网格计算的应用支持平台和运行环境分析

从软件技术的角度,采用多种分类方法,介绍支持科学计算在网格环境运行的主要难点和技术策略,并通过几个相对成熟的网格科学计算应用支持平台和运行环境研究项目探讨现阶段支持网格科学计算的可行方案和计划。     

一种面向生物基因组可变剪接问题的网络并行求解方案

生物基因的可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,具有重要的生物学意义.随着生物数据的快速增长,单机计算环境难以满足可变剪接研究所需要的超大计算能力.为了解决这一问题,提出了一种面向生物基因组可变剪接问题的网络并行求解方案.它充分考虑了可变剪接问题的挑战,设计了面向服务的网络资源虚拟化方案,提供了对网络资源一致的选择、访问、监控接口.通过一组API提供了面向用户的应用层支持,屏蔽了访问网络资源的细节,支持用户快速有效的开发应用程序.     

网格计算环境下的I／O支持机制的分析、改进与实现

在广域的网格计算环境下，计算所在站点常常远离相关的数据站点和用户控制台。因而网格计算环境下启动管理远处计算应用就要不可避免地考虑为其提供I／O支持(包括传入输入文件、传出输出文件，标准输入、标准输出和标准出错等3个特殊文件的处理)。网格计算环境的系统，如Condor，Legion和Globus等，都给出了各自的I／O解决方案。这些解决方案满足了启动远程计算对I／O机制的大多数的需要，已获得广泛的使用。但这些解决方案在设计时没有考虑到两个实际中的I／O需要——用户在计算过程中实时的标准输入和中间结果文件的实时传走，因而不能解决这两个实际需要。所以，本文提出了在网格计算环境下远程计算的I／O支持系统的改进的设计方案，并在Globus Toolkit的I／O解决方案基础之上给出了实现的参考方案。改进后的文件I／O机制能够更好地满足了广域的网格计算环境下计算应用的需要。