沙门氏菌核酸检测试剂盒的评价

采用室内技术参数验证和协同实验的方式对商品化沙门氏菌核酸检测试剂盒在食品中沙门氏菌核酸检测上的包容性、排他性、灵敏度、特异性、准确度、检测限、耐变性、批间变异进行评价。评价结果表明,试剂盒检测结果与国家标准方法检测结果总体上无显著差异,能满足食品样品的检测要求;但对蔬菜制品的灵敏度较其他食品低,与国家标准方法有显著差异,因此该商品化试剂盒不适用于蔬菜制品中沙门氏菌核酸的检测。     

应用SELEX技术筛选沙门氏菌抗原的适配子

目的:应用指数富集配体系统进化(SELEX)技术筛选沙门氏菌抗原的高亲和性适配子。方法:首先合成一个全长78个核苷酸中间含35个随机序列的随机单链寡核苷酸序列(ssDNA)文库,再以环氧乙烷丙烯酸珠子作为筛选介质,利用生物素-抗地高辛碱性磷酸酶显色系统检测DNA适配子与沙门氏菌抗原的亲和力,以获得沙门氏菌抗原的高亲和性适配子。结果:随着筛选轮数的增加,DNA适配子与沙门氏菌抗原结合后显色,吸光度逐渐增加,初步获得了沙门氏菌抗原的高亲和性适配子。结论:实验所用的筛选流程是适当的,可以考虑推广用于类似靶目标的筛选。     

酱油、烤鳗酱油DNA 提取及原料成分的荧光PCR 检测

用4 种预处理方法对酱油进行浓缩,后采用CTAB 沉淀法提取DNA,再用SYBR Green Ⅰ荧光PCR 分别检测人工添加的大米gos9 基因、酱油原料成分(大豆Lectin 基因和小麦Wx012 基因)。结果显示：仅人工添加大米DNA、用CTAB 沉淀液浓缩的预处理方法提取的酱油DNA 中,大米gos9 基因、大豆Lectin 基因和小麦Wx012 基因的检测结果均为阳性,表明这种方法最适于酱油DNA 的提取。将建立的DNA 提取方法用于3 份酱油、4 份烤鳗酱油同样有效,gos9 基因检测结果均为阳性。2 份酱油检出大豆成分,2 份烤鳗酱油检出小麦成分,1 份酱油和2 份烤鳗酱油检出大豆成分和小麦成分。     

转基因玉米GA21品系LAMP检测引物的筛选及方法的建立

根据转基因玉米GA21品系的特异序列设计了3套环介导等温扩增(LAMP)引物。通过反应温度优化、特异性测定,筛选到1套特异性好的LAMP引物,包括内引物、外引物和环引物各1对。在LAMP反应体系中加入SYBR Green I荧光染料,在实时荧光定量PCR仪上进行实时监测,对筛选到的LAMP引物进行反应条件、反应体系的优化,建立了转基因玉米GA21品系LAMP检测方法。对该方法的特异性、灵敏度、稳定性进行评价,结果表明建立的LAMP检测方法能特异、灵敏、稳定地检测转基因玉米GA21品系,检测限达到0.05%。将建立的LAMP检测方法应用于玉米及其制品中GA21品系的检测,检测结果与实时荧光PCR法的结果完全一致。     

河豚毒素DNA适配子的筛选与结构分析

人工合成113个碱基的随机ssDNA文库,以河豚毒素为靶物质,采用SELEX技术进行12轮筛选,测定各轮富集文库与河豚毒素的亲和力,其中第10轮富集文库与河豚毒素的亲和力最高。将第10轮富集文库进行克隆、测序,用DNAMAN软件分析克隆子的一级和二级结构,并测定克隆子与河豚毒素的亲和力。结果表明:与河豚毒素结合力高的DNA适配子经过10轮筛选后得到富集,成功筛选到最高亲和力的DNA适配子G10。     

