜索方法表现出明显的索引性能优势。  相似文献
8.
徐魁  陈 科  徐 君  田佳林  刘 浩  王宇凡 《计算机科学》2015,42(9):235-239, 245
基因组测序的目的是获取一个生物体完整的DNA序列信息,而DNA信息是进行遗传学研究和疾病诊断的基础。通常而言,完整的基因组测序分为两个步骤:第一步通过实验手段测定DNA序列片段,第二步通过计算方法把DNA片段拼接为完整的基因组。尽管桑格测序技术成功解析了包括人类在内的多个基因组,但其由于成本过高,目前逐渐被新一代测序技术所取代。新一代测序技术的特点为高通量、高覆盖率、低成本,随之而来的缺点体现为短读长、更多类型的错误。这些特点也给基因拼接算法带来了更大的挑战。鉴于目前的数十种基因拼接算法中并没有一种算法显著优于其它算法,且一些分析表明不同算法的拼接结果具有互补性,提出了CGDNA算法框架,它把不同算法的拼接结果整合到一起,使得整合的结果超越任何单个算法的结果。提出了一种基于簇图的基因组序列集成拼接算法,它通过构建索引、读长映射、重叠群聚簇、构建簇图等步骤将重叠群拼接成更长的序列。实验结果表明,相对于目前最优的算法Velvet、ABySS、SOAPdenovo,CGDNA在N50与最长拼接序列这两项指标上的增长比例高达50%以上,并且达到了较高的覆盖度。当更多的基本算法集成到本算法时,性能可进一步提高。提出的方法大幅提高了基因拼接的长度,为下一步的遗传分析降低了难度,并加快了生物基因组研究的步伐。  相似文献
9.
马慧  汤庸  梁瑞仕 《软件学报》2019,30(11):3469-3485
私人交通网络下的最短路径查询主要考虑路径长度、行驶时间等因素,而公共交通网络下的路径查询需要考虑路径上相邻的边的时间顺序约束以及路径的费用.研究了公共交通网络下3种查询:给定起点、终点、时间区间和费用上限,查找在时间区间内不超过费用上限的最早到达路径、最晚出发路径和最短耗时路径.首先给出一种Dijkstra变种算法Dijk-CCMTP,在此基础上给出3类查询的查询算法.然后提出一种高效的索引结构ACCTL(approximate cost constrained time labelling).ACCTL采用Dijk-CCMTP对图中的每个顶点预先计算部分从该顶点出发的和到达该顶点的基本路径.对于任意从起点s到终点d的查询,可以采用类似数据库表连接的方式从ACCTL中连接从a出发的和到达d的路径生成近似解,避免遍历原图搜索路径.ACCTL建立索引的时间复杂度是O(|Vmax·|E|·(log|E|+max)),其中,|V|表示顶点数,|E|表示边数,max表示顶点的最大度数.实验验证ACCTL索引支持的查询速度比Dijkstra的变种算法的查询速度快2~3个数量级,并分析了影响建立索引时间和空间大小的因素.  相似文献
10.
主要介绍了数据库的CASE开发工具,5种前端开发工具的比较,并对数据库索引、数据库系统字典和数据库完整性进行了探讨。  相似文献
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