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1.
一种基于彩色编码技术的基序发现算法   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
王建新  黄元南  陈建二 《软件学报》2007,18(6):1298-1307
从DNA序列中发现基序是生物计算中的一个重要问题,序列条数K=20包含基序用例的序列条数k=16的(l,d)-(K-k)问题(记作(l,d)-(20-16)问题)是目前生物学家十分关注的基序发现问题.针对该问题提出了一种基于彩色编码技术的SDA(sample-driven algorithm)搜索算法--彩色编码基序搜索算法(color coding motif finding algorithm,简称CCMF算法).它利用彩色编码技术将该问题转化为(l,d)-(16-16)问题,再采用分治算法和分支定界法来求解.在解决将(l,d)-(20-16)问题转化为(l,d)-(16-16)问题时,CCMF算法利用彩色编码技术将4 845个组合降低到403个着色,这将极大地提高算法的整体运行效率.使用模拟数据和生物数据进行测试的结果表明,CCMF算法能够快速发现所有(l,d)-(20-16)问题的基序模型和基序用例,具有优于其他算法的综合性能评价,能够用于真实的基序发现问题.同时,通过修改着色方案,CCMF算法可以用于求解一般的(l,d)-(K-k)问题,其中,kK.  相似文献
2.
基于不同算法的Motif预测比较分析与优化   总被引:2,自引:1,他引:1       下载免费PDF全文
张斐  谭军  谢竞博 《计算机工程》2009,35(22):94-96
研究转录因子结合位点(TFBs)的主要预测模型及其预测的算法,通过基于调控元件预测的3种代表性的算法MEME、Gibbs采样和Weeder预测拟南芥基因组。比较结果表明,Gibbs采样算法和Weeder算法预测长、短motif效率较高。重点分析MEME算法,提出结合不同算法查找motif的优化方法,并以实验验证该方法能有效提高预测效率。  相似文献
3.
异构机群上高效可扩展的Motif发现并行算法   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
李锦  钟诚 《计算机科学》2012,39(3):279-282
在节点具有不同计算速度、不同通信能力的异构机群系统上,分别建立求解l≤16和l>16的Motif发现问题的最优序列分配模型,在此基础上设计实现融合投票和统一投影-邻居阈值思想的Motif发现并行算法。实验结果表明,给出的基于最优序列分配策略的Motif发现并行算法具有良好的加速和可扩展性,优于采用平均分配策略的Motif发现并行算法。  相似文献
4.
基序查找是生物信息学中的一个重要问题,由于生物序列中大多数信号的复杂性,一直没有很好的模型或可靠的算法来求解这一问题.本文提出了一种基于统一投影和邻居桶聚集提炼策略的基序查找算法UPNT(Uniform Projection with Neighbourhood Thresholding).在UPNT算法中,利用统一投影策略有效减少了投影数目,并使用邻居桶聚集提炼的策略大大减少了提炼桶的数目.本文进一步使用背景分布均衡与非均衡的合成(l,d)序列两套数据集对算法性能进行测试和分析,实验结果表明:UPNT在成功率和运行时间上的综合性能优于Random Projection、Aggregation和Uniform Projection等投影算法,具有更强的适用性.  相似文献
5.
张斐 《微机发展》2011,(10):171-175
主要研究了如何评价蛋白质家族Motifs预测算法的预测结果,目的是在对传统的算法预测问题分析优化的基础上,制定新的评价策略。主要方法是通过对MEME算法和PKG算法预测结果的比较分析,计算同一家族中Motifs的敏感性和特异性并比较它们对应的ROC曲线,确定真实的Motifs,进而获得该蛋白质家族的最佳Motifs的模型。实验结果表明这种评价策略可用于算法对蛋白质家族Motifs预测结果的评价,还可利用确定的最佳Motifs搜索数据库来预测蛋白质家族中其他的Motifs。  相似文献
6.
在数据共享平台进行DNA模体识别的过程中,如何防止个体信息泄露已成为该领域发展的研究热点。对此,设计并实现了基于差分隐私的DNA模体识别安全共享平台,内置多种满足差分隐私保护模型的DNA模体识别算法,实现数据源选择、算法选择、隐私预算设置、结果评估、图形化结果展示等功能。同时,除具备对内置DNA数据的模体识别外,还允许科研人员自主上传、共享DNA数据库,并对共享的DNA数据进行差分隐私模体识别,为科研工作人员提供安全可靠的基因序列分析研究平台和数据共享平台。通过平台测试证明,安全共享平台能够实现DNA数据的有效识别和安全共享,设计方案有效可行。  相似文献
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