基于转录组测序的异常汉逊酵母菌不同发酵时期差异表达基因功能分析

异常汉逊酵母(Hansenula anomala)具有较强的发酵力和酯化力,并能积累色氨酸。为了进一步理解其发酵过程中的基因表达与代谢的关系,在转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,分别对5个发酵时间点(0、24、48、72、96 h)的异常汉逊酵母菌的差异表达基因的功能进行了分析。结果表明,各发酵时间点与其相邻的上一个时间点相比,发酵24、48、72、96 h的上调表达的基因数量分别为585、487、154、615,下调表达的基因数量分别为1 112、725、5、245。差异表达基因功能的GO富集和KEGG通路富集结果表明,异常汉逊酵母菌的代谢强度在0～48 h下降,48～96 h上升,并且在96 h时,具有较强的代谢活动和遗传信息处理能力。产色氨酸通路的差异基因表达矩阵分析表明,异常汉逊酵母菌合成色氨酸的速率在0～24 h下降,随后上升;而色氨酸的分解速率从0～48 h上升,随后下降。这些结果可为异常汉逊酵母菌的分子育种及其代谢调控研究提供理论依据。     

基于全基因组De novo测序的异常汉逊酵母菌株792基因组重复序列的分布特征研究

重复序列是基因组的重要组成部分,对生物的进化、遗传和基因的表达调控有重要作用.本研究利用生物信息学方法,在异常汉逊酵母菌株792全基因组de novo测序的基础上,对基因组重复序列的分布特征进行了研究.结果表明,其全基因组中重复序列总长346 417bp,其中,串联重复序列238 164bp,散在重复序列108 253bp,占基因组长度的2.52%,平均每4.05Kb就有一个重复序列.微卫星DNA序列中重复单元拷贝数大多低于15次,其优势碱基类型为三核苷酸重复,重复单元基序为AAC的微卫星序列数目最多;小卫星DNA序列重复单元拷贝数小于微卫星DNA,主要分布1~3次,重复单元大于15bp的小卫星序列数目随着重复单位长度的增加呈下降趋势.散在重复序列中长末端重复序列(LTR)数目最多,滚环(RC)平均长度最长.本研究结果为汉逊酵母菌的分子定向育种和SSR分子标记的开发提供理论基础.