基于CUDA平台的数据库序列比对算法加速 |
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引用本文: | 袁竞杰,李叶.基于CUDA平台的数据库序列比对算法加速[J].智能计算机与应用,2013(2):44-49. |
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作者姓名: | 袁竞杰 李叶 |
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作者单位: | 中国矿业大学(北京)机电与信息工程学院 |
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基金项目: | 中央高校基本科研业务费专项资金项目(2010YJ19) |
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摘 要: | 在生物信息学中,数据库序列比对是极为常用的操作,Smith-Waterman算法是最流行的序列比对算法,精确度高,但是计算复杂度高,在进行大量的序列比对非常耗时。另外,生物技术的发展使得已知的序列数据库变得越来越庞大,这导致进行数据库序列比对所消耗的时间也越来越长,因而有必要加速数据库序列比对算法。NVIDIA提出了CUDA编程架构,相比之前的GPGPU具有更好的可编程性,用户可以更轻松地发掘出GPU强大的计算能力。在CUDA平台上实现了Smith-Waterman的数据库序列比对算法的并行加速,速度优于已有的基于GPU的实现,超过了基于启发式算法的BLAST算法执行速度。
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关 键 词: | 序列比对 Smith-Waterman算法 CUDA GPU计算 |
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