GROMACS 2020在ROCm平台上的移植与优化

GROMACS是应用广泛的开源分子动力学模拟软件,当前主要通过CUDA使用NVIDIA GPU进行加速计算。ROCm是一个开源的高性能异构计算平台。基于ROCm平台的HIP编程语言,首次实现了GROMACS 2020系列在ROCm平台上的完整移植。在MI50 GPU上,以一个复杂离子液体模拟算例为目标,使用GPU性能分析工具rocprof对移植代码进行了性能分析。针对MI50硬件特性,先后对成键力核函数、静电力的PME核函数和短程非成键力核函数进行了优化,优化后运行目标算例的性能相比初始版本整体上获得了约2.8倍的加速比,在 MI50上的性能高于GROMACS原版OpenCL代码60.5%,相对纯CPU版本有约2.7倍的加速比。在另外2个具有代表性算例的单结点测试以及离子液体算例的多结点扩展性测试中,优化后的代码也达到了较好的性能提升,这表明所采用的优化操作具有一定的通用性。     

基于心理契约的知识型员工管理

概述了心理契约研究情况,认为心理契约是员工与企业之间对有关责任的隐性允诺,根椐心理契约理论,分析了知识型员工的心理契约构成、构建与维护、调整与重构这一管理全过程,提出了加强沟通、个性管理和激励3方面的建议,为加强知识型员工管理工作提供了一个新的思路和方法.     

上海长江隧道沥青路面基面条件力学分析

通过分析上海长江隧道路面基面的支撑条件,计算是否设置调平层时基面竖向位移的变化情况,分析其对沥青混凝土铺装结构的影响.结果表明,设置调平层对隧道路面的结构整体性和耐久性是非常必要的.     

北漂版“蜗居”故事

2009年12月22日下午5点多，从拥挤的北京朝阳区房地产过户大厅挣扎出来，冯淼（化名）忍不住长舒了一口气。     

EPS应急电源在广播电力系统中的应用

本文介绍了EPS应急电源的工作原理和系统组成,并与UPS电源进行了性能对比,用EPS应急电源在广播电力系统中应用的事实,证明了EPS电源所具有的巨大潜力.     

面向超大规模计算系统的监控、调度及网络优化实践

【目的】为应对超大规模计算系统所带来的监控数据风暴、作业调度稳定性及灵活性、网络复杂度及高效性等实际挑战,本文分享了近期真实实践的经验和解决办法。【应用背景】当计算系统从P级逐渐向E级过渡,节点数量可超过10000个。在计算系统设计之初就需要确定网络拓扑的选型,而在系统的具体使用中更是离不开高效的调度和及时的监控。【方法】本文采用了基于动态负载均衡的分布式监控架构设计,基于高速缓存的分布式告警架构设计,基于SLURM的源码和配置优化,以及nd-Torus网络拓扑仿真对比等相关技术手段,基本满足了实际业务使用需求。【结果】数据表明,对于~10000节点的计算系统,实时告警数据库表的数据量大小基本可以控制在100万条以内。优化后的SLURM调度系统,可满足系统的业务级调度需求。网络方面,6D-Torus网络由于网络直径低、平均通信距离短,性能和网卡线缆用量较Fat-Tree网络和3D-Torus有一定提升,饱和吞吐率超过40%。【结论】分布式监控架构和告警架构可以有效解决监控数据风暴问题。SLURM在优化后可以实现对超大规模计算系统的作业调度功能。就线缆和交换机使用数量而言,6D-Torus相对于传统Fat-Tree网络更加经济,且性能优于3D-Torus,更适合超大规模计算系统。     

1035mm2高强度大截面型线导线耐张线夹的研制

JLHA2X/G1A-1035/75大截面型线导线是目前国内铝截面最大的架空导线,具有载流大,线损小,计算拉断力大的特点,同时该导线型线的结构设计还带来了弛度低、自阻尼性能特性好等优势,溪洛渡右岸电站送电广东±500kV同塔双回直流输电工程在国内首次选用了该导线,因此需要设计配套的耐张线夹,在设计过程中,经过反复计算,克服了型线表面光滑,摩擦力小,压缩间隙小的困难,确定了耐张线夹的主要尺寸,并试制了样件,完成了相关试验,成功的完成了该导线配套耐张线夹的试制.     

我国页岩气勘探开发的若干关键问题

我国页岩气资源丰富,作为独立矿种,已成为煤层气、页岩气、天然气水合物3大非常规天然气资源的典型代表,但目前我国页岩气勘探开发面临诸多关键问题,如市场未完全放开、缺乏政府政策支持、缺乏页岩气勘探开发的核心技术和关键装备、页岩气资源勘察程度较低等.为此,需要通过自主研发和集成创新,形成页岩气开发的核心技术和关键装备;以国家政策扶持、引入民营企业竞争等方式,快速形成页岩气勘探开发的优势环境,采取与国外成熟公司合作开发的模式,以加快我国页岩气开发利用的进程.     

用扫描电镜观察DFRIKN-1分离物菌体的方法研究

[目的]选择合适的样品处理方式,在扫描电镜下清晰地观察DFRKN-1 分离物菌体的表面结构特征.[方法]以不经过固定液处理的菌体为对照.将使用戊二醛、卢戈氏碘液、福尔马林固定的DFRKN-1分离物菌体细胞采用离心法、直接干燥法收集,进行酒精梯度逐级脱水,干燥并真空喷金后在扫描电镜下观察.[结果]不经过固定液处理的菌体形态脱水变形,经过固定液固定后的样品仍然保持原细胞形态,且戊二醛的固定效果优于其他2种固定剂;离心法不能收集到游动孢子,而直接干燥法收集则弥补了这一缺陷.使用戊二醛固定,直接干燥法收集菌体是处理DFRKN-1 分离物样品的最优选择.在电镜下观察到DFRKN-1 分离物表面的假根、游动孢子以及孢子囊的释放孔.[结论]通过扫描电镜观察DFRKN-1 分离物的结构特征,为研究其与根结线虫的作用机制提供参考.     

应用分子力学研究表面吸附能的可行性

为了节省计算时间和资源,研究真实体系的表面吸附问题,少数科研工作者采用分子力学研究分子的表面吸附问题。但是我们知道分子力学方法采用了“Born-Oppenheimer”近似,忽略了电子的运动,只计算与原子核位置相关的体系能量,因此不能求解与电子运动和分布相关的问题。然而表面吸附可以划分为物理吸附和化学吸附两种情况。在物理吸附过程中,分子的电子运动和分布并没有发生变化。而在化学吸附过程中,分子的电子运动和分布发生了变化。那么用分子力学来研究表面吸附中的物理吸附过程忽略化学吸附,到底会对最终的吸附分析造成多大的误差呢?用分子力学来研究表面吸附究竟是否可行呢?为了消除这些困惑,我们通过分子力学优化计算得到了TiO_2(110)表面对无机分子(H_2O,CO_2),有机小分子(CH_3OH,CHOOH,CH_2O),共轭分子(Bi-isonicotinic acid)的分子吸附能,并将这些吸附能与实验,其他量化计算(DFT,PM3)的结果进行对比。我们的数据表明,用分子力学计算得到的吸附能与实验值,量化计算值都相当接近。因此用分子力学来研究表面吸附是可行的。