基于疾病信息网络的表型相似基因搜索

人类基因组计划的成果推动生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因，称作"表型相似基因"，具有重要的研究价值和广阔的应用前景，成为一个新兴的研究热点.然而，生物医学领域尚没有利用计算机方法开展基于"基因-疾病-表型"关系网络的表型相似基因搜索研究.对此，利用疾病公开数据库构建了包含基因、疾病、表型这三类异构类型节点的疾病信息网络，并设计了基于疾病信息网络的相似基因搜索算法gSim-Miner.针对疾病表型数据的特点，设计了剪枝策略提高算法效率.通过在真实数据上的实验，验证了疾病信息网络对搜索表型相似基因的适用性，以及gSim-Miner算法的有效性，执行效率和可扩展性.