蛋白-核酸相互作用的支持向量机预测模型

与核酸作用的蛋白质在基因功能许多方面扮演着极其重要的角色,预测蛋白质是否与核酸作用在生物信息学领域受到广泛关注。本文用氨基酸组成、氨基酸物化特性和蛋白质结构等信息作为特征参数,通过支持向量机方法预测了与核酸作用的蛋白质。分别取与rRNA,RNA和DNA作用的3个蛋白质数据集,用SVM训练,筛选最优核函数,优化核函数参数,建立分类判别模型,并用于预测蛋白质是否与核酸作用。结果表明:即使对同源相似性低于40%的蛋白质,通过用10-crossvalidation(交叉验证)方法测试上述3个数据集都分别有93.75%、83.41%、81.85%的预测正确率。用外部测试集测试所得模型分别有93.8%、84.2%、81.9%的预测正确率。在此基础上,我们建立了1个预测蛋白质与核酸是否作用的网上在线软件系统。网址是:http://chemdata.shu.edu.cn/protein_na。