月光下的罪恶（二）

其实来马山的时候，肖剑还没有把这起交通事故看成是凶杀案，只是因为有了举报而必须例行复勘现场的程序而已。但是现在，李明山工程师的初步勘察证明，这起所谓的交通事故确实是有故意撞车之嫌疑，如果这个判断成立的话，那么。这就是一起有谋杀嫌疑的刑事案件了!     

不是对手不碰头

正"木渎"怎么没有出采迎接3月1日晚上7点左右,在工商银行投资部当副经理的韩文下班回家,把车停到富锦公寓地下车库,然后直接从负一层搭电梯上五楼。一跨出电梯,就觉异常,平时,他们家的贵宾犬"木渎",只要听到韩文走出电梯的脚步声,不用他喊话,不用他咳嗽,一定会在506室的门内汪汪大叫,它从来不会判断错:主人回家了!今天,怎么没听见"木渎"的叫声,难道它睡着了?难道它生病了?妻子在苏州工作,不是天天回家,"木渎"几乎是     

为什么水有时候救不了火 新版《十万个为什么》热点问题先睹为快

《灾难与防护》分册是《十万个为什么》第六版的新增内容,由海洋灾难与防护、地震灾难与防护、地质灾难与防护、气象灾难与防护、水利灾难与防护、农林灾难与防护、生活中的灾难与防护七大热点板块组成:生活中的灾难与防护板块,收录了时下儿童甚至成年人所关注的消防科普知识本刊摘录其中部分内容配上幽默插图以飨读者     

Pathway Hunter Tool在代谢途径分析中的应用

随着重建的基因组规模代谢网络越来越多,自动化的生物化学途径分析方法显得越来越重要,已经有多种基于此的途径分析工具开发出来了。其中,Pathway Hunter Tool(PHT)是主要用于分析代谢网络的最短路径、代谢物和酶负载点和瓶颈.以及计算相关统计学数据(如平均路径长度、平均节点连接度等)的工具。本文首先简介PHT,随后用它分析E.coli K-12 MG1655代谢网络中a-D-葡萄糖和丙酮酸之间的最短路径及其代谢网络的瓶颈,最后计算4种典型生物的平均路径长度、平均节点连接度以及它们代谢网络中节点连接度最高的10种代谢物。结果表明它的分析与计算快速、准确,加之其用户界面友好、便于操作,因此可以作为代谢途径分析的强有力工具。     

基于交叠社团相似性的生物网络关键节点识别

生物网络是研究生物特性的一个重要工具,目前已经有许多方法用于研究生物网络,关键节点分析是其中最常用的方法之一。关键节点分析通常是根据一定的规则为网络中的各节点分配一个函数值,并由此来确定网络中各节点的重要程度,目前已经发表了一些方法。然而,这些方法在单独使用的情况下,获得的关键节点的生物学意义一般较低,存在一定的缺陷。本文从节点对社团贡献的角度建立关键节点识别方法,首先提取网络中富含生物学功能意义的社团,然后依据交叠社团的相似性为各节点分配贡献值,最后通过两个生物网络实例论证了方法的有效性。     

重建代谢网络及其结构与功能的分析

文中研究重建代谢网络及分析其拓扑结构与功能.首先,详细介绍用于重建代谢网络的主要数据类型以及相关数据库.然后,介绍重建和精练代谢网络的方法,及重建苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)代谢网络的工作.用代谢物图表示该网络,共830个节点,1 132条连线.最后,分析网络的拓扑结构特征,借助代谢网络"蝴蝶结"结构的特征对其予以简化,并从网络的小世界效应、节点度分布和关键代谢物3方面分析其巨强连通体.该巨强连通体的平均路径长度为8.63,节点度分布符合幂律分布,表明它是一个典型的小世界和无标度网络.同时,研究结果表明其关键代谢物均具备重要的生物学功能意义.     

用约束法研究大肠杆菌代谢网络的核心模型

随着可用的基因组水平代谢网络越来越多,计算方法在这些网络的分析中越来越重要.约束建模法只需少量参数即可建立模型,备受代谢网络分析的重视.本文借助COBRA工具箱,采用约束建模法对1个含137个基因,72个代谢物和95个代谢反应的大肠杆菌代谢网络核心模型进行分析,主要包括:计算其最优生长率,模拟动态生长情况,并做鲁棒性、基因删除、通量可变性以及统一随机取样等有关约束的分析.本研究提供了对大肠杆菌代谢网络核心模型进行约束建模分析的1个框架.     

酵母蛋白网络的功能模块与关键蛋白研究

蛋白交互网络在各种细胞功能和生命过程中发挥着至关重要的作用。对它的结构特征进行分析吸引了众多科研人员的关注,功能模块与关键蛋白的识别是其中的重要研究主题。本文主要使用模拟退火算法分析了酵母蛋白交互网络的功能模块,同时结合使用多种中心化指标识别了其中的关键蛋白,并讨论了这些功能模块和关键蛋白的生物学意义。     

Petri网在代谢网络模块化分析中的应用

代谢网络的模块化分析有助于理解网络的结构和功能。然而,当前众多的模块化分析方法大多将代谢网络考虑为普通的复杂网络,所得模块的生物学意义较低。对枯草芽孢杆菌的核黄素代谢进行Petri网建模分析,研究结果表明：Petri网的T不变量可用于识别代谢网络中的功能模块,具备较好的生物学意义。     

代谢网络结构与功能的Petri网分析

发展基因组尺度代谢网络模型的模拟和分析方法有助于学习这些网络的结构与功能关系,是当前计算系统生物学领域的一个重要研究主题。由于具备严格的数学描述,直观的图形表达,外加存在众多的算法和工具,Petri网可能成为代谢网络模拟和分析的有力工具。应用位置/变迁网来分析代谢网络的结构与功能特征,首先建立了巴斯德毕赤酵母代谢的Petri网模型,随后计算了该模型中的P、T不变量,并讨论了它们的生物学意义。