多基因DNA条形码鉴定6 个鳗鱼物种

建立6?种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3?对通用引物对6?种鳗鱼的3?个基因（16S rRNA、Cyt b、COⅠ）部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6?种鳗鱼各获得3?条16S rDNA（638～643?bp）、Cyt?b（464～466?bp）、COⅠ（705～707?bp）基因部分DNA序列,从中选取各物种序列同源的片段设计3 对新引物对6 种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b、COⅠ基因部分DNA片段进行PCR扩增,其产物大小分别为504～507、400、609?bp,再从各片段中筛选出具有6?种鳗鱼物种特异性强的、碱基数分别为262、280、300?bp的3?条DNA片段序列,作为6?种鳗鱼物种的3?个基因的标准DNA条形码,应用DNAMAN?V6软件进行同源性分析,并通过GenBank数据库的比对验证,制定了供检测实践用的同源率判别指标,建立鳗鱼物种的多基因条形码检测方法。应用该方法对30?个待检鳗鱼样品进行检测,结果表明,各样品基于3?个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6?种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。     

河豚鱼16S rRNA基因部分DNA序列分析及应用

应用16S rRNA基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对3 属13 种福建省搜集的河豚鱼样品与9 个未知物种的河豚鱼样品的16S rRNA基因序列中的部分片段进行PCR扩增与脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid,DNA）碱基序列测定,各物种序列长度在611～614 bp之间。应用DNAMAN V6软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。供试13 个样品被划分为4 个类群组,群间的同源率为87%,群内同源率为94%～100%。根据序列同源性分析结果,9 个未知种名的样品被归类到3 个类群组中,推测9 个未知种名的样品为东方鲀属或腹刺鲀属。探讨了16S rRNA基因部分DNA序列测试及同源性分析技术在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。     

河豚毒素DNA适配子的制备及应用

人工合成78 个碱基的随机ssDNA文库,采用指数富集配基的系统进化技术与诱变聚合酶链式反应（polymerase chain reaction）结合的方法,通过筛选富集、克隆、测序,获得了与河豚毒素（tetrodotoxin,TTX）特异结合的单克隆DNA适配子A3。DNA适配子A3的二级结构主要为茎环结构,与TTX的亲和力为1.254。对适配子和TTX结合的磷酸盐缓冲液pH值、荧光染料结合时间进行优化,结果表明,最适pH值为7.5,最佳结合时间为10 min。建立的快速筛选检测TTX的DNA适配子-荧光染料法对TTX的检出限为10－6 mo1/L。     

影响米粉干转基因成分荧光PCR检测的若干因素分析

为提高米制品中转基因成分实时荧光PCR检测的灵敏度与检出率,以及优化样品中转基因成分的检出效果,以添加不同转基因含量的米制品(米粉干)为模拟转基因样品,对影响检测效果的因素包括样品颗粒细度、DNA提取过程中样品在CTAB裂解缓冲液中温育时间等因素进行分析。结果显示,当样品颗粒细度>100目、CTAB温育时间达到8h条件下,样品DNA提取及荧光PCR检测结果最好;在最优化的条件组合下,样品转基因成分的检出限可达到0.001%转基因含量,是通常认为的荧光PCR检出限0.01%的10倍。     

河豚毒素DNA适配子核心区域的识别

用DNA folding form在线软件分析河豚毒素DNA适配子A3、G10的二级结构,根据二级结构,分别合成适配子A3、G10的各4个区域的5’端地高辛标记的序列。用丙烯酸-环氧乙烷珠子固定河豚毒素,测定抗地高辛碱性磷酸酶的适宜稀释倍数,用地高辛-抗地高辛碱性磷酸酶系统检测各区域与河豚毒素的亲和力,识别出适配子的核心区域。结果表明,抗地高辛碱性磷酸酶的适宜工作浓度为2×104倍稀释;合成的适配子A3的4个区域中,A3-2区域与河豚毒素的亲和力最强,即适配子A3的核心区域为A3-2区域,实际上含有47个核苷酸;合成的适配子G10的4个区域中,G10-4区域与河豚毒素的亲和力最强,即适配子G10的核心区域为G10-4区域,实际上含有56个核苷酸。