等离子体预处理对解淀粉芽胞杆菌生长和α-淀粉酶分泌的影响

本研究采用低真空室温射频等离子体对解淀粉芽胞杆菌CICC 10035进行预处理，通过改变放电功率、处理时间和工作气压等参数，筛选最佳工艺条件，并使用蛋白质组学技术，对差异蛋白质进行生物信息学分析，探讨等离子体预处理对菌体生长和产酶性能的影响。结果表明，等离子体预处理的最佳工艺条件为：放电功率120 W，处理时间15 s，工作气压135 Pa。在最佳条件下，发酵48 h后，α-淀粉酶酶活超过400 U/mL，与对照样相比提高约20%。蛋白组学分析表明，等离子体预处理对菌体的蛋白合成及代谢产生了较强的正效应，尤其在DNA修复和氨基酸合成上，一方面提高了菌体活性，延缓其衰亡过程；另一方面促进了α-淀粉酶在菌体内的合成和分泌。     

红花檵木两个查尔酮合成酶的克隆及生物信息学分析

为了研究红花檵木花青苷生物合成的分子机制,克隆了红花檵木两个查尔酮合成酶 LcCHSs 基 因,并对克隆的两个基因进行了生物信息学分析。利用 RT-PCR 技术,克隆得到红花檵木 LcCHS1 和 LcCHS2 基因,其中 LcCHS1 的开放阅读框（ORF）为 1 170 bp,编码 389 个氨基酸,LcCHS2 的 ORF 为 1 182 bp,编 码 393 个氨基酸。两个 LcCHSs 的氨基酸序列与来源于茶树（Camellia sinensis）、葡萄（Vitis vinifera）、拟 南芥（Arabidopsis thaliana）、烟草（Nicotiana tabacum）等植物 CHSs 的氨基酸序列一致性超过 83%,且两个 LcCHSs 的氨基酸序列中参与 CHS 酶类催化的 3 个残基（Cys164、His303 和 Asn336）和两段 CHS 酶类重要序 列 (“RLMMYQQGCFAGGTVLR”和“GVLFGFGPGL”）均严格保守,表明 CHS 在进化功能上的保守性。 三级结构预测表明两个 LcCHSs 都能形成同源二聚体,且两个 LcCHSs 蛋白的空间结构非常相似。     

不同基因型丙型肝炎病毒E1、E2蛋白生物信息学分析

目的对不同基因型的丙型肝炎病毒（HCV）的E1、E2蛋白进行生物信息学比较分析,以找出重要的生物信息学数据。方法从Gene Bank中获取不同基因型HCV的E1、E2蛋白核苷酸与氨基酸序列,运用DNA Star,ClustalX,Bio Edit等国际通用的软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对,计算核苷酸和氨基酸同源性。在线软件TMHMM v2.0分析E1、E2蛋白跨膜区。AntheProt5.0软件分析二级结构。结果 E1氨基酸起始于aa 193—aa196和终止于aa 382—aa 383,E2蛋白氨基酸起始于aa 384和终止于aa 744—aa 754。不同基因型间E1、E2蛋白基因核苷酸同源性为59.7%-77.0%,氨基酸同源性为60.6%-82.8%。E1、E2蛋白存在3个跨膜区：E1存在2个跨膜区,位于aa 273—aa 293和aa 363—aa 383;E2蛋白存在1个跨膜区,位于aa 723—aa 744。二级结构分析发现不同型HCV E1、E2蛋白富含α螺旋（21%-30%）,β折叠（26%-36%）和卷曲结构（43%-48%）。结论HCV E1、E2核苷酸和氨基酸序列表现为较大的异质性,其蛋白跨膜区富含α螺旋,胞外区以β折叠为主。     

