食品来源粪肠球菌的全基因组分析

目的 了解食品来源粪肠球菌的全基因组分子特征, 并与临床分离菌株进行比较基因组学分析。 方法 对收集的食品来源粪肠球菌进行全基因组测序和生物信息学分析, 比较分析3株食品来源粪肠球菌和7株已发表的临床分离粪肠球菌基因组, 对比粪肠球菌基因组中携带的耐药基因、毒力基因和移动元件, 筛选核心基因, 构建系统进化树。结果 3株食品来源粪肠球菌染色体全基因组序列全长分别为2816436、3005875和2818728 bp, 共含有2733、2853和2756个基因, 基因平均鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine, GC)含量为38.0%。在全基因组核酸水平上, 食品与临床分离的粪肠球菌线性关系良好, 基因组结构高度相似。3株食品来源菌株基因组中含有3~7种耐药基因、8~19种毒力基因和42~67个移动元件, 与临床分离菌株比较, 无显著性差异(P>0.05)。系统进化树分析发现食品来源和临床分离粪肠球菌分布在一个进化分枝, 分子遗传关系距离较近。结论 本研究获得了食品来源粪肠球菌全基因组基本特征的背景材料, 证实了食品来源和临床分离粪肠球菌进化溯源关系相近, 基因组无显著差异(P>0.05), 为后续食品工业界实际应用粪肠球菌的安全性评价奠定了基础。