“蛋白质的结构与功能”教学浅探

开展蛋白质结构与功能课程对于研究生的科研选题和学科前沿动态的掌握都有着重要的意义,而蛋白质结构与功能课程内容深奥,抽象性强,学习起来难度较大。如何在有限的课时内使学生掌握基本内容,同时提高学生在实践中分析问题、解决问题的能力,并具有从事蛋白质结构与功能相关研究技能的人才是非常值得探讨的问题。本文从优化教学内容和教学方法方面探讨了该课程的改革。     

抗病毒类化合物结构与离解速率的关系

为了解决如何筛选出更加有效的抗病毒类化合物的问题,研究了离解速率(k_(off))与抗病毒类药物结构的关系,理论依据是k_(off)常用于评价药物在人体开放性系统中的活性.首先,应用分子描述符软件计算出每个抗病毒类化合物的分子描述符,并使用多元逐步回归分析法、偏最小二乘法和遗传算法3种方法对描述符进行筛选.然后,分别采用支持向量机和BP神经网络方法建立抗病毒类化合物的k_(off)的预测模型,并用测试集对模型进行了验证.结果表明:筛选出了具有良好预测能力的描述符,建立的2个预测模型经验证均合理,对未来抗病毒类药物的研制具有指导意义.     

蛋白质-RNA对接中打分函数设计及RNA结合位点识别研究进展

分子对接是目前研究蛋白质-RNA相互作用与识别的有效方法之一.其中,打分函数的合理设计与分子结合位点的准确识别对成功预测蛋白质-RNA复合物结构至关重要.结合小组的工作,对用分子对接方法预测蛋白质-RNA复合物结构中所涉及2个关键性问题(即分子对接打分函数的设计和RNA结合位点的预测)及研究进展进行了回顾,并对几种常用的方法进行了比较.最后分析了这两方面研究目前所存在的主要问题,并对未来的发展方向进行了展望.     

雅培c16000全自动生化分析仪上的试剂交叉携带污染发现及解决方案

为了解决临床生化检测中隐蔽的交叉携带污染,提出了一种合理普适的交叉携带污染评估和解决方案.该方案采用雅培c16000全自动生化分析仪,设计合理普适的交叉携带污染测定试验及特殊的污染清洗程序,对体外诊断市场中占有率较高的中生试剂的交叉携带污染情况进行评价,通过对31个临床常规检测试剂盒的930个组合进行交叉携带污染试验,对隐蔽性的交叉携带污染提出判定标准,并对具有交叉携带污染的组合用提出的特殊的清洗程序进行清洗.结果表明,传统标准仅识别出10个具有交叉携带污染的组合,而提出的新标准比传统标准额外识别出了5个交叉携带污染组合.对以上15组具有交叉携带污染的组合用提出的特殊的清洗程序进行清洗,其污染率绝对值全部显著降低,且交叉携带污染情况全部得到消除.     

“分子生物物理”课程建设中的探索

在课程建设的众多环节中,建设合适的教学内容和运用恰当的教学方法至关重要。就"分子生物物理"课程建设中,如何把握好以上两个环节,从而更好地培养研究生的动手能力,激发他们的创新精神方面做了初步探索。     

S-1360引起HIV-1整合酶多位点耐药突变的机理

为了探讨二酮酸类药物引起整合酶的耐药性机制,选取S-1360存在下产生的HIV耐药突变株TEQ:[T661,E138K,Q146K]和TLAEQSKVV:[T66I,L74M,A128T,E138K,Q146K,S153A,K160D,V1651,V2011]进行了分子动力学等计算机模拟研究.结果表明,S-1360引起IN产生耐药性与Loop区及Loop2区的柔性有关,并且耐药突变导致Helix4和Loop区相连处的结构发生变化.     

HIV-1辅助受体的研究进展

综述了HIV辅助受体研究的新进展,特别是有关细胞嗜性、CXCR4在介导病毒进入细胞中的作用、gp120与CXCR4的作用区域、CCR5的结构及其在介导病毒进入细胞中的作用、gp120与CCR5的作用区域。人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染细胞时,病毒先附着在细胞表面的CD4分子上,除CD4外,还需要辅助受体的帮助病毒才能进入细胞,其中两种主要的辅助受体是CXCR4和CCR5。通过对HIV辅助受体的研究可为研制抗艾滋病新药提供更多的理论依据。     

基于改进的CoMFA方法研究新生霉素抑制剂的定量构效关系

为了改善药物开发过程中由于候选分子类药性差而导致药物开发失败的现状,通过克服比较分子场分析(CoMFA)自身描述符的局限性,对70个新生霉素小分子进行大量的描述符计算,每个小分子得到6 122个描述符,并对所得描述符进行筛选,将最终获得的4个关键描述符引入标准CoMFA模型中,以获得有助于判断目标小分子是否具有类药性的改进的CoMFA模型.结果显示,所得最优模型是同时添加了POS_05_-O-和极性可及面积(polar surface area,PSA)两个描述符的.通过对该改进的CoMFA模型进行统计分析,发现该模型的Q~2、R_(ncv)~2和R_(pre)~2均比标准CoMFA模型提高.所得模型的等高线图为分子改造提供了建议,并验证了模型的可靠性.分析POS_05_-O-和PSA描述符在70个小分子中的分布,发现有20个小分子既含有POS_05_-O-描述符,且PSA在90~110,占高活性分子的91%,表明这2个描述符的确有利于提高小分子活性,同时也有利于分子的口服生物利用度.     

生物物理课中“互动式”教学方法初探

＂互动式＂教学模式突出＂以人为本＂的教育思想,是以培养学生自主意识和创新能力为目标的教学结构模式。在生物物理教学改革中,探索了互动式教学方法的应用,取得了良好的教学效果。