| DNA序列拼接中de Bruijn图结构的研究 |
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| 引用本文： | 王东阳,任世军,王亚东. DNA序列拼接中de Bruijn图结构的研究[J]. 电脑学习, 2011, 1(4) |
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| 作者姓名： | 王东阳 任世军 王亚东 |
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| 作者单位： | 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨,150001 |
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| 摘 要： | 基因组测序是生物信息学中最基本的研究方向之一,然而大多数生物的基因组都不可能一次性获得,需要利用序列拼接技术对实验中获得的DNA片段进行拼接操作.目前,测序过程中获得的DNA片段越来越短,基于Euler路径的拼接算法在处理这种短片段拼按时具有优势.在Euler路径算法中,一个关键的步骤是de Bruijn图的构建,一直以来,构建de Bruijn图的方式总是让后一个k-mer与前一个k-mer 之间有k-1个碱基的交叠,相邻的两个k-mer之间相互错开一位.但文中的研究发现,如果有边连接的两个k-mer之间有k-2个或者更少的碱基相交叠,会对de Bruijn图结构复杂性产生重要影响.针对这些影响进行详细分析,并设计实验进行验证,实验结果表明,k-mer之间的错位数变化对de Bruijn图结构复杂性有显著影响.
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| 关 键 词： | 生物信息学 基因组测序 DNA序列拼接 Euler路径 de Bruijn图 |
Study of De Bruijn Graph for DNA Sequence Assembly |
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| WANG Dongyang,REN Shijun,WANG Yadong. Study of De Bruijn Graph for DNA Sequence Assembly[J]. Computer Study, 2011, 1(4) |
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| Authors: | WANG Dongyang REN Shijun WANG Yadong |
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