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化合物的芳香性是比较特殊的性质,它的计算机识别是必须的,本文讨论的芳香性识别算法是基于分子结构HQN编码,以HQN编码产生的HQN联接矩阵和图论算法作为识别算法的数学基础,算法首先滤除非芳香性原子片段,这最大程度地减少了算法的盲目性;第二步求取连通分量和最小的最小环集合;最后进行芳香性判别,判别规则的计算机处理方面也较以前的算法简洁。该算法耗时少简洁且能识别绝大多数化合物的芳香性。 相似文献
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化学标识语言(CML)在QSAR/QSPR研究中的应用 总被引:1,自引:1,他引:0
从QSAR/QSPR的角度,介绍了化学标识语言(Chemical Markup Language,CML)及其研究过程中的应用。通过对JUM-BO生成的CML代码分析,从中提取出用于拓扑指数计算的有效信息,利用基于直观队列命名法(Heuristic Queue Notation,HQN)系统和Visual Basic语言设计的拓扑指数计算软件ChemCal,方便地得到用于描述分子结构信息的矩阵,并计算出相关的拓扑指数,以便进一步研究QSAR/QSPR。此外,还介绍了CML的优点和国内外对CML的研究现状。 相似文献
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用MATLAB语言开发设计拓扑指数计算软件,软件包括8个菜单,即分子结构文件载入、拓扑指数计算、数据载人、数据预处理、统计分析、系统菜单、帮助菜单和退出系统。不仅能计算多类重要的拓扑指数,还能统计分析和预报计算结果。具有操作简便、界面友好、功能完善等特点。软件适合从事化学信息学、QSAR/QSPR的工作者使用。 相似文献
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直观队列命名法的基本原理及其在矩阵与拓扑指数计算中的应用 总被引:35,自引:2,他引:35
提出了一种用于拓扑结构输入的直观队列命名法(HQN),该方法结合了二维联接表与线性命名输入法的优点。在直观队列命名法(HQN)中,原子用元素周期表中的字母表示,第一个字母用大写表示,第二个字母(如果存在)用小写表示。键由构成键的原子的编号联接来表示,单键由构成键的原子的编号一次联接表示,双键由构成键的原子的编号二次联接表示。三键由构成键的原子的编号三次联接表示。将分子中的键按顺序输入,然后将对应的原子类型标识在该原子的号码之后,同时输入字符串中,从而可得一个分子结构的HQN编码。该方法由分子的二维图可直观地直接得到,分子的编码由分子中的键与原子一个个排列而成,因而起名为直观队列命名法。在MATLAB环境下,用Matlab调入每个分子的字符串编码,然后对该编码进行识别与操作,并计算了8种矩阵,以及26种共300多个拓扑指数。 相似文献
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