恶臭假单胞菌铜抗性操纵子生物信息学分析

用生物信息学方法对恶臭假单胞菌铜抗性操纵子基因相似性,蛋白质的亲疏水性,蛋白质高级结构,蛋白质的功能进行分析。结果表明:恶臭假单胞菌铜抗性操纵子与丁香假单胞菌有较高的同源性,而与大肠杆菌距离较远,这意味着该操纵子可能来源于丁香假单胞菌。     

啤酒酵母泥中一种新型SOD的提取

啤酒酵母泥以异丙醇破壁处理,以磷酸钾缓冲液提取超氧化物歧化酶(SOD),通过单因素和正交实验优化了提取条件。结果表明,提取SOD的最佳条件是:以100%浓度异丙醇破壁处理150 min,以pH 5.0磷酸钾缓冲液为提取剂,液料比36 m L/g。在此条件下,SOD的得率为1 257.2 U/g。纯化后的SOD酶液主要含有分子量大小为25.46 k D和49.53 k D两种蛋白,其中分子量25.46 KD的蛋白与NCBI蛋白质数据库中baker’s yeast中SOD的分子量相符合,该酶理论等电点为8.49,与中文文献中报道的SOD均不同,是一种新型SOD。     

线性B细胞表位预测的生物信息学资源和工具的研究进展

B细胞表位鉴定是表位疫苗、免疫诊断试剂和治疗抗体研发的关键。表位的实验鉴定方法成本高,且费时费力;生物信息学方法为B细胞表位的筛选鉴定提供了一条经济、快速的技术路线。近10年来,线性B细胞表位预测的计算方法及相关数据库得到较快发展,但总体预测表现尚不能令人十分满意。本文就线性B细胞表位预测的生物信息学资源和工具的最新进展作一综述,并指出该领域当前存在的主要问题以及未来改进和发展的方向。     

新型肠毒素蛋白SElK编码基因的克隆测序、生物信息学分析和表达载体构建

采用微波加热法提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,根据NCBI上登录的肠毒素基因sek设计引物,PCR克隆selk基因,对selk基因测序并进行生物信息学分析,在此基础上构建重组表达质粒p ET-32a(+)-selk.测序结果表明本研究克隆得到具有正确编码序列的新型肠毒素selk基因;Protparam分析表明在一级结构水平上该蛋白具有较高的热稳定性;亲疏水性分析表明SEl K蛋白是一个亲水性较高的蛋白质;同源建模表明SEl K蛋白的domain B结构域缺乏传统肠毒素所具有的胱氨酸环,但SEl K蛋白domain B中β-折叠片数量比传统肠毒素更高.这些结果为进一步研究SEl K蛋白的结构与功能奠定基础.     

第八届全国核糖核酸学术讨论会

<正>所属学科:生物物理学、生物化学及分子生物学,细胞生物学,遗传与发育生物学,生物技术与生物工程,生物信息学,生物医学工程学开始日期:2014-04-11结束日期:2014-04-12所在城市:安徽省合肥市具体地点:蜀山区黄山路443号中国科学技术大学生命科学学院主办单位:中国生物化学与分子生物学会核糖核酸专业委员会     

has-miR-155-5p靶基因预测及其生物信息学分析

深入了解miR-155-5p参与的生命过程和疾病类型,为后续的功能研究提供理论依据。对miR-155-5p进行生物信息学分析发现,已知的其成熟序列在不同物种间高度保守;基因本体论(GO)分析发现其分子功能显著富集于杂环化合物结合、核酸结合等,生物学过程主要富集于细胞大分子代谢、生物调节和有机物代谢等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现其显著富集于癌症通路、MAPK和Fox O信号通路等。分析结果表明miR-155-5p通过调控靶基因在人类生命活动和疾病发生发展过程中起重要作用,尤其是作为癌症早期诊断和预后的生物标志值得进一步研究。     

CD4+T细胞表位预测及其应用

目前,运用生物软件预测CD4+T细胞表位的技术越来越成熟,为表位疫苗的研究提供了有利的条件.对T细胞表位预测技术及其应用进行了综述.