梭曼与乙酰胆碱酯酶(AChE)受体的对接研究

根据梭曼与AChE体系的对接要求，对CVFF力场中P—F键的参数进行了修改和补充。之后运用新建的力场参数，对梭曼与AChE进行了对接研究，并实现了应用量子化学／分子力学方法ONIOM(B3LYP／6—31G(d)／／UFF)对大分子体系的计算研究。分子力学对接研究表明，新参数与原CVFF力场有较好的一致性，可以完全适应于所研究的体系。同时，通过计算得到10个低能量构象，其中两个最低构象的结构与ONIOM计算结果一致，这也表明对于研究大分子与小分子对接等过程特别是构象搜寻方面，CVFF力场仍然可以得到比较合理的结果。但ONIOM计算也显示出分子力场方法在处理受体与底物之间易发生化学反应或有化学反应产生趋势的体系时会产生误差，对强氢键的估计不足将限制其应用范围。     

一种新的半乳糖苷酶检测底物的合成

设计合成了一种新的半乳糖苷酶(GALase)检测底物—2-氯-4-乙酰基苯基-β-D-半乳糖苷(CAP-GAL),产物结构经红外光谱、核磁共振谱及元素分析得到确证.合成方法如下:以2-氯-4-乙酰基苯酚和溴代乙酰半乳糖为原料,在丙酮-无水碳酸钾体系中进行缩合反应,得到固体粗品经重结晶后,在甲醇-甲醇钠体系中进行脱乙酰基反应即得目标化合物.     

快速热退火对多层Ge量子点晶体质量的影响

使用超高真空化学气相淀积(UHV/CVD)设备在Si衬底上生长多层Ge量子点,用双晶X射线衍射(DCXRD)、拉曼光谱(Raman)等手段表征在不同条件下快速热退火的Ge量子点材料的组分、应力等特性,研究了快速热退火对多层Ge量子点晶体质量的影响.结果表明:随着退火温度的升高,量子点中Ge的组分下降,量子点应变的弛豫程...     

2—氯—4—硝基苯基—半乳糖苷的合成

２┐氯┐４┐硝基苯基┐半乳糖苷的合成丁晓琴＊胡宗华（天津医药科学研究所，天津３０００７０）β－Ｄ－半乳糖苷酶［Ｅ．Ｃ．３．２．１．２３；ＧＡＬａｓｅ］是广泛存在于肾小管的新生溶酶体酶，在肾脏功能受到损伤以后，它是肾组织修复功能的重要标志。目前用于ＧＡ...     

从头计算研究水溶液中有机化合物的pKa值

运用量子化学方法计算水溶液中一些含氮小分子化合物和醇、酚、羧酸的pKa值。采取从头计算的Hartree-Fock法和6- 31G(d,p)基组,以及aug-cc-pVDZ基组,密度泛函理论的B3LYP法6-31G(d,p)基组,分别优化分子和离子的气相几何结构,采用极化连续介质模型模拟溶质和溶剂分子间的相互作用,不同方法和基组计算结果差别不大,18个化合物的均方根误差均为1．03,预测值与实验值的相关系数均为0．98,一致性较好。证明HF／6-31G(d,p)法和模型计算或预测含有相同官能团的小分子的pKa数值很合理,能够为研究药物分子体系的构效关系提供精确的pKa参数。     

μ-芋螺毒素电子结构与构效关系研究

探讨μ-芋螺毒素的活性部位、作用方式及结构-活性关系,讨论μ-芋螺毒素同肌肉型钠通道受体的相互作用特点。采用AMl方法对μ-芋螺毒素的代表物μ-GIIIA整体分子进行量子化学计算。研究结果表明分布于μ-GIIIA分子笼形结构表明突出部位的几个极性氨基酸如Arg~(13)、Arg~(19)、Arg~1、Lys~(11)、Lys~(16)等是主要的正电荷区域,在与受体结合时是接受电子的主要部位；Hyp~(17)、Asp~(12)等为主要的负电荷区域,为供电子的主要部位。通过与经典的钠通道拮抗剂比较,发现在μ-GIIIA(肌肉型钠通道拮抗剂)中,相近的极性氨基酸侧链之间正负电荷部位的距离为8(?),而神经型钠通道拮抗剂正负电荷部位之间的距离为4(?)作用,从而解释了这两种钠通道拮抗剂与不同受体亚型作用的原因,并由此探讨了这两种受体亚型的不同的电子结构特征。     

基于AHP和CRITIC综合赋权的K-means算法

传统的K-means算法认为被分析样本的各个属性在聚类中作用是相同,针对这种不足,提出一种基于AHP和CRITIC综合赋权的K-means聚类算法.首先利用CV-K-means方法计算每个属性的权重,从而两两进行比较得到判断矩阵.然后,根据层次分析法（AHP）确定各个属性的主观权重,再利用CRITIC方法确定各个属性的客观权重.采用差异系数法确定组合系数,实验证明该算法的聚类精确度高于传统K-means算法.     

甲胺磷碱性水解机理与反应速率常数理论计算

运用密度泛函(DFT)理论,研究了农药甲胺磷分子在碱性条件下,水解微观反应机理和速率常数。在B3LYP/6-31+G(d,p)水平上分别优化了水溶液相反应途径上各反应态的几何结构,溶剂化模型采用连续极化连续模型(CPCM)。并用频率分析方法和内禀反应坐标(IRC)计算,分别确认了过渡态的结构和反应途径。计算结果表明,反应决速步骤为第一步氢氧根离子进攻反应物,对3个不同离去基团(甲氧基TS2、甲硫基TS1和氨基TS5)活化自由能分别为15.64 kcal/mol、17.19 kcal/mol和25.80 kcal/mol。采用经Wigner校正的Eyring过渡态理论,计算了(100～1200)K温度范围内的各通道反应速率方程分别为,InK(C-O)=11.19524-2.37134×1000/T;Ink(C-S)=11.68184-3.28612×1000/T;Ink(C-N)=12.03234-7.73338×1000/T,3个方程的相关系数分别为R=-0.99809;-0.99891;-0.99981。计算结果显示甲胺磷在碱性条件下不稳定,能水解,并首先解离的是甲氧基和甲硫基,反应具有较大的自发反应趋势,氨基在碱性条件下不易离去。研究结果为解析有机磷杀虫剂在不同条件下的水解反应机制提供理论依据。     

检测碱性磷酸酶用对乙酰基苯基磷酸二钠盐的合成

对乙酰基苯酚在吡啶存在下与三氯氧磷反应,在碱性条件下水解,得到了一种能提高碱性磷酸酶测量准确度的底物——对乙酰基苯基磷酸二钠盐,产品结构经红外光谱、核磁共振谱及元素分析确证。由于采用340 nm作为测量波长,免除了使用波长400 nm时血清中胆红素和血红蛋白的干扰,提高了碱性磷酸酶测量的准确性。     

酶底物对硝基苯-α-D-吡喃葡糖苷的合成

以葡萄糖为原料，经乙酰化、缩合、分离、脱乙酰化4步反应，合成了临床检验需要的α-葡糖苷酶底物——对硝基苯-α-D-吡喃葡糖苷。所合成的底物通过红外、紫外、核磁、旋光和元素分析确认了结构。