基于疾病信息网络的表型相似基因搜索

人类基因组计划的成果推动生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因,称作\"表型相似基因\",具有重要的研究价值和广阔的应用前景,成为一个新兴的研究热点.然而,生物医学领域尚没有利用计算机方法开展基于\"基因-疾病-表型\"关系网络的表型相似基因搜索研究.对此,利用疾病公开数据库构建了包含基因、疾病、表型这三类异构类型节点的疾病信息网络,并设计了基于疾病信息网络的相似基因搜索算法gSim-Miner.针对疾病表型数据的特点,设计了剪枝策略提高算法效率.通过在真实数据上的实验,验证了疾病信息网络对搜索表型相似基因的适用性,以及gSim-Miner算法的有效性,执行效率和可扩展性.