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基于聚类小生境遗传算法的DNA编码优化
引用本文:郑学东. 基于聚类小生境遗传算法的DNA编码优化[J]. 计算机工程, 2015, 0(2)
作者姓名:郑学东
作者单位:大连大学先进设计与智能计算省部共建教育部重点实验室,辽宁 大连,116622
基金项目:国家自然科学基金资助项目,辽宁省教育厅科研基金资助项目,长江学者和创新团队发展计划基金资助项目(IRT1109)。
摘    要:DNA编码优化问题是DNA计算中的核心问题。分析DNA编码优化的约束条件,在单链DNA序列集合上引入h距离,将聚类小生境技术应用于小种群遗传算法的构造,对DNA编码优化问题进行求解。基于h距离定义DNA序列间的相似函数,将碱基字母编码为4进制整数、DNA编码序列作为个体编码为4进制整数向量、种群编码为4进制整数矩阵,基于模4算术运算,构造相应的遗传算子,并给出DNA编码序列的具体计算结果。实验结果表明,与现有DNA编码序列优化结果相比,该算法可得到更好的DNA编码序列且计算效率较高。

关 键 词:DNA计算  DNA编码  遗传算法  聚类分析  小生境  模运算

Optimization of DNA Coding Based on Clustering Niche Genetic Algorithm
ZHENG Xuedong. Optimization of DNA Coding Based on Clustering Niche Genetic Algorithm[J]. Computer Engineering, 2015, 0(2)
Authors:ZHENG Xuedong
Abstract:
Keywords:DNA computing  DNA coding  genetic algorithm  clustering analysis  niche  modular operation
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